抗日战争以前，安徽省政府在安庆设立水利工程处（隶属省建设厅），主管水利工作，专署、县均未设水利机构。抗日战争胜利后，省政府在合肥设立水利工程局，同期扬子江水利委员会在芜湖设立安徽区堵口复堤工程处，并在沿江分设3个工程段，专管全省江堤工务。其时，宿松、望江、东流3县归第一工程段管，怀宁、桐城（含枞阳）、贵池3县归第二工程段管。此外，又在华阳设立华阳闸坝工程处，专管华阳闸坝工程施工。民国37年（1948年）扬子江水利委员会改为长江水利工程总局，安徽区堵口复堤工程处也随之改为安徽区堤闸工务所，下属各工程段名称未变。
民国38年5月，安庆专区即在华阳设立太、宿、望水利委员会，负责同马大堤和望江县江堤的修防工作。8月，在安庆韦家巷正式成立安庆专区水利工程局，张云峰任局长，干部和职工共100余人。同时，池州专区也于5月成立防汛委员会，主持沿江各县江堤堵口复堤工作。
1950年，安庆专区水利工程局撤销，专署内设建设科，主管水利、交通和城建等工作。同时成立安庆专区长江修防工程处，专管长江堤闸修管工作。池州专区亦于同年5月成立池州专区水利工程处，主管江堤和其他工作。1952年，池州地区水利工程处并入安庆专区，成立安庆专区水利工程处。1953年专署建设科改为农建科，主管农、林、水利工作。1954年4月，省水利厅批准在潜山成立安庆专区皖河工程处，专管皖河治理，1955年该处并入安庆专区水利工程处。1956年安庆专区水利工程处改为安庆专员公署水利工程局，后又改名为安庆专员公署水利局，内设秘书、农水、设计、财器等股。1958年8月，改为安庆专员公署水利电力局，职能机构增设了电力股和工程管理股。同年11月地委批准成立安庆专员公署水利电力局机械厂和安庆专员公署水利电力局水泥厂。至此，水电局直属单位人数总计为1223人。
1965年，东至、贵池、铜陵、青阳等县划归池州地区，水电局分去一部分领导干部和技术干部。1966年“文化大革命”开始，工作组进驻机关建立安庆专区水电局革命领导小组，后改为安庆专区水电局革命委员会。1969年专区水电局撤销，农、林、水3局合并成立农业站。10月，农业站撤销，农、林、水3局分设机构。水电方面成立安庆专区水利支队。1970年成立“安庆地区革命委员会水利电力局”。原下放到县管理的杨湾、华阳、皖河、枞阳等大中型涵闸，麻塘湖水库管理所和岩坡堰管理所等单位，均收归地区水电局领导。
1979年10月，安庆地区革命委员会水利电力局改为安庆行署水利电力局。局以下设农水所、工管所、地区长江修防所、物资储运站、勘测设计室、水利工程队等。同年经地委批准增设安庆行署水利电力局机械排灌管理所，负责全区机电排灌站管理工作。
1980年，原池州地区水电局的大部分人员和所属物资储运站、水利工程队全部人员都并入安庆行署水利电力局，黄湓闸管理所亦归安庆行署水电局领导。
1987年水电局内设机构有办公室、政保科、计划科、财务科。直属单位有农水工管所、机电排灌管理所、长江修防所、勘测设计院、物资储运站。下属单位有安庆地区花凉亭灌区管理局、安庆地区水电工程公司和枞阳闸、杨林闸、杨湾闸、华阳闸、皖河闸、黄湓闸、麻塘湖水库等管理所及岩坡堰灌区。1987年水电局系统直属单位共有职工1302人。另有归行署领导而交给水电局管理的花凉亭水电站，共有干部职工433人。