三国吴黄武七年(即魏太和二年，公元228年)，吴鄱阳太守周鲂假降，诱魏扬州牧曹休率兵十万来皖。吴兵在石亭(今潜山县三妙乡时思寺附近)埋伏出击，大破曹休营，追击到夹石关(今桐城县北小关)消灭曹休十万军卒。曹休因此战役惨败，恼怒成疾，回魏仅三个月而亡。这次战役是吴国孙权的预谋，他命大将军陆逊为帅，全琮、朱桓为左右督。曹休军队行至皖境石亭宿营，带路的周鲂等人潜逃，曹知中计，本当退兵，但其自恃兵众将广，更因疏于防范，而致惨败。元朝大德年间，僧人在曹休兵败之地“石亭”建“时思寺”，即取时思过，时思错，时思傲之意。
隋文帝开皇二十年(600年)熙州(即后来同安郡)人李英林聚众起义，占有古皖城。隋即派扬州总管司马张衡为行军总管，率官兵五万来熙州镇压，义兵被击溃。恭帝义宁二年(618年)殷恭邃率义兵攻得同安郡城，维持统治四年，后恭邃以郡降唐。唐肃宗上元二年(760年)，江淮都统刘展反唐攻占舒州城池。代宗宝应元年(762年)，舒州小吏杨昭率众起义，在战斗中刺史刘秋子被杀，朝廷派官兵围剿，战事持续多年。大历十一年(776年)江淮义兵领袖陈庄夺得舒州城，刺史张万福用招降纳叛之策，瓦解义兵队伍，大部义兵迅速降唐，陈庄最后自杀身亡。懿宗咸通九年(868年)，唐朝派赴桂州的500多名戌卒在桂州起义，推选队伍中粮料判官庞勋为领袖，十二月间，义兵攻破舒州。由于官兵追击，义兵在城居栖两日即弃城北进。懿宗咸通十年(869年)义兵败于朱邪赤心的沙陀兵。庞勋在徐州阵亡。僖宗乾符三年(876年)十二月，濮州人王仙芝率义兵从河南进攻到舒州，与守城军屡战，得胜后与黄巢义兵合兵，后因接受朝廷招安与否意见分歧，又与黄巢分兵退出舒州。唐朝中和四年(884年)至景福二年(893年)，舒州战事不断，主要是起义军与官军交战。首先是荆南节度史陈儒攻战舒州。舒州刺史高澞向庐州刺史杨行密求救。杨急派衙将李神福率兵攻打已得舒州的陈儒，最后杨行密夺得舒州，李神福为舒州刺史，州境由此归属杨吴统治。南宋度宗咸淳元年(1265年)邑人刘源，奉地方将领之命组织抗元义兵，于天柱山措置山寨，春耕冬训，加紧练兵，以备迎战。恭帝德祐元年(1275年)正月，元将相威率师攻打司空山和潜山野人原，兵过安庆府时，宋朝知府范文虎降元，县境从此属元朝统治。翌年十一月，舒、黄、蕲三州各地相继起兵复宋，转入地下斗争的刘源又集兵众万余，上天柱山举起抗元旗帜。连续三年与元军及投靠蒙古的势力发生战斗百余次，祥兴二年(1279年)义兵长刘源为元将昂吉儿所败，牺牲于天柱山。
元顺帝至正十一年(1351年)罗田人徐寿辉、麻城邹普胜等在湖北组织白莲教成立义军。同年十一月，兵攻潜山县城。城遭兵火，西门塔顶被焚毁，死伤难计其数。至正十八年(1358年)，红巾军天完将陈友谅率兵再攻潜山县城，与朱元璋部将徐达、廖永忠、张志雄等反复战斗于潜山县境。后来战场从潜山县境转移鄱阳湖畔。
明崇祯八年(1635年)古历二月初二，张献忠率“改世王”刘希尧、罗汝才等营攻到潜山，并在虎头崖寨捉获知县赵士彦，次日释放，明将史可法临县杀赵士彦，崇祯九年(1636年)十月，马守应、罗汝才所率义兵乘船经水路到县境蒿畈。崇祯十年(1637年)，张献忠、罗汝才部队又来潜山县，从正月开始义兵在县境活动频繁，捉住知县朱家湘，七月又围攻驻天宁寨的明将史可法，烧毁天宁寨。崇祯十三年(1640年)张献忠率部突围入四川。崇祯十四年(1641年)五月，义兵贺一龙、贺锦、马守应、刘希尧、蔺养成等五营在潜山再破多寨，于虎头崖寨杀潜山县主薄张逢时。同年十二月十九日，义兵在太平寺俘知县李胤嘉、典史沈所安父子，押送到义兵总部桐城境。崇祯十五年(1642年)正月十一日义兵释李胤嘉、沈所安父子等十人，在沙河将李沈等杀死。九月，贺一龙、贺锦等二营义兵，赴河南省与李自成军会师。同年九月二十一日，义兵总部从桐城县移到潜山县南乡滚子畈。九月二十三日，明朝总兵黄德功尾追并挫伤义兵于滚子畈、古城山、老墈头等地。义兵退到太湖县后，复移总部于潜山县后北乡天堂(今岳西县)，造屋积谷。顺治五年(1648年)八月，自称江西宁王后裔朱统锜据飞旗寨。同年十月，当地农民余公亮据鹰窠寨，聚众数千，反抗知县胡绳祖加亩征赋，拥护者甚众，监生胡经文据舒城界横山寨，发动民众声援。是年十一月二十三日，余公亮率数百人攻入县城，焚烧册籍。顺治六年(1649年)二月初四日，胡经文拥朱统锜为“石城王”，启用永立年号，行文授官，鸠降诸寨，统帅24寨，联络蕲黄48寨。同年4月，清朝操江都御史李日芃率兵平梅家寨，六月平鹰窠寨，八月平皖涧寨，十一月平飞旗寨、西关寨、马园寨等。顺治七年(1650年)正月，李日芃诱执朱统锜，并对起义农民施以残酷镇压。