南淝河是贯穿省会合肥市的河流，流经地带有3种地貌特征：上游为丘陵地带，岗畈高低差10～20米，河道在冲洼间蜿蜒曲折穿行，河床低于两岸地面高程7～10米；中游经市区地段，地形比较平缓，河床低于两岸市区路面6米左右；下游为冲积平原地带，两岸均为圩田，河床低于圩田2米左右。两岸圩堤顶高11～13米(吴淞海平面)。
南淝河上游3条河流汇水区域如葵扇之面，于市区城边归一，状如扇柄。“扇柄”河道处，纳汇“扇面”诸多来水，水量增多，舟楫可至。上游3条河流约各汇集三分之一面积的来水，流域比降大体一致，均约八百分之一，河源至市区仅40公里。流程短，跌差大，汇水快，水势迅猛。源头洪峰到达市区仅需1天，水位涨幅3～5米，当日降水量超过150毫米时，上游3条河流汇水，便迅猛倾泻下来，漫溢河床，泛滥成灾。另据史籍载，南宋乾道年前，南淝河沿金斗城(唐、宋时合肥城名)北城边流过，此段名为金斗河。乾道时，淮西路帅郭振向河北拓城后，河道方成为穿城而过的河流。当时穿城而过的金斗河，河道顺直水深，流水通畅，货船进城可达县署后墙下(今杏花村一带)。明正德年间，郡守徐钰为防御农民起义军夺城，堵塞水西门，另辟北城濠为新河道。后城内金斗河逐渐淤塞，而绕城的新河道，由于浅狭弯曲，阻水严重，致使合肥城区洪涝灾害年甚一年。
对于南淝河的洪涝灾害，历史上也曾采取过一些防御措施，但都属于消极的办法，仅以城墙挡水，只保城内，城外任其受害。清雍正十一年(1733)邑人田实发在《金斗河议》中，倡导疏浚恢复城内金斗河，增大泄洪量，减轻合肥城乡洪涝灾害，恢复昔日水运。据此议载：“雍正十年，郡守徐公牒抚宪重浚斯河，四民鼓舞，但有一督催之员某某者，利速就而论功，宜宽窄浚之，宜深浅浚之，河稍通如渠，遂报成功，未几复塞如故。”民国36年，安徽省建设厅水利工程处派技士叶恩霈、科长任振寰对南淝河进行调查，提出了治理意见，但未实施。治理规划
建国后，1952、1954两年合肥市又连遭两次洪水袭击，国家和人民财产损失严重，大大制约了城市建设的发展。
为了治理南淝河，安徽省和合肥市两级人民政府责令水利部门提出规划意见。根据两级政府要求，安徽省水利厅于1954年10月，派员对南淝河进行数度实地查勘，整理各种资料，经过多种反复比较后，提出3种治理方案。
第一方案：上游兴建滞洪水库。由于上游为低矮丘陵地带，无理想库址，方案拟在四里河上游二十铺和板桥河上游深塘坝两处建坝做库。二十铺建库，控制流域面积190平方公里，蓄水1642万立方米，滞洪淹没面积8平方公里；深塘坝建库，控制流域面积100平方公里，蓄水1380万立方米，滞洪淹没面积6平方公里。两库共控制面积290平方公里，蓄洪3022万立方米。按此方案建库，遇1954年7月10日洪水，北门外最高洪峰流量由1280立方米／秒降低为930立方米／秒，降低27%。东门文昌村最高洪峰流量由1809立方米／秒，降为1165立方米／秒，降低35%。降低结果，仍超过合肥市的安全流量，仍需沿河建筑堤防。
第二方案：开辟分洪道。分洪道路线从四十铺阮大郢起，经张小郢、彭岗、徐岗、舒大郢、童子郢、大头桥、七里桥穿过淮南铁路与板桥河会合。再自板桥河经尚老家、王道郢、方大郢至沈桥湾注入龙塘河(二十埠河)后，合流归南淝河。此方案把四里河和板桥河撇开，使流经合肥市的流量，仅是从南淝河正源流来的一部分，使606平方公里流域面积中的380平方公里径流不再流经合肥。遇1954年洪水，可分泄1119立方米／秒洪水流量，使合肥附近洪峰流量，降至700立方米／秒，即可降低61%。但700立方米／秒流量仍超过合肥市安全流量，还需沿河道建筑防洪堤。该分洪道要穿过两道岗丘，土方工程量较大。
