区内水域以江河、湖泊为主，水系贯通。1980年，以渔用口径统计，全区总水面达252．91万亩，其中湖泊182．85万亩、水库14．65万亩、池塘33．33万亩、河流22．08万亩（不包括长江水面）。另外，从1980至1985年底，沿江7县陆续退田还湖面积约19万亩，改田挖塘1万多亩。
一、江河
长江流经区内7县，全长260公里，为区内重点天然捕捞场所之一。据采集到的鱼类标本，隶属19个科，计84种（属）。其中以鲤科为主，占59％；以鲥鱼、刀鲚、河豚为名贵。50年代张捕“四大家鱼”鱼苗30至50亿尾，捕捞各种经济鱼类达百万公斤，其中鲥鱼数千公斤，刀鲚数万公斤。60年代，由于工业污染及通江湖泊建闸，鱼类资源开始减少。1985年，仅张捕鱼苗2亿多尾，各种经济鱼类尤其是鲥鱼、刀鲚的捕获量甚少。
长江两岸主要河流有19条，其中长度在100公里以上、流域面积在100平方公里以上的有长河、潜水、皖水、黄湓河4条大河。另有岳西县西北部的主簿河、头陀河、黄尾河、鲍家河4条支流，流域面积为709平方公里。全区有渔用价值的河流面积共22．08万亩。
二、湖泊
1、泊湖位于长江北岸，面积35万亩。地跨太湖、望江、宿松3县，为管理型湖泊。湖中水肥草多，盛产鱼、虾、鳖、蚌、蟹、野鸭。年捕获量达350万公斤，1954年曾高达750万公斤。自华阳、杨湾两闸建成后，鱼产锐减。1964年仅产40多万公斤，现年产150万公斤左右，以青虾、毛鱼、银鱼为多。
2、升金湖位于长江南岸，面积13万亩，地跨东至、贵池两县，以黄湓闸与长江相通，为管理型湖泊。全湖水质肥沃，水草繁茂，盛产多种鱼类、虾、蟹、鳖。因历史上鱼产丰富，传说可日升斗金，故称之为“升金湖”。从湖内采集到的鱼类标本有19科、61种（属）。建闸前，全湖最高年产量达350万公斤左右，其中青、草、鲢、鳙产量占50％以上。现年产量下降，只能保持在150万公斤左右。该湖为候鸟迁徙越冬栖息场所，是国内珍稀水禽重点保护区。据统计，各种候鸟达43种之多，以丹顶鹤为名贵。
3、菜子湖位于长江北岸，地跨枞阳、桐城两县，现有面积27万亩，以枞阳闸与长江相通，为管理型湖泊。建闸前，该湖盛产鱼、虾、蟹和水禽，水生植物繁茂。1954年，产量达600多万公斤，1955年为450万公斤，1956到1959年，年均为325万公斤。建闸后，因围垦过度，加之酷捕滥捞，产量锐减。现年产下降到150万公斤左右，以毛鱼、小杂鱼、小虾为多。菜子湖历来是长江流域刀鲚的天然产卵场之一，其幼鱼俗称“毛花鱼”，为该湖的主要资源。
4、武昌湖位于长江北岸，望江县境内，面积13万亩，以皖河闸与长江相通。1977年以前为开放型湖泊，最高年捕捞量达200万公斤。1958年围垦，面积缩小、资源衰退，年捕捞量下降到15～20万公斤。1977年建立国营武昌湖渔场，实行人工养殖，年产量上升到50多万公斤，成为省、区大型养殖湖泊之一，现年产量已超百万公斤。5、白荡湖在枞阳县境内，以白荡闸与长江相通。渔用水面15万亩。1956年4月，由中央、省投资，委托枞阳县政府建立白荡湖养殖场，系全国早期的国有大水面养殖企业。1957年开始围湖造田，水面逐年缩小，现年产量为30万公斤左右。
6、黄湖、大官湖在宿松县境内，为管理型湖泊。它下与泊湖相通，上接龙湖，中间有下仓铺为重要渔业集散地。下仓铺以上为大官湖，以下为黄湖。两湖总面积约40万亩，历来盛产银鱼、毛鱼和鳊鱼等。沿湖专业渔民甚多，开展风网作业。近因围垦、建闸等因素的影响，资源遭到破坏，年产量约二、三百万公斤。
三、水库
建国前境内水库很少。1957年以后，兴建水库724座，其中大（一）型水库1座（太湖花凉亭）、中型水库11座、小型水库712座，总库容32亿立方米，渔用面积14．65万亩。所建水库，水质肥沃、理化性状良好，属富营养型或一般营养型水域，现多已利用养殖。花凉亭水库年产鱼50多万公斤，为省、区著名商品鱼基地之一。水库以放养鲢、鳙鱼为主，其它鱼类甚少。全区水库年产鱼200万公斤以上，近年来随着水库养殖及捕捞新技术的应用，水库渔业日益兴旺。
四、池塘
1949年，全区共有池塘19．9万余处，可蓄水4亿余立方米。1957年，全区池塘比建国初期增加12853处，蓄水量增加18680万立方米。1965年，经过国民经济调整，全区又增加池塘近两万个。70年代，因农村劳力多投入区内大型水利工程，小塘小堰的修建基本上停顿。80年代初，不少地方改塘造田，池塘增加缓慢。1982年，在国家扶持下，改建、兴建了贵池白沙湖、东至黄泥湖、望江青草湖3个国营渔场。至1988年，全区共有18．4万处池塘，蓄水量为71200万立方米。其中养鱼池塘，多由群众承包，经济效益显著。