佛教约于公元一世纪即两汉之际，由印度传入中国。其传播的途径，除了由西域而到中原、江南外，还有经过海路到达吴楚的情况。“据史籍的记载看来，当时楚地佛教的传播比起中原，似乎更盛一些。”(赵朴初《佛教常识问答》第81页)

从三国至两晋时期，江南地区的佛教渐有传播，但著名梵刹除庐山东林寺外，寥寥无几。这时九华山还是一片荒莽的山区，不过，它神采奇异的环境却也吸引着佛教传经布道的开拓者。据明代嘉靖《池州府志》、《九华山志》等记载，相传东晋隆安五年(401)天竺僧人杯渡来九华山，创建茅庵。

南北朝时期，门阀士族大力提倡佛教。梁武帝萧衍在天监三年(504)宣布佛教为国教，大造佛寺，出现了“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”的情景。这时，九华山虽比较荒僻，但据旧志记载，相传梁武帝天监二年(503)，亦有僧人伏虎来山，居拾宝岩，建伏虎庵为道场。

隋代统一了南北朝后，文帝杨坚致力于佛教的传播。曾下诏“于诸州名山之下，各置僧寺一所，并赐庄田”。(《大正藏》卷49)到下唐代，中国佛教进入了极盛时期。在这样的大气候下，九华山佛教才得以兴起。据唐隐士费冠卿《九华山化城寺记》所载，九华山佛教圣地的开创者为新罗僧人，世称“金地藏”。俗姓金，名乔觉。系新罗王族近亲。唐开元末(约719)渡海来华，至九子山(九华山)中，宴然独坐，苦行修持，一方善信，悉皆宗仰。至德初(约 757)山下长老诸葛节等捐款买下“谷中之地”，原为僧人檀号住寺的旧址(即今九华街化城寺)，为金乔觉兴建禅居。在众人的努力下，盖起了一座台殿式的寺宇。“当殿设释迦文像，左右备饰，次立朱台，挂蒲牢于其中，立门楼以冠其秀，丹素交彩，层层倚空”。建中初年(约781)，池州太守张岩，因仰慕金乔觉僧德，施舍甚厚，并奏请朝廷移旧额“化城”，置于该寺。贞元十年(794)金乔觉圆寂，尸坐石函中，越三年未腐，众僧徒尊之为地藏菩萨示现，建肉身塔(即地藏塔)供奉。从此，九华山被称为地藏道场，四方信众纷来朝山，历代香火绵延。

自化城寺创建以来至唐末，九华山周围陆续兴建了海会寺、庆恩寺、法乐院、仙隐庵、妙峰寺、多宝寺、承天寺、崇圣寺、妙音寺、福海寺、圆寂寺、福安院、双峰庵、九子寺、无相寺、龙池庵等20余座寺庵，它们多分布在青阳县城附近和后山一带。化城寺周围佛寺稀少，唐诗僧冷然在《宿化城寺》诗中所描绘的“佛寺孤存千嶂间”的景象，说明当时九华山的腹地(即今九华街)还比较荒凉，九华山佛教尚处在羽翼未丰、影响微弱的阶段。唐武宗李炎会昌年间(841——846)推行道教，排斥佛教。九华山虽远离京都，但山区周围亦有大小十余座寺院受到“唐武法难”的冲击。

唐代九华山僧人中，继新罗僧金乔觉后，名僧有胜瑜、道明、智英、道济、超永、卓庵、悟化等，诗僧神颖、应物、冷然、齐己等在诗坛上均名重一时。这些僧人中除金乔觉僧徒外，多属禅宗。晚唐时，佛教禅宗(南宗)传入九华。曾在安禅峰(又名禅师峰)结茅居庵(原为莲花庵，后改为福安院)达50年之久的道济禅师即是禅宗门徒：建于唐光启元年(885)的青阳城内的“南禅寺”(后称承天寺)，属禅宗；释超永，号无际禅师，系致藏的法嗣，“传心衣钵”。根据禅宗南宗重在“传衣法”，“心传”，授“无相戒”的特征，超永当属南禅一派。齐己在《赠九华上人》一诗中写道：“一法传闻继老能，九华闲卧最高层”，“老能”指的是南禅一宗的代表人物老安(658——709)和慧能(638——713)，“继老能”，即说明当时九华山一些僧人是属于南宗禅一系的。唐广明元年(880)释宝月将其师悟化禅师创建的西竺庵改为妙峰寺，该寺属临济正宗，从唐至清末历传76世。

