民国元年，在废除庐州府后，设立合肥县府机关。时合肥县直属安徽省辖。次年，安徽省分设三道，合肥县改属安庆道辖隶。民国5年，全省废道，合肥县仍为省直辖。民国18年，安徽省分设行政督察专区，合肥县划归第三专区辖隶，后于民国29年改属第二专区辖隶。
民国27年，合肥沦陷，合肥县府机关由城内撤至西乡鸽子笼圩。直至民国34年抗战胜利，合肥县府机关才由西乡鸽子笼圩回迁城内原址。
1949年1月21日合肥解放，合肥县府机关即被废撤。