一、航道
怀宁地处长江北岸，境内多浅山丘陵，陆路运输困难，解放前，货物进出以水运为主。建国后，从50年代末起，内河日渐淤塞，航道受阻，水运逐步转向长江。
(一)长江
从黄石矶入境，过安庆，到鸭儿沟，流经县境长达40公里，上溯九江、武汉，下通南京、上海，自古迄今为怀宁及皖西南主要出口水道。
(二)皖河
从小市港入境，绕县西南流经石牌镇，至河口注入长江，在境内干流长60公里。明清至民国时期，石牌以下可通行大至千石的槽子船。太湖、潜山、岳西等县竹木、柴炭、茶叶、桐油、药材、竹簟等物资用竹筏运至石牌换船转运出口。解放初期，10～20吨木船可抵金潭河；3～5吨木船可达石牌。夏秋水涨，小轮由安庆直达石牌。1957年皖河治理，裁弯取直，航道缩短43公里。由于河道比降增大，加之上游历年垦荒，水土流失，河床日渐淤积，枯水季节，20吨以下木船只能上溯至巨网。干旱年份，连5吨木船都难通过。汛期到来，江水顶托，百吨以下轮驳船方可抵石牌。
支流石库河。经洪镇石库注入皖河，长8.5公里。洪镇以下4.5公里为通航河段，汛期通小轮。石门航道经月山，穿石门湖至小新桥，注入皖河，长15公里。夏秋江水顶托，和尚桥以下可通20～30吨木船，冬季水枯，不通航。
(三)人形河
又名大沙河，由潜山源潭入境，经育儿、金拱，入湖区通高河、万桥、凉亭。高河～金鸡笼为湖区航道，长14.5公里，为怀宁北部通江航道。明末清初，汛期可通行五六十吨木船，冬季水枯季节，仅通竹筏。解放后，60年代以前，可通行5吨木船，后因水利建设，在马踏石和枞阳口建闸，有碍通航，航道已废。
二、港口、码头
(一)港口
安庆港。为港始于清光绪二年(1876年)9月13日，由李鸿章与英使威妥玛分别代表双方政府在烟台签订《中英烟台条约》，条约规定增设安庆等地为外轮停泊港。光绪九年(1883年)招商局将报废的“海珊”轮改为安庆趸船，安庆港设置趸船从此始。光绪二十八年(1902年)9月15日，英国代表马恺与清政府吕海寰、盛宣怀签订《中英续议通商行船条约》，条约规定增开“长沙……安庆等为商埠”。民国8年6月，邹熙培在安庆小南门外(今安庆港务局3号码头)成立三北轮埠分公司，设长方型银灰色钢质趸船1只(千吨左右)，码头对面设一小型仓库。解放后，50年代初，全部财产移交安庆港务局。
石牌港。始于民国30年，当时设有船舶管理处，只负责征税。解放前，实际为封建船帮把持、操纵。上石牌有潘、杨、李、何四大姓的“杂姓帮”，下石牌有以农船为主体的“最信帮”。解放初，1950年取缔封建船帮，成立“海员工会”。1953年，在民主改革中，成立了石牌港人民政府。1955年开展水上互助合作运动，当年组建17个专业互助组。翌年在互助组基础上扩建为3个合作社，并撤销了港政府。1958年，合并成一个高级形式的水运社。后为开拓长江水运业务，发展航运事业，1971年改组成联社形式的“怀宁县航运公司”。
(二)码头
安庆。明清到民国期间，从西门外大王庙起，一直沿着江岸到东门外炮营山止，长达五六华里，都是木帆船停泊的码头。沿江民船靠岸码头，主要是在西门外大王庙、大新桥、大巷口、操江场、柴家巷一带，以及张家港等处。东门则是集中在三孔桥到炮营山一线。而西门外沿江码头，是上下游帆船最集中的口岸，每天有数百只帆船靠岸。据传本籍刘若宰明末年间考状元时，在金殿殿试中，曾口述安庆帆船云集繁华景象，其中两句是：“日有千人作揖(指江中帆船摇橹划浆)，夜有万盏明灯(指岸上灯光与船上桅灯相辉映)”。清末海禁开放，帝国主义轮船侵入长江，轮船运输企业招商局在安庆设立了分支机构，由国内当时的官僚贵族盛宣怀、李鸿章等几家投资兴办，开始叫“官督商办”。军阀时代，名为国营招商局，实被官僚贵族的股份大东们所占有。民国8年邹熙培到安庆协同头任经理彭显清创办三北轮埠公司，在小南门外(今安庆港3号码头)设置了三北码头，但货仓吨位有限，长江航运仍以木帆船为主。抗战胜利后，三北公司复业，后因内战，经营不佳，至解放前夕，安庆口岸货物吞吐量逐年下降。
