清光绪十九年（1893年）秋，美国圣经会驻南京传教士沙光亮、贺子椿及中国长老陈国君、鲁士清到皖北调查设教地点，选中我县作为皖北教会中心。翌年春，美国传教士稚赓生同几位中国传教士来县传教被逐。光绪二十二年（1896年），传教士董文德、戈乐寿乘船来县，不敢上岸，在船上宣教。同年秋，在小街租房播道。翌年元月，传教士鲁士清夫妇租房举办“福音堂”，常住播道。时有信佛中医刘云锦改信基督教。光绪二十四年（1898年）春，刘步行至南京接受洗礼，改名刘觉非，成为我县第一名基督教徒。在南京金陵神学院学习三年后，被聘为淮西教堂首任牧师。光绪二十七年（1901年），圣经会在南门外购买住宅改建小礼拜堂，时有信徒20人。光绪二十九年（1903年）圣经会以我县为中心，向凤阳、宿县、蒙城、凤台、寿县、蚌埠、五河、嘉山、定远、灵璧、泗县等地发展信徒。成立美国圣经会皖北怀远、宿县、寿县三个差会。怀远差会分管蒙城、涡阳、凤阳、五河、嘉山、定远、盱胎、蚌埠九地的堂会。
至民国元年（1912年），教徒发展到500余名。设立城关、淮西、淮东、七星4个堂会，42个分堂会。同年建成一座大礼拜堂。民国三年（1914年），基督教长老会怀远堂会成立，牧师孙惠溥任主持。民国六年（1917年），在兴街新建可容400人的“福音堂”一座。民国十六年（1927年），怀远堂会加入中华基督教会总会。实行自立、自养、自传。但一切教务仍控制在美国人手中。自清光绪三十一年（1905年）教会在县城兴办医院、学校，对贫苦教友免费医疗、发放救济后，信教者日众。至民国二十六年（1937年），抗日战争前夕，教友发展至1479人，慕友发展至1402人。民国三十年（1941年），美对日宣战，美国传教士全部回国，城内教堂均为日军占领。民国三十五年（1946年），抗战胜利后，美国传教士陆续回怀。民国三十七年（1948年）十一月，淮海战役战火波及县境，美国传教士全部撤走，教会由长老李警予、刘毓华主持。解放初，境内有4处堂会，47所分堂，分布在城关1所，沙沟8所，梅桥3所，曹老集1所，马城9所，芡淮3所，淝河2所，河溜4所，龙亢2所，平阿6所，朱疃8所。有长老20人，牧师4人，传教士17人，执事11人，教友1226人，慕友1431人。
建国后，基督教会割断了与外国差会联系，走独立自主、自办教会的道路。1952年4月17日，成立了自治、自养、自传的“三自”革新委员会，1954年8月改为“三自爱国筹备委员会”，1957年2月10日正式成立“三自爱国运动委员会”，设主任、副主任各1人，委员5人。“文化大革命”期间，被取缔。1981年9月27日恢复。1985年全县信徒发展到17812人，其中男性1897人，女性15915人。