第三方案：市区沿河建防洪堤，左岸(东岸)自火车站附近起，沿板桥河左岸向南，经过河北街延至南淝河左岸碾米厂、矿山机械厂向东至合肥市苗圃东南，折而向北与岗地相接，长7公里。右岸(西岸)自东门大桥起，经小东门、省委党校(现省科委)门前转至格物街(现巢湖路)后，越方桥抽水站引水渠与方桥抽水站防洪堤相接。长1.8公里，左右岸两道堤，共长9公里。为了避免束水，壅高水位，两堤须离开相当距离。土堤高度拟高于1954年洪水位0.5米，顶宽2～3米，内外坡1：1。其中自胜利路至矿山机械厂一段，长1.8公里做石堤。防洪堤与交通要道之交点，如大东门、小东门、胜利路、崇德街(今滁州路)及碾米厂附近，建筑涵闸5座。包河口、方桥及矿机厂东南角各建泄水闸1座。西门和东门原有损坏水闸，结合下水道工程改建。这项工程完成后，可保证合肥市绝大部分地区不再受南淝河洪水为害。
1955年，省、市两级党政领导，会同水利、城市建设部门研究、审议三个方案，主要方面，研究以合肥市城市防洪为主，同时考虑综合治理开发利用南淝河水资源问题。中共安徽省委高瞻远瞩，通盘考虑，决定采用第一方案，即“蓄泄兼顾、疏防结合”方案。
根据方案一，由省水利厅、省城市建设局和合肥市市政建设局联合组成规划设计组，在国家城市建设总局顾问、苏联专家指导下，在治淮委员会勘测设计院具体帮助下，编制了《合肥市防洪工程规划》，其工程项目：滞洪，在南淝河上游兴建董铺、大房郢两座大型水库；中防，自板桥河口起，至合肥苗圃河段修筑堤防；下泄，疏浚河道，提高泄洪能力。这些工程建成后，百年一遇洪水(日降水量266毫米)水位：东门大桥14.3米，施口11.5米，合肥不致成灾。
滞洪工程
董铺水库是合肥市城市防洪主要工程，原百年设计防洪水位31.95米，1964年通过修正水文计算，将兴利水位由29.85米降低到27.50米。加固设计仍批准汛期为27.50米，汛后为28.00米。
董铺水库控制流域面积207.5平方公里，占市区上游来水面积34%。兴建设计总库容1.73亿立方米，其中兴利库容1亿立方米，调洪库容6563万立方米。在遭受百年一遇洪水时，水库不泄洪；千年一遇情况下，入库洪峰流量1540立方米／秒，溢洪道及泄水涵合计排水220立方米／秒。
1975年8月，河南林庄大水及1976年唐山地震后，为了合肥市和淮南铁路更大的安全，加固设计将原百年设计，千年校核标准提高为千年设计，最大可能洪水校核标准。总库容提高为2.42亿立方米，兴利库容由1亿立方米减少到6520立方米，减少0.65倍；调洪库容由6563万立方米增加到1.83亿立方米，提高179%。由于水库设计标准可调洪库容大，流域面积小，历年洪水全部拦蓄，每年都在不加重下游灾情的前提下错峰泄洪(溢洪道从未泄过洪)，不论丰水、干旱年份都没有给水库本身造成危害。
1964年至1988年底，水库共拦蓄100立方米以上洪峰15次，其中最大一次洪峰流量为629立方米／秒，拦蓄洪水0.338亿立方米(1984年6月13日)，使进入市区的洪水总量削减了37.8%，大大降低了合肥市的洪灾损失。
继南淝河上游在正源建成董铺水库后，又在支流板桥河上游建成蔡塘水库、张桥水库和三十头水库；在支流四里河上游建成大官塘水库、泗水水库(未蓄水)、梅冲水库。
蔡塘水库(中型)集水面积26平方公里，1959年建成，1984年除险加固后，总库容2080万立方米。防洪标准：50年一遇设计，2000年一遇校核。溢洪道最大泄量141立方米／秒。
