民国36年（1947年）6月，国民政府交通部下属长江区航政局南京办事处在蚌埠设技术员办公处，兼管航政业务，淮南段在其管辖范围，民国37年12月5日宣布撤销。建国后，航政实行军管，国家交通部成立后，交通运输推行苏联经验，实行政企合一的管理体制，航政管理和港埠管理合二为一。1964年淮南航运办事处设立航政股，统管全市水域航政业务。此后，淮南航政在组织机构、人员力量、技术素质、监督艇装备等方面都有新的发展。市航运局成立后设航政科。
一、船舶管理
建国后船舶管理实行政企合一体制，淮南船舶受蚌埠淮河航运局统一管理。“文化大革命”期间，水上船舶管理制度曾一度受到冲击，恢复船舶检验工作后，实行船舶进出港口签证制度。针对70年代末小帆船和小挂机船存在不安全因素的情况，对船舶实行“二证一线一牌”管理，二证是船舶证书和船员证书，船员须持证上岗操作；一线是船舶载重线，装货按航区以载重线为基准；一牌是船名牌，牌上写有港籍编号。另外，航政科派员与船厂检验员配合，对淮南各船舶修造厂建船质量实行监督。对在厂建造和大修下水的船舶，一律进行施工过程检验和监督工作。
二、航行安全管理
1951年5月，田家庵港开始实行船舶进出口签证。1959年下半年木帆船加入人民公社，港口签证废除。此后，船舶违章事件日趋严重，事故不断发生。为保证航行安全，1963年5月航监部门重新实行船舶进出港口签证制度。嗣后，交通部颁布一系列水上交通安全管理条例，把水上安全管理工作正式纳入港航监督范围。航政人员定期进行安全检查工作，努力实现水上安全三项目标：不沉船、不死人、杜绝重大海损事故的发生。1981年1月1日后，航政部门执行国家交通部颁布的《内河避碰规则》，淮南水上安全工作走向正规，逐步实行局、站、港监人员三级承包责任制，明确责任，分段包干、责任到人。1985年以来，市航运局多次被为市、省航运系统、省交通厅先进单位。渡运连续13年安全无事故。
三、船员管理
50年代贯彻国家交通部颁布实施的《内河轮船船员鉴定考试暂行办法》，对船员及各级驾驶、轮机、引航、报务、电机人员实行鉴定考试。1964年起执行交通部发布的《中华人民共和国轮船员考试办法》。1984年后，淮南航运管理局依照上级颁布的有关规定对所有驾驶人员实行培训，共举办15期培训班，其中船员培训班10期，培训人员2500人次；航政员培训5期，培训150多人次。