淮南水上运输以淮河主航道为依托。明清时期，主要以洛河、上窑港为货物集散地。从江苏沿海运入的盐、农具、京广杂货及山区土特产品大多在此卸货和交易,淮南生产的陶器皿及其它物产也由此装船外运，商贾旅客随商船往来。清末民初，随着大通、九龙岗煤矿的逐步开发，淮南航运转以煤炭运输为主。两矿煤炭大部分由田家庵、洛河港口装船运往蚌埠、江苏、上海等地，当时开辟的蚌埠至洛涧至田家庵航线，船舶数量和载重吨位在淮河同行业中居首位。大通至田家庵港、九龙岗至洛河港铁路的铺设，使淮南矿区煤炭外运更为便捷。民国20～27年(1931～1938年)仅煤炭外运即达50余万吨。抗日战争期间，铁道被战争破坏，日本侵略军为掠夺煤炭资源，在淮南港修筑码头，组建内河轮船公司，利用水路运输这个唯一通道掠运煤炭达400余万吨。此间，民间水上运输陷于瘫痪。日本投降后，国内战争频繁，港口失修、船舶落后、河匪肆掠、关卡林立，同时由于淮南铁路修复使用，航运业衰落。淮南解放前夕，港口年吞吐量仅万余吨。
50年代，水运得到恢复和发展，1959年货运吞吐量突破百万吨，1960年客运突破30万人次。“文化大革命”期间，航运业受到冲击，到70年代中期，年煤炭发运量不足50万吨。80年代以后，航运得到新的发展，在陆路运输高速发展的情况下，虽然水路客运量日趋减少，但货物年吞吐量始终在百万吨以上。