1961年安庆地委制订的《关于机械排灌管理办法》规定：水费征收应本着收支平衡的原则，谁受益谁负担，多受益多负担。1963年以后，大多数单位采用计时征收水费。枞阳县永登机站按每台时153元计收水费；潜山县油坝公社团结大队机灌站，根据各生产队订出供水小时，按时计征，每小时收水费7．10元；怀宁县麻塘湖水库按实际受益田亩分配，秋后一次收取或午收后预交一部分；东至县跃进水库按灌水次数多少收费，每灌一次每亩收0．5元；桐城县牯牛背水库和镜主庙水库规定：按受益田亩负担，征收标准不超过平均亩产百分之五；潜山县幸福河灌区，按各公社受益田亩比例分摊，一次收取。
1965年《安徽省农田排灌水费征收使用和管理试行办法》规定：水费征收标准，除满足维护工程、管理等项开支外，还应略有盈余。“文化大革命”期间，水费征收处于停顿状态。“文革”以后，情况有所好转。据1977年统计：全区应征收水费的田亩163．3万亩，已征收59．3万亩，占总数的30％。
1980年省水利厅颁发《关于认真做好水费征收工作的报告》，强调受益单位必须按规定向水利工管单位缴纳水费，对拒交或无故拖欠的，工管单位有权停止供水。
党的十一届三中全会以后，中央和省对农业水费征收工作作了不少规定，取得一定成绩。据47个国营管理单位统计，1981年计收水费78．43万元，1982年收72．84万元，1983年收123．95万元。15座大、中、小（一）型水库和灌区，1985年水费收入共计40．81万元（其中花凉亭灌区各县自收的不在内）。
花凉亭水库灌区自1964年开始通水受益，1967年即按已灌的田亩计收水费，拟定年收水费8．55～14万元，分摊到各受益单位。太湖县2．3～3．6万元，望江县5．9～9．8万元，宿松县0．23～0．38万元，怀宁县0．12～0．22万元。但除受益较大的望江县群众缴“忠”字水费10万元外，其它3县均未交纳。1978年地革会主任主持召开各县领导人员会议，决定以行政手段落实收缴水费任务，并暂定以32万亩计收（实灌50余万亩），每亩年收费1元，地、县管理单位按地四县六分成，直到1985年不变。此后，水费收缴情况逐渐好转，1980到1985年灌区管理局共实收水费57．482万元。1985年开始水费改革，改按基本水费与计量水费相结合，以计水量收费为主，基本田亩收费为辅，1986到1987年，计收水费48万余元（交到灌区管理局的部分）。
花凉亭灌区水费主要用于：工程维修养护和设备更新；绿化及其它副业生产周转金；管理单位的部分行政费用和职工奖励；宣传、培训、科研等业务费的补足。