一、店埠河
店埠河是南淝河的支流，属县内最长，最大的内河。其上、中游来水面广，支流多，水流落差大，下泄快，每降大雨，洪水奔腾直下。1954年3月和1962年7月，洪流量达700至800秒立方米。而店埠至撮镇段河道弯曲浅窄，群众形象地称为“鸡肠河”，排水能力只有300多秒立方米，泄洪能力不相适应，雨季常出现河水泛滥、淹庄稼、毁房屋、断交通的现象。而稍有旱情，上游少水或断水，下游无截流设施，河槽露底，两岸农田无水灌溉，又受旱灾。为改变店埠河两岸农田易旱易涝的状况，从50年代后期起，按兴利除害、蓄泄兼筹的方针进行综合治理。在上、中游区段，主要是兴建拦蓄水工程，蓄水防旱，控制洪水下泄，减轻下游洪害。1958年，在中段支流上兴建了余湾重点拦水坝。1959年，开始在上游河道上兴建大(二)型众兴水库。1961年，在上游支流上兴建了小(一)型程段水库。这些库坝拦水量近1.3亿立方米，在抗旱防洪中发挥了重大作用。下游区段主要是疏浚工程，即将店埠镇大李湾至南淝河一段12公里长的老河道裁弯、取直、拓宽、加深。分两期进行。第一期于1972年10月动工，治理店埠通济桥至南淝河段，长19公里，取直为17.5公里。第二期工程是1976年春进行的。主要开挖通济桥至大李湾段2公里的新工程，同时完成第一期没有完成的工程任务。治理后的河道标准：河底高程4.5米，堤顶高程16—14.6米，河口宽度105米，河底宽度30至35米，河堤坡度1比3—1比2.5，排水能力567秒立方米，可排除20年一遇的洪水。土方任务由店埠、撮镇两区先后组织7万多劳力参加，共完成600多万方。
店埠至撮镇段新老河道示意图

店埠河上的通济桥，原为石砌三孔拱桥，顶低、面窄、孔小，治河中予以拆除，改建成钢筋混凝土三孔大双曲拱桥。
撮镇西北的淮南铁路老桥，跨店埠河老河道的弯曲处，桥孔小，桥底又高，多水时阻滞泄洪，少水时又阻碍引巢湖水和船只往来。新河取直后，老桥偏离河道，因此，通过铁道部门，于1984年结合改建淮南铁路，在新河道上建一座跨度为72米的三孔大桥，可排百年一遇的洪水，可使巢湖水自流到店埠，还使店埠至巢湖之间能常年通行民船。
二、滁河
滁河因来水面广，河道又弯曲，排水不畅，雨季常有洪水泛滥。1954年7月22日和1969年7月12日，洪流量分别达到1020和1040秒立方米，漫流两岸，水灾严重。又因河道原无节制闸，不能控水，少雨时沿岸农田又缺水遭旱。解放后，在该河流域上游各地兴建水库130多座(含大[二]型1座，中型3座)，发挥了拦洪、灌溉双重作用。同时在河道上兴建刘桥、乌龙、民主、梁园等较大闸坝，调节水位，防洪防旱。此外，又在河水容易泛滥的刘桥坝、乌龙坝上端的两侧，筑堤十多华里，防止洪水漫流。但迄今主河道没有疏浚，排洪不畅的问题依然存在，大水年份仍难免洪害。
三、龙塘河
龙塘河下游通过龙塘乡西南部的圩区与南淝河汇合，由于唐安附近一段河道弯曲浅窄，泄洪量很小，遇到洪水就陡涨漫流入圩，造成灾害。1976年，龙塘公社党政领导人研讨治理办法，鉴于疏浚老河道工程大，不好施工，且难达到根治水患的目的，因此决定废弃老河道，发动群众自力更生，重开一条新河道，长2公里多，河底高程6米，堤顶高程14米以上，底宽8至10米，可有效的防止洪水入圩，又可通行木帆船至龙塘乡政府所在地的唐安，兼收防洪、通航之效。