清末，美国圣经会怀远差会即在蚌埠设有堂会。民国6年（1917年）后，基督教（新教）教会组织增多，至蚌埠解放前夕，陆续设立的有中华基督教会、基督复临安息日会、中华圣洁教会、中华基督教迦南教会、中华基督教浸信会、伯大尼教会、中华基督教浸礼会、黄庄布道所等教派，全部教徒近1000人。各教派多受控于外国差会。
建国后，基督教各教派为摆脱与外国差会的联系，于1954年成立蚌埠市基督教“三自”（自治、自养、自传）爱国运动委员会。1957年底，中华基督教全国总干事崔宪祥牧师奉命在蚌成立中华基督教会安徽大会，主席祝逸尘，干事潘朴安。1958年，全国各教派合并，安徽大会取消。同年，蚌埠基督教各教派的牧师、长老、传道员，在全省基督教界“整风”“反右”运动后，均停止分散的宗教活动，并取消教派名称，合并为一个教会，称蚌埠市基督教会。“文化大革命”期间，基督教堂被外单位占用，宗教职业者有的下放农村，有的被遣送回籍，宗教活动完全停止。
1979年后，落实党的宗教政策，基督教堂得以归还并进行修缮，教牧人员返回，宗教活动恢复。基督教“三自”爱国运动委员会亦开展工作，全权负责蚌埠基督教事务。1983年1月，市召开了基督教信徒代表会。1985年，郊区信教群众增多，市内教堂容纳不下，又在郊区设立淮光、铅山、仁和、秦集4个聚会点，成立4个“三自”爱国小组。市内教堂每星期做礼拜群众达到1000余人。教会的经济收入主要靠信徒捐献和房租收入，贯彻了“自治、自养、自传”的办教方针。
一、基督教派
中华基督教会怀远县长老会堂会于民国6年（1917年）派万国同来蚌传教，在中山街口东北角建教堂一所，并任传道士。民国14年、18年，分别由朱永久、陈化鲁继任传道士和长老。民国27年沦陷，上海传教士顾复临来蚌接替传道。民国30年前后，长老会与其它几个教派联合成立中华基督教会，传道人为顾复临，长老为韩子芬、顾子斌，执事为胡拜一、王佑年。民国32年，教会发动教友捐献，在南山公园对面购地建基督教堂一座。同年，教会被称为中华基督教会江安大会蚌埠区会，辖凤阳、武店、五河、刘府等分堂。民国33年，顾复临因与长老顾子斌不和而离开该教派，带部分教徒另立中华基督教迦南教会，该教派传道人遂由孙道意担任，后由李乐安牧师、翟庆鹗牧师接任传道。民国37年底，李乐安、翟庆鹗等携带救济物资逃往南京。建国初期，凤阳刘府乡村传道人陈保全、泗县牧师祝逸尘来蚌，先后任该教派传道人，宗教活动照常进行，每星期天上午对外讲道，星期三晚间举行祷告会。圣诞节、复活节时，也对外开展庆祝活动。
基督复临安息日会于民国16年由颍上县教徒传入，在太平街南段购地一块，建一座可容纳200人的礼拜堂。传道员先后有孙从光、王希天、汪雨田、王凤迎等10余人，聚会者约50多人。
中华圣洁教会总会设在上海，属于美国远东宣教会。民国20年，总会派人来蚌传教，建立该教派的蚌埠教会，传教人员先后有刘文选、李跃忠、孟昭珍、耿子华、范敏祚等，并分别在今延安路、中荣街、国安街、国庆街等处租房，作为活动场所。民国36年，在国庆街购一处房屋，前厅为礼拜堂，后屋为传道人住宅。
中华基督教迦南教会于民国33年由中华基督教会传道员顾复临带领教徒另立该会。该教派先在国强路租房做礼拜，后迁盐巷子，一度在火车站对面的一条巷子里购房作活动场所，不久又迁回盐巷子。做礼拜的人数约40多人。1953年，顾复临去世，教会名义上由其夫人庄爱群负责，实际上由陆芷君料理，有时也请其它教会传道人讲道。
黄庄布道所民国36年，原淮南九龙岗教会信徒张德友将其在蚌埠黄庄的私人住宅腾出3间，租给吴齐等人开办布道所。民国37年，吴齐去河南，布道所暂停闭。建国后1950年，由张德友接办，常邀中华基督教会、圣洁教会、迦南教会传道人领做礼拜，每次听道人数约30余人。
伯大尼教会民国36年，胡福田教徒脱离其所在的迦南教会，在王营子村找草房两间，既住家又聚会，取名伯大尼教会。民国37年，胡福田回河南原籍，无人传道，该教派不复存在。
中华基督教浸信会民国36年，中华基督教浸信会亳县分会派人到蚌，在纬二路购地盖草房10多间，作为办教会址及传道人住宅。建国初期，又有黄清秀、杨松涛先后从亳县来蚌传道，每周做礼拜的约10多人。
中华基督教浸礼会民国37年，中华基督教浸礼会开封教会丁宝玺牧师来蚌，封教徒宋鸣恩为牧师，将宋在胜利路一处与教徒集会的民宅作为开封教会分会的会址。聚会者10余人。1956年，教会移至经二路，租房活动。
基督教蚌埠教会1950年，南京教会教徒邵又明来蚌，一面开设眼科诊所，一面租房办教会。经市宗教事务处登记，邵与舒培智、韩增五、江德承开办基督教蚌埠教会，属地方教会。至1956年，会址先后迁移华通里、大马路、华利街、青年街等处，做礼拜的人数常在50多人。
二、基督教堂
民国6年（1917年），怀远长老会传教人在华盛街中山街口东北角建福音堂一座，有平房7间，约105平方米。至民国16年，又扩建成楼房32间，建筑面积为966平方米。之后，基督复临安息日会、中华圣法教会等教派也先后建有简易礼拜堂，建筑面积分别为200多平方米。
民国33年，中华基督教会蚌埠区会在南山公园对面购买平房36间，建筑面积373.6平方米，其中礼拜堂面积216平方米。建国后1958年，各基督教派活动停止，房产多被挪作它用。1979年后，位于南山公园对面的教堂，发还给蚌埠基督教“三自”爱国运动委员会启用。1983年，中国人民保险公司蚌埠分公司与基督教“三自”爱国运动委员会签订合同，拆除原有教堂平房，利用该处地皮东侧建保险公司大楼，西侧建基督教礼拜堂。重建教堂的经费，由保险公司承担6.5万元，市政府补助2万元。所竣工的礼拜堂为楼房建筑，使用面积500平方米，另有教牧人员的办公用房和住宅。
三、基督教会福利事业
民国7年（1918年），蚌埠中华基督教会在中山街创办含美小学（后改名淮西小学），林伯舆任教师。至抗日战争胜利后，该校最多有学生800多人。民国16年，基督复临安息日会在太平街的教会内建立小学，由传道员兼校长及教师，学生30多人。民国21年，基督复临安息日会安徽区会在颍上县办的三育中学迁至蚌埠，在张公山西部建校，校长为牧师潘水如，中小学生来源以信徒的子女为主，至沦陷时停办。
民国34年抗日战争胜利后，蚌埠中华基督教会曾利用善后救济总署剩余物资办慈善事业。总负责人是翟庆鹗牧师，由李静亭等人出面组织近30名女信徒，成立针线班，制作衣物发给被救济的人。对贫苦儿童施稀饭，每天早晚两顿。领稀饭的儿童每天有80多人。另外把救济物资分送到皖北各县的基督教会（不分教派），由他们再向被救济的难民发放。