宋代政权建立之后，对佛教采取保护措施，九华山佛教相应得到一定程度的发展。据统计，宋代九华山寺院在晚唐和五代的基础上发展到40余座。其中前山和后山新建的著名寺院有净居寺、圣泉寺、广胜寺、广福寺、天台寺、翠峰寺、曹溪寺、龙安院、五台院、永福寺、兴教寺等，先后被朝迁赐额的有12座。化城谷地在诗人的笔下是“云端开净刹”、“宝塔香灯诸洞见，石楼钟罄半天闻”。天台高处陆续建成一些寺院。宗杲禅师在《游天台》的诗中描述道：“踏遍天台不作声，钟声一杵万山鸣；五钗松拥仙坛盖，九朵莲开佛国城。”当时一派“佛国”气氛。

宋代九华山佛教徒中修持严谨、深究佛理的名僧有玉田、寂祖、云泽、宏济、惟政、广宗、善修等人。活跃在诗坛上的名僧有清宿，他受五代僧圆证委托，主持“九华诗社”；希坦著有《九华诗集》；寒碧、了机、率庵等人留有诗作。这些僧人多属禅宗。

元代90余年间，由于朝廷崇奉和支持喇嘛教，除在京城内外建有较多的喇嘛寺外，其它汉族地区的佛教无甚发展。而九华山佛教却是“庆云生处梵王宫，蹑蹬攀萝一径通。金殿忽开青嶂里，天人疑在白云中。”(罗邺《化城寺》)基本上保持宋时状况。新建的有西峰堂、成德堂等少数寺庙。较有名的僧人有智津、如理等，至元元年(1321)，真观和尚(号无像)以临济宗禅师身份来九华，曾住持化城寺，人称“无像禅师”。

元末，长江中下游一带爆发了持续10余年的朱元璋、陈有谅、张士诚等多支农民军参加的农民战争。九华山所在的池州全境成为主要战场之一，信众无法朝山，山僧失去了经济来源，生活陷于困境。寺宇长期失修，有的被毁。相传元末明初的三、四十年里很多寺院内无和尚。

明代鉴于元代崇奉喇嘛教的流弊，转而支持汉地佛教，使其得到恢复和发展。十六到十七世纪，明皇室对九华山佛教多方扶持。洪武二十四年(1391)赐银修葺化城寺，永乐二十年(1422)明成祖封妙峰寺妙广和尚为“护国瑜伽上师”，并赐金斓衣。景泰年间(1450——1456)敕封净居寺住持圆慧为“大度禅师”；宣德二年(1427)、万历十一年(1583)、三十一年(1603)，又屡赐银修复化城寺和肉身殿；万历十四年(1586)、二十七年(1599)先后降旨颁赐《藏经》。崇祯三年(1630)敕封万年禅寺(即百岁宫)的已故无瑕和尚为“应身菩萨”。

明代九华山重修和重建的寺庵有天台寺、招隐庵、德云庵、真如庵、华云庵、长生庵、龙庵、摘星庵等30余座。化城盆地寺宇林立，成为九华山佛教的中心。主刹化城寺于洪武二十四年(1391)建立丛林制度后，逐渐发展为拥有东西两序72座寮房的总丛林。全山范围的寺庵(包括前山和后山的茅蓬、精舍)达100余座。常住山上的僧众日益增多，朝山的信徒岁无虚日。明代九华山已同五台、峨眉、普陀等山共称为中国四大佛教名山，其香火之旺，又为“江表诸山之冠”。

明代僧人中禅居寺院、着重修持者甚多，如宗琳、法鉴、福庆、道泰、龙庵、佛智、性莲、智旭等人都相继传法阐学于九华。其中智旭为明末四高僧之一，于崇祯十年(1637)居九华山华严庵，次年写成《梵纲合注》等佛学著作，并在芙蓉阁建华严期(又称“华严大会”)，登坛演讲《华严经》和《地藏本愿经》。僧人中诗文著名者有智仁(作有《雪花集》)、忍草、敬简(作有《百桃园集韵》1卷)、禅渡(作有《塔影集》)等，他们的诗作大都古雅风致，惜多已失传。明代理学家王阳明曾于弘治十五年(1502)和正德十五年(1520)两居九华，广交僧人，谈禅打坐，写下多篇吟诵九华山水的诗赋，使“奇中之奇”的佛教名山传扬天下。

清代帝王崇尚佛教，从康熙(圣祖)南巡时起，就从精神上和物质上给九华山佛教以支持。康熙四十三年(1704)派包衣昂邦赫奕、内侍李环、太仆寺少卿格尔芬到九华山进香，赐银300两。第二年又赐御书“九华圣境”。四十八年(1709)再次派内务府广储司员外郎乌尔胡到九华山进香，并赐银百两。乾隆三十一年(1766)赐御书“芬陀普教”，并遣钦差普福(江宁布政使)朝山进香。

