建国前，经淮南铁路运入的货物多为煤矿用料，运出的货物多为煤炭，因而车站没有货运、装卸等设施，由车站派货运人员进矿利用煤矿专用线办理货物装车外运和到达卸车业务。少量零星货物则利用站内到发线或旅客站台组织装卸作业。建国后，淮南经济建设发展迅速，铁路相应地改造、新建了货物线和仓库等货运、装卸设施。1957年9月，田家庵站建成淮南市铁路第一座货物仓库，以后陆续在九龙岗、大通、蔡家岗等站新建货物仓库8座，增建了货物线，开辟了货场。1986年，淮南市铁路货场总能力折合货位95个，一次堆货量达5300吨。1987年，新建的淮南站货场建成投入使用，全封闭结构，占地13.3万平方米，可供50辆车同时进行作业，装卸作业全部实现机械化。1990年，铁路站内货物线已达14股，总长6920米，货物站台13个，货物仓库21座，露天货区12处，折合货位250个，一次堆放货物能力达1.4万吨，比1957年提高近3倍。
建国前，淮南铁路货物运输处于有车就装运，无车货等车状态，建国后淮南铁路并入全国铁路网，开始计划运输、合理运输、直达运输和均衡运输。依据货源调查资料编制货运月计划并进行货运计划的分析考核。货物运输也从以煤炭为主发展到整车、零担、集装箱和特殊货物等运输业务。
煤炭运输是淮南市铁路运输的重点物资，也是整车运输的主要货源。1956年，蚌埠铁路分局实行《煤炭统一运输办法》。淮南市矿区铁路装车大于卸车，不足空车来源依靠管内自卸车和排入空车补充。针对这种情况，各车站加强了卸车组织，坚持先卸后装，发挥管内自装自卸和短途运输的优势，挖掘自备车潜力，调节车流，解决到空不足的矛盾，从而保证了产量大、仓储小的煤矿生产的不间断进行，基本上保证了煤炭不落地。新中国成立前，淮南货物年发送量最高为103.2万吨，1957年增加到524.1万吨，1960年猛增到1891.7万吨，1962年为1385万吨。这期间，煤炭占总运量的95%。1980年以后，由于淮南市部分煤矿老化，煤炭产量下降，加之运输中的水路、公路分流，1986年淮南市铁路年发送量为1121.5万吨，其中煤炭997.2万吨。1987年开始，随着淮河以北新矿井的建成投产，煤炭运量又开始回升。零担货物运输，新中国成立前仅田家庵、九龙岗两站办理。新中国成立后，大通、蔡家岗、洞山、望峰岗、八公山等站相继开展了零担运输业务，至1984年，淮南市各火车站除李郢孜、黑泥洼站外，各站均开展了零担运输业务。1985年，零担运输业务集中在田家庵、蔡家岗两站办理。1990年3月起，集中在淮南站办理。
铁路集装箱运输业务是1982年田家庵站首先开办的，开始为1吨箱。1989年蔡家岗站也开办了集装箱业务。从1990年起，集装箱运输业务全部集中在淮南站办理。每箱容重分1吨、5吨和10吨3种。此外，还在具备条件的车站陆续开办了包括超限、危险、鲜活等特殊货物运输业务。