清同治年间,蚌埠始设行政机构,称三县司。民国元年(1912年),蚌埠为凤阳县辖区,先后置团防局、区公所、区署等机构。但因蚌埠商埠形成,又加地理位置重要,于民国3年7月起,一直置有不属于凤阳县管辖的警察机构,行使大部分行政管理职能。民国36年蚌埠设市,成立民国市政府。
一、三县司
清同治二年(1863年),划凤阳县马村沟以西、怀远县席家沟以东、灵璧县后楼各一片地域为蚌埠辖地,在淮河北小蚌埠正街原凤阳县主簿衙署设立三县司(后迁至淮河南老大街),为蚌埠最早的地方行政机构。三县司脱离三县所辖,直属凤阳府衙。同时，三县司由三县会委一名佐杂,带10多名兵丁,常驻蚌,专管蚌埠一方行政治安之事。最早的三县司行政长官，由凤阳人王福堂充任。至中华民国成立,三县司废。
民国前,三县司机构主要负责处理民事纠纷,兼有司法、行政两权。但县司并不勤于政务。据后来的《皖北时报》称:当地所谓圩长、乡长、监生、文武秀才常于县司内聚赌“抽头”;民间之婚丧殡嫁,“三县司大老爷必躬临,大饱口福”;每至会期、阴历年节,“则三县司发财机会至矣”,“借此机会大揩其油,一年之用度,均不虞无着矣”。
二、保卫团团防局
民国元年(1912年)，废三县司建制,蚌埠归属凤阳县。是年，凤阳县在蚌埠老大街设置二区保卫团团防局,局长由蒋云卿担任。民国16年北伐胜利后,团防局撤销。
10多年间,团防局主要承担田赋的催征,对县府布告也传令地保张贴通衢。民国2年底，军阀倪嗣冲在蚌督皖,靠警察机构代行地方政务,区团防局作为行政机构只徒具虚名。倪离蚌后,蚌埠每换一任驻军,则换一任警察局长管理地方政务,团防局仍不起实际作用。
三、区公所、区署
民国16年(1927年)北伐胜利,凤阳县在蚌埠设区公所。区长有年更一次者,有数月更一次者。民国21年，凤阳县改为自治区,将原17个区并为10个区,蚌埠为第七区,仍设区公所。民国24年，凤阳县行政区划调并为4个区,蚌埠为其第二区,设区署。民国34年11月,蚌埠设立市政筹备处,主持地方行政,不久区署裁撤。
四、市政筹备处
民国18年(1929年)1月，蚌埠曾筹备建市,并成立市政筹备处,由裴益祥主持。但至翌年春,该筹备处即撤销。民国34年11月25日,经安徽省主席李品仙颁令,报准国民政府行政院核备,蚌埠重新成立市政筹备处,于民国35年1月起接管蚌埠行政事务。筹备处处长李品和,内设主任秘书、工务局、警察局。主任秘书管辖民政、财政、教育、社会、地政等科和秘书室、会计室,警察局下辖4个分局和2个保安中队及督察处、司法科等6个处科室,工务局下辖一、二、三科及技工室、秘书室、会计室。筹备处直属单位有各区公所、市立中学、社会服务处、电力厂、园林事务所、救济院等。
民国35年初,市政筹备处制定出筹备工作计划,分上半年和下半年两期实施,每期实施项目约30个,同时，还制定出都市计划法和地方自治实施方案。筹备处依照国民政府《省市县勘界条例》规定,按土地自然形势以及管理方便等原则,勘划了市区境界。另外,逐步建立各级行政机构,健全保甲组织,甄选基政人员,实施部政管理,加强警政、市政、教育、财政等工作。
五、民国市政府
民国36年(1947年)1月1日,经国民政府内政部批准,蚌埠正式设市,市政府即日成立,李品和为蚌埠市首任市长。市政府设于今中荣街。民国37年8月29日，李健文代理市长,但不久为李人翘接替,直至蚌埠解放。市政府内设科室和所辖单位,基本上维持原市政筹备处期间的机构设置,另增设建设科、军事科。市政府按行政区划,辖东安、国庆、中山、西市、小蚌埠区,区设区公所。民国38年1月20日蚌埠解放,民国市政府垮台。
民国市政府建立后,正值蒋介石在国内发动全面内战。市政当局为维护国民党反动统治,很快建立起保甲组织,按照“每甲10～30户,每保10～30甲,每区10～30保”的原则,全市共设5区98保1887甲。同时，进行所谓区保长和市参议员的民选,组织公民宣誓,颁发国民身份证,进行户口清查和登记等。在财政方面，编订预算,清理公有房地产,筹备市银行,建立金库;在地政方面，整理地籍,征收土地用于机关建设,确定土地税征收的项目和标准;在军事方面，建立兵役协会和新兵征集所,对适龄壮丁进行调查,奉军管区司令部令配征新兵;在警政保安方面，除划分警区外，为对付所谓“非常事变”,市政府会同第八绥靖区司令部充实警察常备武力,建两个中队；市面上设置盘查哨,经常派军警会同值勤对所谓“行迹可疑”者严格盘查。另外，加强弹压警戒和情报搜集,充实警备装置,对民众进行组训。组训中，将全市公共场所之茶役计635人,施以两期训练；将530名店员编成1个大队,组成所谓义勇警察队。