地方官府也给九华山佛教以支持。清初，九华戒坛乏人，池州知府、安徽巡抚喻成龙亲往浮山，三请兴斧和尚来九华，“始获提倡宗风，敷演戒律”。由于官绅和信徒的捐助，清代中叶全山新建和扩建了众多的寺院，据初步统计达150余座。化城寺拥有72所寮房，其中一些寮房又自称“禅林”或“禅院”，后相继分衍出祇园寺、百岁宫、东崖寺等丛林。周赟在《九华山志·化城寺僧寮图记》中写道：“天下佛寺之盛，千僧极矣。乃九华化城寺，当承平时，寺僧且三、四千人。寺不能容，则分东西两序；又不能容，各分十余寮至六、七十寮之多。于是各立门户”。“香火之盛甲于天下”。

清咸丰三年至同治二年(1853——1863)，太平军与清军数次激战于九华山一带，又因太平军的反佛教行动，大多数寺院毁于战火。化城寺周围仅剩10余所寮房。此后，清廷又陆续用了30多年时间，恢复九华山佛教。光绪年间给甘露寺、百岁宫等寺3次颁赐“龙藏”(《藏经》)各一部。绅商及信徒也竞相捐输。光绪十五年至十七年(1889——1891)贵池信士刘含芳经手募缘修建化城寺的钱币即达16300余缗(1缗为古币一千文)。当时修复的寺院20余座，并兴建了一些茅蓬、精舍。至清末，全山寺院仍达150余座。其中有名的新寺是旃檀林、九莲庵、天然庵、天池庵、华云庵、吉祥寺、心安寺、松树庵、西竺庵等。祇园寺、东崖寺、百岁宫、甘露寺仍保持着“四大丛林”的局面。

清代九华山佛教以禅宗为盛，其中临济、曹洞二宗相峙，以临济宗占优势。康熙六年(1667)临济名僧玉林(通璓)国师朝礼九华，传教说法，受他的影响，其高徒宗衍建的“上禅堂”，洞安建的“甘露庵”(甘露寺的前称)均先后成为丛林。明末清初，临济僧人古涧从普陀山来九华，住莲花洞数十年，倡导农禅，皈依者日众，遂成丛林。咸同年间(1851——1875)百岁宫住持僧宝悟同江南诸寺的宝初、宝月、宝印等被禅门称为“临济四宝”。清《高僧传》称他们是“弘演化道”，“一时宗匠”。清末，江南禅门“五老”之一的清镕(冶开)、近代高僧虚云等各传禅道于九华，一时宗风大盛。

曹洞一系，入清以来在九华山渐有崛起。释明雪(瑞白)住持聚龙庵，是清初有名的宗师，为曹洞宗云门系第二十八世。光绪年间，祇园寺住持大根是曹洞宗有名的禅宿。其后，释宽慈、宽扬等相继整肃禅规，继续保持“临济宗、曹洞法”的状况。百岁宫从释明雪起，“演二十八字”，自成一系，发展为曹洞宗的另一分支。至清末、民国初住持僧月朗被尊为第四十一世传人。

光绪二十四年(1898)，名僧月霞法师等人在翠峰寺开建“华严道场”进行僧伽教育，为佛教界培养了一批僧伽人才，开创了我国佛教教育史上办佛学院的先例。

清代九华山僧人中能诗工书者有杜多、敬简、力堂、心静、尘空、了然、神驹等。

辛亥革命后，九华山寺院虽间有兴废，但仍保持着佛教名山的局面。1913年青阳县佛教分会成立，次年易名为九华山佛教会。该会为“本山总机关，由丛寮组织之。性质与地方自治相近。”(1925年姜孝维编著《九华指南》)。其管辖范围，包括青阳县和九华山区境内的寺庙，还延伸到邻县的部分寺庙，北至铜陵县大通和悦洲的莲花寺，西北至贵池县的低岭庵(即乐善寺)，南至石台县鱼龙洞的观音庵。

北洋军阀政府和南京国民政府的上层人士曾给予九华山佛教以关注和支持：1917年，黎元洪为肉身宝殿、万年禅寺题匾，并赐给两寺《藏经》各一部；1924年段祺瑞为祇园寺题匾；1933年，于右任为祇园寺“大雄宝殿”题匾；1937年，蒋介石为乐善寺题词“宣扬佛典”。

本世纪二、三十年代，随着香火的旺盛和施主的捐输，寺院经济发展较快，九华山佛教曾有短暂的兴隆。全山寺庵达150余座。百岁宫、东崖禅寺、祇园寺、甘露寺、上禅堂、莲花寺、乐善寺等相继发展成为九华山七大丛林，慧居寺、旃檀林等重修和扩建，安单接众，也初具丛林规模。1919年，中闵园一带新建了一批茅庵、精舍，收进了一些尼姑，结束了九华山只有和尚没有尼姑的历史。

