建国前,蚌埠医政管理工作薄弱。民国14年(1925年)后,除警察机构对开业医生管理外,所组建的中医公会能自发进行一些医政管理活动,如派出专人对外来医生进行登记,对不通医道、靠招摇撞骗敛取民财者一律不准在市面行医,对不听劝阻者,强行驱逐本地。
蚌埠解放后,市卫生管理机构根据上级主管部门颁布的有关规章制度和条例,制定出实施办法,管理逐步做到有章可循。对个体开业医生，在解放初期即进行资格审定,取缔巫医、游医等。50年代中，对医院的设置加以规划,引导个体医生走联合道路,并负责对厂矿开设的医疗机构进行审批。同时，在全市医务人员中开展医德医风教育,大多数医务人员能学习白求恩大夫的医德,树立革命的人道主义精神。60年代初期,市基本形成医疗卫生分级管理网络。
“文化大革命”开始后,不少医院管理规章制度被废除,对医务人员的教育也有所放松。1970年，市重新制定22项医院管理制度,并对各医院进行整顿。1975年以后,医疗卫生分级管理体制逐步恢复。
党的十一届三中全会后,对医院管理工作进行一系列改革,先后制定了10多项新的制度,各项管理工作逐步制度化。在市级医院坚持实行“三级查房”、“三级护理”、“巡诊会诊”制度以及首诊负责制、护理责任制等;在各医院推行环境整洁化、设备机械化、工作制度化、操作常规化。为促进医疗事业的发展,全市在1984年建立19个医疗协作联合体,并开设专家业余门诊,为群众提供多种就医途径。同时,促进医院由单纯医疗型向医疗预防型发展,坚持以医院为中心开展预防工作,设立常年预防接种门诊,并分地段划片包干,实行计划免疫,提高了“四苗”接种的覆盖率。对医务人员恢复医德医风教育,提倡对病人文明服务,创建文明医院。但受社会风气的影响,仍有少量医务人员以职业谋取私利。
合作医疗制度1969年起,市在郊区109个大队建有合作医疗站,参加者有10万余人。1971年,市区亦建立了街道合作医疗站48个,至1975年，发展到74个,参加者万余人。合作医疗制度建立后,对缓解农民和城市无职业人员“就医难”起了一定作用。参加合作医疗的郊区社员,每人每年只须交纳2元左右现金或等价实物;城市居民每人每月交0.20元,街道企业按每名职工每月0.20～0.50元标准统一缴款。就诊者本人除交5分钱挂号费外,不再交医药费。如经医生同意转至其它医院治疗,医药费可报销一半。为发展合作医疗事业,1971年至1972年，市卫生部门多次举办被称为“赤脚医生”的训练班和学习班,为城郊培训赤脚医生。农村“赤脚医生”的薪酬,由大队补助工分,有的还补助现金,实得收入高于同等劳动力。市区“赤脚医生”由卫生局拨款,每人每月补助18元。市区合作医疗,因"赤脚医生"的工资未能解决,于1976年全部停办;郊区合作医疗于1981年前后也不再实行。
公费医疗制度蚌埠市自1950年5月起,对享受供给制人员实行公费医疗。1952年7月起,实行该项制度的范围包括:国家机关、事业单位、人民团体的国家在编人员,退休、退职人员,高等学校在校学生,二等乙级以上的革命残废军人等。是年，全市有75个单位、6084人享受公费医疗。1985年,公费医疗单位增至322个,人数达24498人。各享受公费医疗单位人员,可到指定担负公费医疗任务的市级医院及郊区10所乡卫生院就诊,亦可视病情需要转诊。就诊者除挂号、滋补贵重药品、镶牙及美容手术等费用需自理外,其余免费。公费医疗经费标准，1962年前每人每年定额18元,1962年至1978年为21.5元,1979至1985年为30元,均由市财政拨款。遇有经费不足时,另由市财政补助。