到民国38年初的两年中,市政当局虽然在禁烟禁毒、改进卫生、推进社会福利、兴办救济事业、严禁非法摊派、发展教育、扩大市政建设等方面,提出了一些进步性的利民措施,但大多得不到切实执行。民国37年春，蚌埠汇集灾民2.1万人,市政府实施灾民救济,仅发放救济大米约合10万公斤,平均每人5公斤,仅能糊口十多天。市政府在8月份的一份报告中亦称:“今春春荒,严重青黄不接之时,四野灾民,嗷嗷待哺,本府职司救济,虽竭尽绵薄,仍感杯水车薪”。
国民党市政府官员多系桂系人士,来时便看中蚌埠为皖北商贸重镇,可巧取豪夺,由此多为官经商,聚敛资财。市长李品和曾利用公款独资或合伙在蚌开设安利钱庄、吉利茶庄、维多利电影院(时称“三利”),并安插亲信经营。故有人曾作一副对联称:“官僚资本,安利吉利维多利;江湖义气,大哥二哥麻子哥”。同时，李除仗权侵吞部分税款和银行资金外,还利用职权从台湾用官价购进食糖,到内地高价出售。
附：沦陷时期在蚌埠的安徽省日伪政权
民国27年(1938年)2月，日本侵略军占领蚌埠,3月即由汉奸傅君实、唐少侯、秦松亭等人在蚌埠组建所谓“维持会”,由傅君实任会长。7月，又成立“蚌埠自治委员会”，不久改为凤阳县公署。10月28日,在蚌正式组建傀儡政权伪安徽省维新政府,由倪道烺任伪省长,设置有民政厅、财政厅、教育厅、建设厅、警务处等。
民国29年3月,汪精卫在南京成立伪国民政府,在蚌的伪安徽省维新政府改称伪安徽省政府,倪道烺任伪省主席,设置有民政厅、财政厅、教育厅、建设厅、警务处、粮食管理局、社会运动指导委员会等。
民国30年12月,伪安徽省政府主席(省长)改由高冠吾担任,新增机构有清乡事务局、清乡驻皖办事处、税务局、印花烟酒税局、税务查缉处、物资调查委员会、经济局等。民国32年12月，由罗君强担任伪安徽省政府省长,到民国33年12月，改由林柏生任伪省长(翌年元旦就职),直至民国34年8月。
沦陷时期，在蚌的日伪省政府均聘用日本人担任经济顾问和军事顾问，掌握经济、军事方面的实权。另外，日伪还在蚌设置各种军警宪特组织。民国29年5月，汪伪中央特工总部在天锡里设安徽区蚌埠特工站,站长徐国璧。另设有警务署、警备队、水警队、侦缉队等。民国32年11月,汪伪特工总部安徽区蚌埠特工站更名为政治保卫局蚌埠分局,内设总务、情报、组训、侦行股和电台，另有一支名为“挺进第三队”的武装部队，辖怀远组、临淮组、五河组、明光组。分局外围组织为“蚌社”及其黎明文艺社、黎明球队、商民业余联谊社等。日本投降后该分局解体。沦陷期间的民国29年,国民党重庆方面曾派人到蚌埠开展收集日伪情报的工作，但翌年,一些人为特工站逮捕后便叛变，投靠日伪成了便衣特务。在蚌埠的日伪政权除拥有宪兵队特务组织外，从民国28年开始，还广泛网罗汉奸,建立以公馆、工作班、密探队等为名的便衣特务组织,至民国33年，这类便衣组织多达40余个,有便衣特务三四百人。其中仅以公馆命名的，民国28年建有童公馆、高公馆，民国29年建有安公馆,民国30年建有川华公馆,民国31年建有良公馆,后期还建有聚安公馆、清川公馆等。各公馆特务四出活动，镇压抗日民众和爱国志士，并经常拦截商货，滥杀无辜，无恶不作。
沦陷时期,伪凤阳县维新政府(县政府、专员公署)也设在蚌埠。
附:蚌埠市参议会
抗日战争胜利后，根据国民政府组建地方参议会的规定，蚌埠市参议会于民国36年(1947年)建立。市参议会名为“全市人民代表机关”，实为御用性的咨询机构。
是年7月23日,市第一届参议会成立大会在商会大礼堂开幕,出席人员有市长李品和及项允诚等35名参议员。市长李品和被推为大会主席并致词。会议投票选举正副参议长,项允诚以33票当选为正参议长,蒋尚贤以30票当选为副参议长。会议除确定参议会会址暂设商会外,主要是发出通电,拥护国民党政府的所谓“戡乱”国策,并向国府主席、内政部、省政府、省参议会、第八绥靖区司令部、省党部等发出致敬电。
民国36年8月20日,参议会第一次会议在商会召开,历时7天。参加会议的正式人员35人,列席22人,参议长项允诚、市长李品和分别致词。大会收到提案125件。
民国36年12月10日,参议会第二次会议仍在商会举行,历时7天。应到会的正式人员35人,出席32人,列席22人。市长李品和致词。参议长项允诚对第一次会议以来的工作作了总结,并就所谓整齐步伐,达成“戡乱”任务;图谋建设,充实设市条件;整顿税收,平衡预算收支;普及教育,巩固宪政基础;节约消费,加强冬令救济等提出意见。这次大会收到提案49件。
蚌埠市参议会建立后,依据民国34年1月国民政府公布的《市参议会组织条例》，陆续制定了一些规程。其中主要规程有：《蚌埠市参议会议事规则》、《蚌埠市参议会议案分组审查实施办法》、《蚌埠市参议会参议员请假规则》、《蚌埠市参议会休会期间各种委员会组织规则》等。