建国初期，市食品卫生监督工作主要由市人民政府卫生防疫委员会负责协调。1953年，市防疫站成立，食品卫生工作由站卫生科负责。1962年，市防疫站印发了《严禁在食品中滥加有毒色素的通知》，对全市2557名饮服人员进行了健康检查，发现痢疾带菌者36人，全部予以调离饮服岗位。1963年6月，对全市12家冷饮生产单位进行了46次抽检，合格率为82.6%。“文化大革命”期间，食品卫生工作受到严重影响，食物中毒事件时有发生。1975年8月，市防疫站、食品公司、蔬菜公司、饮服公司、专卖公司、土产公司联合组成检查组，对全市19个单位的食品仓库、生产和销售的冷饮进行了检查。1976年，举办了首期饮食店、卤食门市部负责人参加的食品卫生知识学习班，受教育人数达480人。是年8月，颁发了《淮南市食品卫生管理暂行条例》，此条例是淮南市在食品卫生管理方面制定的第一个地方性法规，10月又印发了《关于加强食品卫生管理，防止食品污染的通知》。1978年，市防疫站成立了食品卫生科，专门分管全市食品卫生工作。1981年5月，市政府印发了《淮南市食品卫生管理实施细则》。6月，市卫生局、商业局、供销社、工商局、公安局联合发出通知，要求在全市范围内限期实现食品卫生“三化”（盖罩化、工具化、消毒化），举办了为期1个月的食品卫生、质量流动展览，组织全市140余家饮食、冷饮单位进行了参观，参观人数达4万多人次。1981年底，对25家食品重点生产厂家抽样检查，合格率仅为51.74%，查处了市糖业烟酒公司3万公斤白砂糖在运输途中被有机磷农药污染事件。1984年，在全市范围内开展对从业人员进行健康检查，共体检601个单位13426人，受检率为93%，检出病人340人。到1990年，从事饮食行业单位共4525家，从业人员22212人，从业人员健康合格率大大高于以往。