建国初，淮南卫生技术人员不足80人，1952年增至159人，大多数没有经过正规医学教育，医疗水平较差，误医、卖劣假药等情况时有发生。市委和政府组织医疗部门人员深入市区、农村，配合各级人民政府大力宣传党的医疗政策法规，要求一切为了人民健康，以德行医，科学治病，教育人民群众破除迷信，增强科学卫生意识，打击了一些装神弄鬼的骗子；同时开始培训卫生技术人员，组织市中华医学会等机构的著名医生，开展学术活动，传授医学知识。1957～1965年创办了淮南市中医业余大学、淮南卫生学校等教学机构。1965年底，全市卫生技术人员达到2161人。“文化大革命”期间，大部分卫生技术人员下放农村。中共十一届三中全会以后，淮南医疗工作重新步入正轨，医疗机构、卫生技术人员得到充实，管理逐渐规范。1986年市卫生局制定颁发了《个体开业行医管理条例》，每年组织两三次全市个体、集体包括区乡卫生院的质量检查，利用简报形式进行宣传，并对全市幸福院、幼儿园和小学进行健康检查。举办“病名疗效标准学习班”以及各专科学习班，根据淮南的情况规定了疗效标准和护理标准，规范了各种医疗文件格式，并进行检查评比。对医疗机构的医疗、护理规章制度、操作规程执行情况进行监督，提高了医疗质量和医疗水平。依照1987年国务院颁布的《医疗事故处理办法》规定的权限和程序，对医疗纠纷进行调查、调解、鉴定，妥善地处理医疗纠纷，端正医疗作风。
国家对于临床用血的质量高度重视，市医政管理部门对血液质量问题常抓不懈，成立了市血液质量管理委员会，严把血液中甲型肝炎、乙型肝炎、丙型肝炎、梅毒和艾滋病常规检测关，保证了医疗机构临床用血安全。
市医疗管理部门高度重视对招工体检、招生体检和征兵体检等各种人群体格检查的管理，抽调政治业务水平高的卫生技术人员参加检查，精心组织协调，严格监督。卫生经费的使用，严格按照上级规定，凡国家拨发卫生经费，由市卫生局统一分配使用，开支使用是：个人部分包括人员基本工资、补助工资、职工福利、离退休人员经费等；公用部分包括公务费、设备购置费、基建费、修缮费、发展基金及其它费用。随着国民经济的发展，国家拨给的卫生事业费逐年增加，1973年为116.40万元，1978年为180万元，1990年增至808.20万元。