民国元年(1912年)，县署改称县公署(也称县知事公署，县行政公署)，县官改称县知事。民国6年，县公署始设秘书室和政务、军事两科。
民国16年，县公署改称县政府，县知事改称县长。县长下设秘书1人，并设第一科、第二科、第三科，分别管理民政、财政、建设、教育、诉讼等方面的政务。民国19年，县长下设秘书室和公安、财政、建设、教育四局。民国22年，局改科，设总务、财政、公安、建设四科。民国25年，四科并为三科：第一科司民政；第二科司财政；第三科司教育、建设，各科设科长1人，科员4人。民国28年，第一科除司民政外，兼司教育，第二科除司财政外，兼司建设；第三科专司军事。
民国30年，全省实行新县制，县政府设秘书、会计两室和民政、财政、教育、建设、军事五科。各科设科长1人，科员5—7人。两室各设秘书1人，会计1人。此外，还有录事、办事员等若干人。民国31年，增设助理秘书1人。同时增设粮政科。民国32年，秘书改为主任秘书，助理秘书改为秘书。增设地政科，裁撤粮政科。
民国33年，因抗日战争形势紧张，县政府机构缩减为秘书、会计两室和民教、财建两科，年底增设合作指导室。民国34年，设民政、财政、建设、教育、社会五科。民国36年，设秘书、会计、合作、统计、人事五室和民政、财政、建设、教育、军事、社会六科。各科室共设员70余人。
民国21年，全省划为10个行政督察区(后迭经变更，有时为9个区，有时为8个区，至抗日战争结束，又恢复为10个区)。潜山一直属第一行政督察区，为二等县。民国30年(1941年)实行新县制后，潜山为五等县。
民国时期知事、县长名录

附：民国时期县参议会
民国时期，县内先后设有县临时参议会和县参议会。
民国34年1月，潜山县临时参议会举行第一届第一次会议。议长：操雨含；议员有张东野、程仲谐、李精华、桂若兰、王玉堂、黄哲、陈绶青、程一东、林学成、彭月峰等15人。
民国35年6月，潜山县参议会第一届第一次会议召开。各乡镇推选出县参议员43人，出席会议的37人。议会选举张东野为议长，李怀德为副议长。会议审查了县政府和田粮处、警察局、银行、公有款产管委会、救济院等部门的工作报告和财政预算。
此后，县参议会发布《告全县父母兄弟姊妹书》，并附《暂定以户养保、以保养乡办法》，通告全县民众遵照执行。
民国36年，中国共产党领导的革命斗争迅猛发展，县议会议长(此时张东野调离潜山，议长由李怀德接任)及诸议员，均奔往安庆。故第一届国民代表大会代表的选举改在安庆进行。沈克集当选为国大代表；李国彝(女)当选为全国妇女代表。