一、地表水
县属长江流域，境内陈瑶湖、白荡湖、菜子湖和“两赛”(神灵赛、羹脍赛两湖)4个水系，河网密度每平方公里为0.22公里。
(一)陈瑶湖流域
该流域位于县东部，由枫沙湖、陈瑶湖、湖和横埠河、横埠前河、横埠后河、新河组成。主体湖泊枫沙湖安全容量O.87亿立方米，水位12.5米。横埠河白毛竹园至九儿潭，全长13公里，流域面积183.3平方公里，汛期流量510立方米／秒；后河自九儿潭至枫沙湖。全长17.9公里，流域面积180平方公里，汛期流量200立方米／秒；前河自九儿潭至湖东闸入江，全长8公里，流域面积243平方公里，汛期流量200立方米／秒。新河自章家山至梳妆台闸入江，全长10.6公里，汛期流量为80立方米／秒。
(二)白荡湖流域
该流域位于县境腹部，周高中低。1953年，白荡闸建成后江湖分隔，拒江节流，汛期水位显著降低。该湖流域总面积为775平方公里，其中枞阳县境为712平方公里；湖体安全容量为2.07亿立方米，水位13米。北有3条河流入湖：罗昌河，自七桥水库至乌金渡渡口，全长47.6公里，其中县境为19.8公里，流域面积477平方公里，汛期流量790立方米／秒；钱桥河，源于祖庄水库，水流与罗河汇合，长28.6公里，流域面积141平方公里，汛期流量233立方米／秒；杨市河，自青口坂水库经杨家市入湖，全长23.7公里，流域面积94平方公里，汛期流量为314立方米／秒。
(三)菜子湖流域
该流域位于县境西部，县内流域面积397.5平方公里，湖泊安全容量为10.2亿立方米，水位14.5米。北有孔城河，流经县内长9公里，汛期流量为2660立方米／秒；南有长河，自铁罗冲口至城关镇，全长16.5公里，流域面积370.54平方公里。汛期流量472立方米／秒，经枞阳闸入江。
(四)“两赛”流域
该流域位于县城东，是独立水系，流域面积为68.5平方公里，经石矶长河至古塘新圩闸河拐入长江。
县境水文特征是：年径流量大、变幅大和侵蚀性模数较大。年平均径流量9.33亿立方米，不包括江面和江岸8.17亿立方米，平均径流深度516毫米，丰水年为948毫米，枯水年仅244毫米，相差704毫米，比值为3.9；且冬春季较小，夏季较大，汛期占全年的60～70％。年均径流深由南向北逐渐增大，沿江地区与菜子湖畔为470毫米，中部地区为500毫米，西北部为5l0毫米，东北部为700毫米以上；并随海拔高度升高而增大。洲圩区为431毫米，丘陵区为521毫米，低山区为698毫米。县内水土流失严重，水土流失面积占总面积的58.4％；白石、金渡、官桥等地区，年侵蚀模数每平方公里达7000吨以上；高甸、将军、钱铺、白柳等地每平方公里有1000～2000吨。据调查，金渡乡秀山村年输出推移质2.53万吨、悬移质0.23万吨，侵蚀模数每平方公里5172吨。
二、地下水
县境沿江一线含水层，发育于长江一级阶地的全新统古河床，由细粉砂组成，厚度在15米以上，发育良好，地下水埋深小于2米，可采水员10～15吨／米，矿化度小于1，水化学成份为型；低山丘陵中性岩地区属裂隙喀斯特淡
型；低山丘陵中性岩地区属裂隙喀斯特淡水中等富水亚区，含水层主要由古生代灰岩裂隙喀斯特组成，其他地区系古生代、中生代砂页岩及喷出岩系的虺隙水，属贫水区，矿化度小于1，水化学成份为型。