张桥水库(中型)集水面积34.4平方公里，1968年11月建成，1984年除险加固后，总库容1332万立方米。防洪标准：50年一遇设计，2000年一遇校核。溢洪道最大泄量221.5立方米／秒。
三十头水库集水面积4.6平方公里，1968年建成，1984年除险加固后，总库容372万立方米。防洪标准：50年一遇设计，2000年一遇校核。
大官塘水库集水面积2l平方公里。1968年建成，1985除险加固后，总库容1080万立方米(库容量达中型水库标准，省水利厅尚未承认)。防洪标准：百年一遇设计，PMP一遇校核。溢洪道最大泄量246.5立方米／秒。
泗水水库集水面积41.1平方公里，1968年6月建成。防洪标准：200年一遇设计，500年一遇校核，总库容1502万立方米。该水库土坝、泄洪、放水等建筑物均已配套建成，唯淹没区农户未迁移，至今不能蓄水发挥效益。
梅冲水库集水面积15平方公里，库容量474万立方米。
以上6座水库，集水面积183.5平方公里(泗水水库41.1平方公里未拦)，总计库容6283万立方米(含泗水水库1502万立方米)。1984年汛期，合肥地区降大暴雨时，蔡塘、张桥、三十头、大官塘和梅冲5座水库，计拦蓄洪水4000万立方米，大大减轻了合肥市受灾程度。1985年干旱时，因5座水库多拦蓄4000万立方米水，为沿库周围灌溉提供了充足水源，使丘陵岗地旱情大为减轻。
中游治理
南淝河中游5.5公里，是穿过市区河段。由于该段穿过城市，沿河地势低洼，两岸街道常受洪涝灾害。清嘉庆《合肥县志》载：“明万历中，知县胡震亨在城东三里处建闸以防其涸，民甚便之。崇祯乙亥，知府吴大朴筑石坝于东水关。”
建国后，1954年大水，合肥城东门沿南淝河地带遭受严重灾害。是年秋，合肥城建部门将大窑湾桥至淮河路桥一段(长526米)老城墙基地加高拓宽夷平，既为环城东路，又当作防洪堤。这是合肥市建南淝河中游防洪工程的开始。1955年，合肥矿山机器厂为保护本厂，沿河筑了一道防洪墙。为了保护东城工厂区安全，1957年，把市区与郊区防洪线，自铜陵路经巫家湾至矿机厂防洪墙筑成一条土堤，长1651.5米，顶宽3米，顶高程13.5米；沿板桥河从双河村至淮南铁路筑土堤一道，长1128米，顶宽3米，顶高程14米。
1980年洪灾，城区经济损失1000余万元。灾后于1981年，修筑大窑湾桥至双河新村防洪土堤长278米，顶宽5米，顶高程14.5米。
1982年，国务院《关于合肥市城市总体规划的复函》指示：“合肥市的防洪问题应采取有效措施，按照‘蓄泄兼顾，疏防结合’的原则，近期争取达到50年一遇防洪标准，远期逐步达到百年一遇防洪标准”。1983年，沿板桥河东岸茅四拐至炉桥路桥浆砌混凝土预制板块防洪墙一道，长954.5米，顶高程16.35～14.50米。
1984年6月，合肥城区遭受特大洪涝灾害，建成区淹没18平方公里，直接经济损失在4000万元以上。新华社在《国内动态》清样稿792期上刊载了《提高合肥市的防洪能力迫在眉睫》一文，中共安徽省委书记黄璜阅后批示：“提出方案，分年实施”。
根据黄璜批示，合肥市建委向省计划委员会上报《关于合肥市城市防洪工程计划任务书》一文，省计委批复中指出：“城区雨水期积涝严重，受害较大，同意扩建、兴建雨水泵站，装机容量除现有能力外，逐步按重现期一百年一遇的降水强度标准增设。”
