一、治淮及管理机构
民国18年（1929年）7月，国民政府设立导淮委员会，以工代赈，兴工筑堤。民国20年大水，设救济水灾委员会，市境属第十二区工赈局第三、四工程段。一个段辖10个民工团，团下10个队，每队灾工1000人。队长负责灾工管理、领发工粮，每团由段派监工员2人，负责工程放样、标准、质量、收量土方。民国35年4月，导淮委员会于蚌埠设立淮河复堤工程局，市境由设在凤台县的第二工务所负责，所下设5个监工处，直接办理复堤工程事务。民国36年7月，导淮委员会改为淮河水利工程总局，实际已无力承办工程。
1949年10月，政务院决定成立淮河水利工程总局，组织皖北复堤疏浚测量队，施测淮河中游段，市境开始修筑淮河堤防和疏浚内河。
1950年3月，淮河中上游工程局成立。汛期，淮南矿区办事处设立救灾治淮总队部，组织民工进行冬修复堤，11月，市治淮委员会成立。
1951年1月，救灾治淮总队部改为淮南市治淮指挥部。3月，市治淮委员会设立尹家沟引水工程总队。7月，引水工程基本完成，成立尹家沟管理所。1956年9月，淮南二等水文站和尹家沟管理所合并，成立淮南市治淮工程管理所，下设老应、田家庵（兼管石姚段）、三芡3个管理段。1957年市治淮委员会撤销，淮河由治理转入管理。
1959年汛期，治淮工程管理所撤销，并入市农林水利局水电科。
1960年，由凤台和怀远两县，划入部分淮北大堤和汤渔湖缕堤、上下六坊堤，设黄沟、芦青、缕堤、老应、田家庵、石姚6个管理段，人员为24人。
1962年10月，管理段由水电科划出，成立市淮河修防所。
1977年凤台县划入淮南市，设市淮河修防分处。1983年市淮河修防分处和市修防所合并办公。1984年成立市淮河修防分局，辖淮南、凤台两个修防所。1985年，黑李下段、老应段移交淮南矿务局管理。
1986年2月，撤销市修防所，设潘集区修防所，至1990年市境耿石段、窑河封闭堤由分局直接设段管理，潘集区修防所设架河、黄沟、芦沟、古路岗4个段。
二、地方机构
民国时期，市境多属凤台县。民国29年（1940年），凤台县设水利工程委员会，自办工赈。
1951年，市政府设建设科。1953年，成立市水利委员会。1954年5月，建设科更名建设局，下设水利组，1956年水利组划归市农林局领导。1957年9月，农林局更名农林水利局，设水利组。
1959年4月，水利组更名水电科。1967年1月，农林水利局改名为市军事管制委员会农林组，1970年12月，成立市农林水利局革命委员会，设水利组。1976年1月，设市水利局。
〔屯头电力灌溉站〕1956年筹建，后因资金未落实停工，1958年6月成立屯头灌溉工程指挥部。1961年工程建设基本完竣，指挥部撤销，成立屯头电力灌溉站，组织管理和征收水费。
〔水利工程队〕1959年成立，从事水利工程建设和开采石料。1962年，部分职工离职归田，人员42人，工程队先后建成施家湖一、二级站，尚安一、二级站，九里排灌站，东津二级站，洛河排涝站。1968年并入市劳动建设站，不久撤销。