一月
二十七日（3月16日）曾国藩自安庆起程东下，查阅沿江各军营伍。
二月
五日（3月23日）张乐行率捻军20余万人，与僧格林沁部陈国瑞、富尼阿等大战于雉河集近郊，张乐行部被包围，仅率20余人突围而出，去往宿州。捻军故乡雉河集失守，捻军众首领刘玉渊、苏添福、赵浩然等及部众2万余人被杀，僧格林沁下令屠杀雉河集地区群众。捻军首领杨瑞英、王怀义、刘天祥、王凤朝等叛变投敌。
是月捻军首领张乐行及其子张闹等，被宿州知州英翰捕获，送交僧格林沁大营。于二十四日就义于亳州义门附近之周长营，同时死难的捻军首领有孙葵文、江吕陵、刘学渊、苏天才等。
二十六日（4月13日）奉王古隆贤、匡王赖文鸿率军占领黟县。三月十七日退出。
三月
十五日（5月2日）苗沛霖因僧格林沁北去，乘机复叛，袭据怀远、凤台、颍上各县，围攻寿州。
四月
十七日（6月3日）唐训方（湖南常宁人）任安徽巡抚。
是日清廷连促僧格林沁自山东回安徽，剿办苗沛霖。
二十二日（6月8日）巢县被湘水师成发翔部、陆师刘连捷部攻陷。
二十四日（6月10日）含山县被鲍超部攻陷。
二十五日（6月11日）和州被鲍超部攻陷。
四月（6月）捻军张宗禹、陈大喜部，见僧格林沁北上，苗沛霖又复抗清，遂由豫西回到皖北，重新占领雉河集，团结原在皖北捻军余部，继承其叔父张乐行的事业，继续抗清斗争。从此，张宗禹逐渐成为后期捻军主要首领。
春含山、南陵、宣城瘟疫流行。秋，建德病疫漫延，民得"麻足病"，半日即死。
六月
四日（7月19日）苗沛霖部攻占寿州。
九月
十九日（10月31日）奉王古隆贤以皖南石埭、太平、旌德3县降于湘军总兵朱品隆，该日起开始缴械弟刂发。
十月
三日（11月13日）匡王赖文鸿弃守宁国，清总兵易开俊等据之。
四日（11月14日）太平军降将彭国钧引广德州守将郑魁武及部众万余，降于总兵易开俊，太平军天将江会义等复乘机夺占广德。
六日（11月16日）建平县被鲍超部攻陷。
十二日（11月22日）僧格林沁抵亳州，剿苗沛霖。
十月（11月）僧格林沁部及其内蒙古马队重回皖北，雉河集再告失守。
二十六日（12月6日）苗沛霖军在僧格林沁围攻下，大败于蒙城，苗为其部下所杀；苗军有部分出奔，加入河南捻军陈大喜部。
二十七日（12月7日）苗沛霖部张士瑞以怀远降于巡抚唐训方。
十一月
一日（12月11日）寿州苗沛霖部李遇春、苗景开等降于僧格林沁，清总兵陈国瑞、宋庆等部占州城。
三日（12月13日）江南提督李世忠部与总兵陈国瑞部在寿州内讧。
十日（12月20日）安庆军械所蔡国祥、徐寿、华衡芳试制成功中国第一艘小火轮船，长约3丈，每小时可行25公里。标志着中国近代机械工业的诞生。
十二月
九日（1864年1月17日）乔松年（山西徐沟人）任安徽巡抚。
是年曾国藩为两江总督，驻安庆，在任家坡军械库内设书局。翌年，湘军攻陷南京，书局随之迁移，称金陵书局。