一、企业主管机构
建国初，区内国营工业只有粮食加工、制茶、酿酒、印刷等厂家，职工数都在百人以内；以家庭或个体为主体的工业生产，都是自理产、供、销，自负盈亏，无需设立专门的管理机构。1953年，地委始设工业工作委员会（后改名工交部），主管国营工业、公私合营工业和手工业合作社等。
1956年，专署成立工业科，定编制11人，贵池、铜陵、桐城、潜山、太湖、望江、宿松、湖东（今枞阳县）等8县亦相应成立工业科（各定编3人），其余5县则在工商科内增设工业管理干部2名。不久，地委工交部干部由原来的7人增为11人，并新设生产、组宣2个组，1958年扩大编制为34人，内设办公室、干部科、组织科、教育科；与此同时，专署改设冶金局（36人）、化工局（19人）、机械局（26人）、煤炭局（18人）、轻工局（70人）、交通局（23人）、邮电局（30人），管理工交系统内的企业。
“文革”初期，工业管理混乱。1967年11月成立专区生产指挥部，实行军事管制，因造反派仍在批判企业的规章制度，各行业处于无政府状态。1968年8月，地区革委会下设生产指挥组，主管工作有所恢复。1976年，地区革委会生产指挥组撤销，改设地区工交办公室，归口管理重工业局、轻手工业局、机械工业局（农机管理局）、交通局和邮电局。1979年后，各工业企业陆续撤销革命委员会，重新任命厂（矿）长，同时取消“文革”时期的“工代会”组织，恢复职代会和工会。
1980年撤销工交办公室，设立行署经济委员会。区辖10县亦先后组建经济委员会，归口管理工交系统的重工业局、煤炭工业局、机械工业局、供电局、轻手工业局、交通局、邮电管理局、医药管理局、乡镇企业局（后改属农委口）等机构及其所属企业，至1988年9月基本未作变动。
二、计划管理演变
建国初，地委主管部门对国营企业、公私合营企业实行直接（指令性）计划，对私营工业和手工业实行间接（指导性）计划，计划管理较为粗放。1949至1952年，全区列入计划的企业仅3户，生产以市场导向为主。
1953年，地委工交部开始推广苏联经验，建立初步的计划管理体系。内容主要是对私营企业贯彻利用、限制、改造的政策，运用各种经济合同把它们的经济活动引导到国家计划的轨道，并帮助它们解决原料、市场和资金等方面的困难；运用政权力量，在加强行政管理和金融管理的同时，开展“五反”运动，对不法资本家的违法行为依法进行制裁。
在完成对私营工业和个体手工业的社会主义改造后，区内手工业社（组）的主要形式有：集体生产、统计盈亏的企业占总社（组）的58％；分点生产、统计盈亏的占39％；分散生产、分计盈亏的占2％；组织挂钩、自负盈亏的占1％等4种类型。“一五”期间（1955至1958年），区内工业管理基本是计划管理与市场机制相结合的体制；到1958年，计划管理逐渐强化，形成集中统一的管理模式。1958年“大跃进”运动中，各级大办工业，兴建成批的工业项目，增加了生产能力，但严重违背了持续、稳定、协调发展的经济规律，致使生产效益下降、商品供应匮乏、人民生活水平低下，国民经济出现严重困难。
1961年，开始执行调整、巩固、充实、提高的方针，压缩工业规模，减员24666人。当时全区有644个（其中地直113个）县属以上企业，都分别进行撤、关、停、并、减，最后调整为473个。原升级不当的167个手工业企业，均由全民所有制调整为集体所有制。对国营企业，实行定产品、定人员、定原材料（燃料）消耗、定资金、定协作；对集体所有制企业，则确立以集体所有制为主，鼓励发展家庭手工业生产。另外还划小核算范围，采取多样化经营，恢复名优传统产品，并积极倡导走协调、健康、“三服务”（为农业、城乡人民生活、国家大工业服务）的发展道路。通过调整，工业系统开始出现生机。
“文革”期间，刚建立和健全的工业管理体制又被打乱，各地都用“革命大批判”代替科学管理。1976至1979年，开展工业学大庆活动，恢复和重建了一些必要的规章制度，使企业的生产秩序逐步走上正轨。1980至1982年，对56个企业分两批进行整顿，加强企业领导班子的建设，恢复党委领导下的厂长负责制和职工代表大会制度，分期分批地对各级管理干部和企业干部进行轮训，为经济体制改革打下了良好的基础。
三、厂长负责制
集中统一领导体制的实现，是靠党委领导下的厂长负责制来完成的。早在1956年，区内就开始实施这项制度。其特征是将企业置于党委绝对领导下，凡生产、计划、财务、技术、人事任免及奖惩，都由党支部讨论决定，包括车间的生产均必须在党支部的统一领导下进行。60年代前期，区内部分企业也曾一度实行过党委领导下的总工程师（工程师）、总经济师（经济师）责任制和党委领导下的职工代表会制，但不普遍。
1979年开始实行党委领导下的厂长分工负责制，作为由党委领导下的厂长负责制向厂长负责制的一种过渡形式，使厂长的生产经营指挥权有所增强。其后，随着经济体制改革的深入，为适应社会主义有计划的商品经济发展，使企业成为自主经营、自负盈亏的商品生产者和经营者，1984年又开始进行厂长（经理）负责制的试点。第一批试点企业为地区活塞环厂、地区黄山岭铅锌矿、桐城内燃机修配厂、望江酒厂、望江农机一厂、枞阳农机一厂、宿松电器厂、东至齿轮厂、怀宁月山煤矿等10个企业。1985年，厂长负责制企业扩大到49家，并试行政企分开、经营权和所有权分开的体制。厂长为企业法人代表，对企业负有全面责任，起中心作用。实行厂长负责制的企业，同时实行厂长任期目标责任制，切实保障经营者责、权、利相统一。至于企业的党组织，则要积极支持厂长实现任期目标和生产经营的统一指挥，搞好企业内部党的思想、组织建设，做好职工的思想政治工作，发挥职代会民主管理的作用，保证与监督党和国家各项方针政策的贯彻实施。