石牌。明末清初，河道畅通，航运发达，从上石牌的河北街、鲇鱼头至下石牌共有4个专业码头，舟樯云集。潜山菖蒲(今属岳西)、水吼岭、梅城及太湖店前河、小池驿等地，每天都有竹筏、小船载运木材、药材、木香、皮纸等山货到石牌集运出口。抗日战争前，年吞吐量700余吨。抗战期间，航运受阻。抗战胜利后，航运恢复，到解放前夕，年吞吐在七八百吨上下，解放初期达千吨以上。1957年，石牌航管站在现皖河大桥南侧新建块石码头1座，长50米，宽30米，投资2600元。1966年又在上石牌中洲建简易码头1座，长20米，宽l8米，投资1400元。后因航道淤塞，仅使用3年，均废。
洪镇、江镇。位于皖河下游七里湖、八里湖区，为专业运输船和农副渔船停泊的码头，解放前有“洪镇帮”、“江镇帮”之称。每年汛期安庆～石牌小客轮都在这两处码头停靠。
高河埠。古时俗称“三镇一湾”。所谓“三镇”即上街、中街、下街；“一湾”即船户聚居的江家湾。明清时，为怀宁北部水旱码头，河湾内舟楫如林，是高河大米和潜、太、宿3县土特产与菜饼、食糖、食盐进出口的集散地。比较出名的船户有江天富、江锡球、张宏福，刘善宽。江家湾60余户人家有五分之三在船上操业，常年往返于芜湖、南京、镇江、无锡、苏州和安庆、九江等地，素有“高河船帮”之称。抗日战争开始后，一蹶不振，逐渐衰落。
三、工具
(一)木帆船
县境内河以槽子船居多，其船身扁、浅、开阔且长。清初，石牌港有大至千石，小至三百石的槽子船100余只，小划子及来自太湖、潜山的排筏不计其数。高河埠仅江氏一姓就有大小船100余只，最大载脚刘姓船八百石，张宏福船六百石。江镇、洪镇两处亦拥有大小船百余只。到民国时期仍兴盛不衰。解放初期，1952年，石牌港拥有木帆船236只，1770吨位，其中30吨以上大船59只。至1956年增加到313只，2293吨位。其运行特点，吃水量小，行驶快，能打浪头。60年代以后，船舶开始更新，木帆船逐步为机动船所取代，到1983年全部淘汰。
(二)机动船
从60年代开始，机动船逐步增加，到1978年，拥有钢质拖轮5艘，389.82千瓦；木驳14艘、1094吨；水泥驳9艘，540吨；钢质货轮12艘，197.11千瓦，325吨；挂桨机动船32艘，282.43千瓦，342吨；木帆船47艘，637吨。80年代以来，船舶吨位猛增。1985年，拥有钢质客轮2艘，80马力，540客位；钢质拖轮5艘，570.01千瓦；木驳6艘，456吨；钢驳32艘，3761吨；钢质货轮10艘，205.94千瓦，533吨；挂桨机动船19艘，188.29千瓦，415吨，总吨位达到5165吨，比1978年增加75.4%。其运行特点，适宜长江大水面航行，行驶快，机动能力强。
怀宁县1957～1985年部分年份水运工具发展情况表
四、运输
(一)客运
1952～1981年，先后有内河航运局安庆办事处和长江航运局客轮由安庆到石牌，每天1班、航程45公里，枯水季节仅通至巨网。1981年以后，县航运公司始开办航运业务，年客运量2.95万人次，87.50万人公里。
(二)货运
50年代，货运木帆船吨位小，航线以安庆及内河各码头为主，主要货种为粮食、木材、煤炭、建筑材料、百货等。50年代末，皖河河道开始淤塞，大部分货物运输为公路运输所取代，除汛期进入皖河赶运黄砂、块石、粮食等物资外，主要货运业务转到长江，起运安庆、枞阳、池州、芜湖等港。黄砂、矿石、粮食运往江苏、上海等港口。80年代以来，随着水上运输机械化程度提高，航线延伸到长江中下游和淮河下游各港口。
水运运价，解放前无统一规定。建国初期，木帆船运价不分等级，一般按百里百斤为计算单位。1953年，以上下水、货物等级、里程基数、河流等级、装卸基数为计算依据。1956年，木帆船由5个等级、5级河流改为25个货物等级。1962年，运往长江货物一律按5级河流运价标准计算。1972年，货物等级由25个改为8个等级。1983年，省规定，轮驳船400公里每吨公里运价0.20元，400公里以下为0.15元，外加吨位基价1元；木帆船200公里以下每吨公里为0.25元，201～400公里为0.20元，400公里以上为0.15元，另加吨位基价1元，并以一等运价为基数，按等递增，2～4等为5%，5～6等为15%，6～8等为40%，A级河流加20%，B级河流加10%。