安徽省建省(1667年8月30日)后，隶属于江南总督(驻江宁，今南京市)管辖。康熙二十一年(1682年），改称两江总督(仍驻江宁)，总督名称前以江南省为名，后以统理上江、下江及江西省为名。雍正元年(1723年)，兵部议决，两江总督统理江苏、安徽、江西3省的军政事务，直至清亡。清末，该总督还兼南洋通商大臣，为清代最重要的十总督之一。
安徽省属清初的内18个省、光绪间的内23个省之一。安徽省建省后疆域固定，设置建制及管理体制都比较完善，实行省及派出机构——道——管辖下的府(直隶州)、县(散州)三级管理体制。太平天国运动期间(1851～1864年)，天京(今南京市)为其首都，安徽省为太平天国京畿近地和巩固的革命根据地，也是太平天国建制最完善的地区之一。实行省、郡、县三级管理体制。清廷早在嘉、道后，道正式作为省以下行政区划，实行省、道、府(直隶州、直隶厅)、散州(散厅、县)四级管理体制。
省，初期称行省，作为地方一级行政区划名称始于元朝。元代最初设军政合一的行省，至中后期调整为13个较固定的政区。其中，最早的固定行省要数陕西行省。它始于中统三年(1261年)所设的陕西四川行省。明沿元制，洪武九年(1376年)，改行省为布政使司，终明之世，全国共设北、南两直隶(又称北京、南京)，13个布政使司，共15个一级行政区划，习惯上仍称“行省”。清沿明制，清初改明15个一级行政区划为“内十五省”，安徽地区属江南省(治江宁，今南京市)。康熙六年，裁江南省，分建江苏、安徽省，安徽省始正式作为独立的一级行政区划出现在中国疆域史中。在此之前，安徽地区为多个一级行政区划所分割，至明及清初才统一在一个一级区划(明南直隶、清初江南省)范围内。