1950年，卫生防疫委员会和卫生教育工作委员会成立，负责组织协调卫生防疫和卫生教育工作。1951年开始为中小学校配备专职校医，培训保健教师和卫生员。1953年，市卫生防疫站成立，设立卫生科，管学校卫生工作。1955年采取图片模型流动展览的形式对中、小学进行卫生知识宣传教育，抽出专人对学校照明情况进行调查。1956年10月，对830名中、小学生进行了丝虫病检查，继续为中小学培训保健教师，有计划、有组织、系统性地开展了青少年视力、体质发育、女生经期卫生调查研究。1957年5月，首次组织专业人员对幼儿园幼儿发育情况进行调查。1959年8月，对全市中、小学学生发育情况进行调查，并为学校培训了120名红十字卫生员。1963年，市防疫站与蚌埠医学院、铁路防疫站一起，对中、小学生营养与发育状况进行追踪观察研究。1964年8月，在全市39所中、小学推行了眼保健操，完成了全市3070名大、中、小学生视力减退原因调查。1979年，淮南同淮北、阜阳等地联合成立了学校卫生工作协作组，在绩溪县举办了学校卫生业务进修班，140名专业人员参加了学习。1980年3月，市防疫站创刊出版《学校卫生》杂志。5月，再次对中、小学生发育情况进行调查。通过调查发现，中、小学生身高与1957年相比平均增长3.77厘米，体重也有所增加，但与同期全国中、小学生发育状况调查结果相比较稍显落后。1982～1983年在洞化地区小学开展对扁平足、手指污染、近视情况调查。1984年，市防疫站组织人员对全市少年儿童血型、血红蛋白进行检测。通过检测发现少年儿童血红蛋白含量与大气污染有关，并撰写了《大气污染对少年儿童血红蛋白的影响》一文。1984年1月，市卫生局、教育局联合印发了《淮南市中、小学生卫生保健工作暂行办法》。1985年初举办了有20人参加的首期学校卫生统计学习班。1985年8月成立了学校卫生科，配备了8名专职人员。是年10月，在淮南九中开展了体育课生理机能测定。12月，对淮南卫校等6所学校的食堂进行了卫生检查，并派出专人到上海进修学习近视眼矫正治疗，开设了青少年假性近视矫治门诊。1986年对全市24所大、中专院校，技工学校及部分中、小学校学生进行健康检查，共检查6878人，发现乙肝表面抗原阳性者284人；继续对全市中、小学生体质发育情况进行追踪调查；配合省、市教委对淮南师范、新矿一小、蔡家岗一小学校卫生工作进行评估验收；举办全市性青春期卫生、眼气功操、儿童保健学习班。1988年对全市14所大、中专学校4602名学生进行了体检，共检出视力低下者1840人，沙眼患者1047人，龋齿328人，HBsAg（＋）165人，肝功能异常患者69人。建立学生健康档案8505人份；收治假性近视患者3301人次，有效率达75.20%。1989年对3所幼儿园幼儿的生长发育、营养状况、龋齿发病情况进行了调查；对4所幼儿园、8所小学、5所中学采光照明、课桌椅卫生合格率进行监督监测。为切实加强学校卫生工作，预防、控制传染病流行，1990年市卫生局、市教委、市工商局联合印发《关于预防肠道传染病，坚决取缔校门口小食品摊点的通告》，进一步加强了学校卫生工作的力度。