建国前,蚌埠卫生事业经费甚微。民国35年(1946年)，全埠霍乱流行,急需防治费用,市政当局仅拨给45万元法币,只能购买几十瓶生理盐水,因杯水车薪,无济于事,不得不向社会各界人士呼吁捐助,以筹款项。民国36年上半年,物价大幅度上涨,法币恶性贬值,市政府拨出的专项卫生经费为4429万元,仅为同期保安及警备费支出的11%。不仅经费少,且缺乏严格管理,部分经费为少数官员私吞。
建国后,卫生事业经费来源于上级拨款和自身收入。市属医疗卫生机构所需正常经费,列入国家财政预算;工业及其他部门所需经费按职工工资总额的一定比例提取,其中，一部分用于卫生机构的经常费用,一部分用于保健医疗支出。1980年前，省卫生部门对市级医疗机构所需经费,每年也给予一定拨款。1965年至1985年,省、市财政累计拨款4163.6万元,平均每年198万元。1985年的拨款额最高，为491.8万元,是1955年的7.5倍。1981年至1985年，医疗卫生单位业务收入平均每年达650万元,加上财政拨款,年平均经费达1000万元以上。
建国初期至1956年,对财政拨出的经费由市卫生局统一收支,实行专款专用,支出须严格审批。1957年,改为差额补助的办法,即医院用业务收入抵补一部分支出,不足部分列入财政预算拨款补助。1958年,对医院改为包工资,其他业务支出由各医院自负,对专项经费均和有关部门共同研究,统一安排。1958年至1979年,卫生经费安排使用统的多,管的死,不利于调动积极性。1980年后,市卫生局对经费分配及管理进行改革。1980年至1983年,对综合医院经费分配由原来包工资改为按床位定额包干,调动了医院的积极性。1984年,对医疗单位一律实行按任务分配经费;对大型医疗设备购置和房屋维修,根据实际情况适当补助。1965年至1985年,全市卫生事业经费总支出为4163.6万元,其中，对医院补助费2049万元,防治防疫经费356万元,基层卫生院补助费269万元,其他支出1489.6万元。