根据国务院和省计委的批复精神，市建委再上报《关于请审批“合肥市城市近期防洪工程初步设计”报告》，得到省计委的批准。这是对南淝河中游进行一次较大的治理，工程总投资2240万元。1984年9月9日，为治理南淝河水患，中共合肥市委、市政府根据初步设计内容，按1200万元投资规模，开工兴建5项防洪工程，即在南淝河东岸修筑3.1公里的防洪堤(墙)，新(扩)建7个排涝泵站，扩建淮河路大桥，清淤清障，拓宽板桥河。
防洪堤(墙)工程石砌防洪墙及河边驳岸，总长3.1公里，堤防全部合拢。东大堤，北自张洼路茅四拐起，南至合裕路唐桥止，使火车站和东城工业区成为封闭防洪区；西岸堤，北从淮河路桥起，南至芜湖路桥止。1986年，又续从芜湖路桥修筑至雨花桥，1987年再延伸至屯溪路桥，至此已达到终点。两岸堤墙，高程为15.1米，墙体高7米，顶宽O.5米，防洪标准达到20年一遇洪水不漫堤。浆砌块石护岸，东岸从大窑湾桥(即交通厅桥)至屯溪路桥；西岸从淮河路桥至芜湖路桥，1986年延至雨花桥，后延至屯溪路桥达到终点。
河道清障工程板桥河原计划从茅四拐起，清障到与南淝河汇合口处(即双河村)。因郊区土地赔偿与人口安置问题未解决，改从明光路桥至双河村。河底宽20米，口宽40米。明光路桥河底高程7米(吴淞零点)。南淝河与板桥河汇合口处至屯溪路桥，河底宽30米，口宽60米(大窑湾桥至淮河路桥段口宽66米)。屯溪路桥以下，由省交通厅规划，设计500～1000吨级轮船通航河宽100米，两岸堤距120米，并计划将南淝河从屯溪路桥以下裁弯取直至巢湖施口。原来河道狭窄，淤塞严重，加上有些单位在河道上修建房屋和其他建筑物，致使水流不畅，严重影响行洪。这是造成河流水位抬高，河水漫堤，城市受淹的一个重要原因。河道清淤清障，疏通河道，拓宽河床，提高行洪能力，于1987年开始实施，1988年完成。
淮河路桥扩建工程淮河路桥处于闹市区交通要道上。原桥建于1953年，桥下最大过水断面270平方米，泄洪能力小，是南淝河市区段的一座“咽喉”桥，每逢汛期，桥体阻水严重，壅高漫堤，造成水灾。并且桥面狭窄，人车混行，常造成交通堵塞，影响市容。因此，扩建淮河路桥，是把防洪、改善交通熔于一体的综合工程。
1984年10月动工扩建，1985年6月1日竣工通车，共清基挖土方1.85万立方米，完成浆砌块石405立方米，浇筑钢筋混凝土1440立方米。扩建后的淮河路桥，桥长由40米增至72米，桥孔过洪断面由270平方米扩大到500平方米，桥面由11米加宽到17米(机车道7米，自行车道5米，人行道5米)。机车、自行车、人行道分开。通过扩建达到了提高行洪能力、道路畅通的目的。
排涝泵站工程建国后，合肥城区建筑了一部分排涝设施。由于设备简陋老化，排涝能力仅达设计能力的十分之一。为了提高排涝能力，对双河村、逍遥津、矿机厂、唐桥4座泵站加以扩建；并新建明光路、凤凰桥、池郢3座泵站。
双河村泵站，排除火车站、水泥厂、交通厅、明光路一带低洼地内涝积水。排水能力为6立方米／秒。
逍遥津泵站，在外水高出地面、长江路下水道出水口关闸后，排除长江路东段至淮河路逍遥津公园一片低洼地内涝。排水能力为4立方米／秒。
矿机厂泵站，排除史家河流域低洼地区内涝积水。排水能力为12立方米／秒。
塘桥泵站，排除铜陵南路、合裕路、省建二公司一带防洪堤以内低洼地内涝积水。排水能力为15立方米／秒。
新建明光路泵站，排除张洼路以南、淮南铁路以西一片低洼地内涝。
新建凤凰桥泵站，排除滁州路、蚂蚁塘、金大塘、煤建公司等低洼区内涝。排水能力为2立方米／秒。
新建池郢泵站，排除和平路、合裕路、塑料厂、公交公司及矿机厂宿舍一带低洼地区内涝。排水能力为6立方米／秒。
