清康熙以前，安庆驻军为操江巡抚李日芃所率的左右2营，计2000余人。康熙元年（1662年）将其裁撤，并归江宁总督郎廷佐管辖。康熙五年，郎廷佐报请清廷增添安庆驻军获准，设副将1人、守备2人、千总2人、把总4人、哨官4人。分设左军为守城营，右军为江防营。两营共增官兵800余人，分别由守备统领。守备始为张信、毋世科，继为曹虎、施国耀。另将水路游兵营、骑兵营、瓜洲营及陆路潜山营，连同左、右军统归副将熊嘉梦（后为陈玉勋）管辖。康熙十三年，驻安庆清军改为抚标左右2营，各设游击1人、守备1人、千总2人。计步兵3000人、马兵75人、守兵375人及战马97匹，直属安徽巡抚统辖，主要担负省城防务。
雍正七年（1729年），增设千总2人、把总4人。原骑兵、瓜洲2营改属江宁副将。雍正十年，左营游击改为参将（始为杨大任，继为张起鹤）。乾隆二十六年（1761年），江北毛湖洲、喻家氵伏、大湾和江南枫火矶、马当矶6汛（绿营兵称“汛”），改归江南湖营管辖。乾隆三十年，增设集贤关、冷水铺汛。乾隆四十七年，驻安庆的左右2营，各添马兵75人、步兵125人、守兵50人。道光二年（1822年），实设副将1人，由长喜担任；中军都司佥事1人，由熊殿元担任；守备1人、千总2人、把总4人；外委千总2人、把总4人及马兵36人、步兵166人、守兵638人、唬船27只。道光十九年设巡防营，营下设哨，哨下设千总、把总，官兵500余人，直属军事统领刘利贞。
咸丰三年（1853年）春，太平军攻克安庆，清军溃退。同治八年（1869年），清廷设长江水师安庆营，官兵500余人。营下设哨，哨下设队。左、中、右哨辖8个队，分驻东流、建德、贵池、枞阳；前、后哨辖7个队，分驻望江、怀宁、桐城。
光绪九年（1883年）3月实行裁兵节饷，汰弱留强，将精壮士卒编入练军，共4000余人。改编后的练军，有步兵8个营、马队1队。除驻安庆外，还派驻全省各地。光绪二十年，步队4营北调，留下400人编为炮队1营，驻防安庆。光绪二十四年改名定安练军营，编余的400名士兵另编为副营；光绪二十六年又改编为武卫军。光绪二十九年实行军制改革，将部分军队改为巡警兵，只设副将1人、千总2人、把总2人、什长10人。巡警兵98人，由分哨、分栅统领官兵。对裁减的士兵，每人发3个月薪饷返乡。光绪三十年，又从武卫军中挑精兵千名，编为常备军左右2营，并将原定安练军4营改为续备军4营。光绪三十一年设安徽督练公所，至宣统二年（1910年）撤销。光绪三十三年编成第三十一混成协（旅），官兵5000余人。协下分第六十一、六十二标，胡殿奎、顾琢塘分任标统；另编炮、马各一营，工程、辎重各一个大队。
宣统三年，旧军制解体，驻安庆的清军有巡防、江防各一个营。