淮河航道淮南段是市内主要水运通道，上通河南，下连江苏、上海等地，处于我国亚热带北部边缘，流域内四季分明、气候温暖、雨量充沛、水源丰富，为我国冬季不冻河流最南界限，年平均结冰期仅半个月。
淮河从凤台县方家坎流入市境，然后从窑河入淮河口处的新城口流入怀远县，全长81公里，其中流经市区长67公里。枯水期一般水面最窄部分大于60米，主航道最浅处水深2.3米，最小弯曲半径700米，落差比降低于三万分之一，属国家三级航道。市境内河段没有浅滩暗礁，水位常年平衡，航道两岸设有各种航标，有航运站5处。