以上7座泵站土建共挖土方8.93万立方米，垒砌块石5200立方米，浇筑混凝土8600立方米。机泵采用国内较先进设备，7座泵安装23台机组，总排涝能力51立方米／秒，相当于扩建前的5倍。按最高日降雨量196.1毫米计算，河道两岸低洼地带积水367.2万立方米，只需20小时便可排出。
以上工程均于1985年底全部完成，使合肥市防洪能力达20年一遇标准。为了彻底治理南淝河，达到除害兴利的目的，城建部门已编制出第二期治理工程规划设计，有待于实施。下游治理
南淝河属合(肥)裕(溪口)航道上段，是合肥市水运要道，其下游河道通畅与否，既关系到合肥市的防洪，也关系到合肥市物资的运输、有“肥巢运河”之称。对南淝河下游治理主要是疏、防，以提高泄洪能力，保护圩区农田，保持航运通畅。
疏浚河道施口是南淝河人巢湖河口。因河水人湖后，水面广阔及湖水顶托，水势平稳，流速变缓，泥沙即于此淤淀。民国22年，安徽省水利工程处进行过疏浚，在湖口挖一水道，称为湖沟，长4公里，沟宽4～8米，水深2～3米。民国34年，安徽省政府水利处曾拟疏浚，但未实施，河道仍是水浅、狭窄，每年12月至次年4月枯水季节，小轮停航，水运几乎停顿。
建国后，为了发展航运事业和提高泄洪能力，1953年11月，安徽省人民政府交通厅进行了南淝河疏浚施工。工程自施口至合肥市西门外，疏浚河道41公里。另将板桥河东门外河段，改线800米，计划土方43.9万立方米。
疏浚工程于1953年11月上旬开工。施工中为了克服缺乏机械的困难，工程领导机关吸收1953年春季三河口门施工经验，动员无为、庐江等县民工，用圩区挖河泥的铁耙疏浚，提高了工效。同时民工创造了挖硬土的办法，克服了施口地硬难挖的困难。合肥施工所肥东三中队二小队民工罗守看造的耙土操作法，克服了挖掘石、砖、灰、沙等混合土的困难，提高工效13%。整个疏浚工程于1954年按计划完成。
完工后，巢湖枯水位时，南淝河水深仍在1米以上，两轮对开，增加航运时间四、五个月。全年增加运输量5万吨，节省浅水期船只货物过驳费用10亿元(旧币)，增加航运运转速度百分之五十，航运成本随之降低。同时，也为城市人民生活和两岸圩区农田灌溉，提供了充足的水源。
筑堤防洪南淝河下游为圩区，地势平缓，河床几无跌差，河水受巢湖水位影响。合肥附近，河道在雨量稀少时，常呈断流现象。水位与巢湖水位大致相平，随巢湖水位升降而升降。夏季雨水集中、上游塘满、泄洪量较大时，下游则泛滥成灾。南淝河安全泄洪随巢湖倒灌水位的变化而变化，巢湖水位低，安全通过的流量大；巢湖水位高，安全通过流量就小。南淝河下游沿岸受灾的原因有二：一是上游洪水暴发，大量洪水渲泄不及；二是巢湖水位顶托。
据史料载：清道光二十九年(1849)和1954年无为大堤在安定街溃破后，巢湖倒灌水位超过13米，使部分地区在相当长的时间内淹没在水中。
南淝河下游两岸圩田，历史上多为自由围垦兴建，工程分散，堤埂矮小，险工险段多，防洪除涝能力薄弱。郊区东大圩余家墩圩堤现残存高程点为11.02米(上圩最高点)，中小圩只有9米，水位达10米即破圩。建国后，为了保护圩区农田，结合河道疏浚，开始进行圩堤建设。除每年冬春有岁修任务外，多次集中力量对圩堤普遍加高培厚，险工险段进行块石护坡。据统计，建国以来仅郊区东大圩一圩，即完成土方247.6万立方米，石方1.46万立方米，现东大圩堤顶高程13～13.5米，顶宽2～4米，迎水坡1：1～1：1.5，背水坡1：1～1：2.5，坝顶高程超过1954年的洪水位(12.96米)，1983年防汛，抗洪确保水位为12.5～12.7米。
现南淝河两岸圩堤高程均为13米，堤身厚实，砌石护坡。