解放前淮南港口民船由帮会组织“船行”控制。船行头目大多由“安青帮”头目担任。在田家庵港口的有大小近10家船行，最大的是郑昆山开的“通商”船行。船行对到港民船的货物装卸、运输配载、运费结算都要进行严格监控，从中坐收管理费用。对不服从管理的船民，或不给配货，或加重罚款，甚至私设公堂，非法处置船民。再加上出没无常的土匪和经常发生的事故，船民家破人亡或破产外流十分普遍。日军侵占期间，为了解决煤炭运输问题，从长江、淮河沿线抢掠轮船27艘，成立内河航运公司，为掠夺淮南煤炭资源服务。日军投降后，安徽省建设厅公路局将接收的日伪船舶调拨给淮南矿区。同年，蚌埠航运总站拨出5艘拖轮和13艘驳船建立淮南矿路公司淮南铁路局轮运站。民国36年（1947年）12月21日蚌埠航运总站成立，并在淮南设立航运分站。
1949年11月，蚌埠航运总站淮南分站改名为江淮轮船公司田家庵营业站，水运生产纳入计划管理。1950年3月皖北淮河航务管理局田家庵航务所成立，4月华东地区联运公司安徽省分公司蚌埠支公司田家庵联运站成立。同时，淮南港成立了田家庵木帆船联运社，隶属皖北航务局。通过民主改革，取缔船行，业务由民船公司取代。主管淮南航务的田家庵航务所经几次更名后，于1953年5月由省交通厅批准成立田家庵航运办事处管理全市水上运输经营活动。1959年5月，航运管理机构下放地方政府，田家庵航运办事处隶属市交通局管理。1965年5月1日，田家庵航运办事处改由省航运局直管。“文化大革命”期间成立田家庵航运办事处革命委员会。
1975年4月17日成立市航运管理局，统管全市航道、航政、港政和运输市场，隶属于省交通厅。中共十一届三中全会以后，实行事业单位企业化管理。1984年试行经济承包目标管理责任制。1985年在全局推行干部聘任制，同时逐步制定并完善了经济承包、干部聘用、职工岗位合同、计划生育、综合治理、安全工作、政治工作、财务管理8项目标责任制，并据此考核各基层港站、公司及机关各科室政绩。1990年，市航运管理局机关设12个科室，下辖7个港站，大专以上文化程度的管理人员40人，中级以上专业技术职称的20人。