这个时期，九华山的名僧有：心坚(法华寺住持)、容虚(东崖寺方丈)、月朗(百岁宫住持)、宽扬(祇园寺住持)、果建(无相寺住持)、定慧(东崖寺住持)、义方(天台寺住持)，他们弘扬佛法，重视僧伽教育和佛学研究。1929——1934年，容虚倡议并主办“江南九华山佛学院”，为佛教界培养了一批僧伽人才，受到中华全国佛教总会的嘉奖。义方法师在山上研习明版《藏经》8年；容虚法师研究日本佛教，均颇有心得。

国内佛教界名僧来山的有：近代名僧太虚大师于1929年礼谒地藏肉身塔(殿)，兼作佛教考察。西藏十三世达赖喇嘛土登嘉措于1931年10月朝礼九华。中华全国佛教总会会长圆瑛于1933年由上海来九华，参加祇园寺授戒法会并充任尊证阿阁黎。近代佛教律学者、著名画家弘一法师于1934年朝礼九华，并为《地藏菩萨垂迹图》题赞(原图10幅，由詹士侯居士绘)，后刊印发行。

九华山同国外佛教界亦有交往，继清末高丽贡使赵玉坡居士来山朝礼之后，1933年印度、朝鲜、日本等国均有僧人来九华朝圣、受戒。

1937年7月，抗日战争爆发，江南大部地区沦陷，九华山佛教面临困境。寺院在外地的地租收入锐减，香客稀少，僧人生活窘迫，寺宇失修。1940年日军进山扫荡，东崖下院、法华寺、九莲庵等6座寺庙被炸毁。政局动荡，九华山佛教元气大伤，香烟冷落，僧尼生活清苦异常。

建国初，九华山实有寺庙99座，僧尼200多人。为保护佛教名山，人民政府在九华山建立了管理机构，贯彻执行宗教信仰自由政策，领导和组织广大僧尼参加社会主义改造和建设工作。

1949年7月，全山各寺庙长老(住持)组成联席会议，1950年设代表制，一批中下层僧尼被选为代表。代表会议定期召开，听取传达政府的大政方针，民主协商解决重大问题，组织“佛教徒学习会”，提高爱国主义觉悟。

1950年经过土地改革，广大僧尼同当地农民一样分得了田地和山林。他们积极参加生产劳动、农禅结合。1951年，多数僧尼参加了农业生产互助组。1955年成立了佛教农业生产合作社。一些年迈或身有残疾而失去劳力的僧尼，则由政府给予常年救济和临时生活补助。

1950年10月，九华山佛教成立了“抗美援朝支会工作组”，入会僧尼约200余人。1951年3月20日，174名僧人(占前山僧人总数的70％)参加“拥护抗美援朝示威大会”。5名青年僧徒报名参加了中国人民志愿军。全山僧人制订了爱国公约，发出《告全国佛教同胞书》，向中国人民志愿军写慰问信、赠慰问袋。还捐款 1800万元(建国初期人民币)，为抗美援朝购买“中国佛教号”飞机。

政府还组织僧人和村民两方面代表人物成立了“九华山文物古迹保管委员会”，使大部分寺院和文物得到保护。1952至1957年，政府重点维修了9座寺宇。

僧人们积极参加社会活动。释义方代表九华山佛教徒参加了于1953年和1957年分别举行的第一、二届全国佛教徒代表会议，并当选为中国佛教协会常务理事兼副秘书长；他还先后担任安徽省人大代表和政协委员。释正善、比丘尼能德等人先后担任青阳县人大代表；释慧德、普慧、济善、善根、宗信等人先后任青阳县政协委员。

1956年和1957年，九华山举办了几次大的佛事活动，1956年夏历四月初八(释迦涅檠2500周年)、六月十九日(观音诞辰)先后举行了普佛法会；同年夏历七月十五日做了规模较大的盂兰会，中央电影制片厂专门拍摄了新闻纪录片。1957年7月举行水陆法会，祝愿世界和平；同年夏历七月三十日前后，举行有百余名佛教徒参加的拜经忏、念佛七、放焰口、打普佛等佛事活动，共计57台，各地上山的香客达9000余人次。

1958年，九华山佛教农业生产合作社转为九华公社(社址柯村)所属的佛教生产大队。

1962年，九华山召开第一次佛教代表大会，成立佛教协会，释宏瑞任会长，释守田、正善为副会长。

1965年，九华山佛教协会召开了第二届僧尼代表会议，选举释直纯为会长，释仁德为副会长兼秘书长。

1966至1976年“文化大革命”期间，九华山佛教协会停止活动。在极左思潮的冲击下，一部分寺庵遭拆毁，有的失修或失火倒塌，有的被占用；佛像被砸，香火禁绝；一些僧尼被迫还俗或外流；有的被视为“牛鬼蛇神”，以致造成了一些冤假错案。

1978年以来，经过拨乱反正，九华山佛教出现了新的面貌。

1979年，九华山佛教协会恢复活动，同年10月召开了第三届僧尼代表会议，选举释普全为会长，释仁德、释惟和为副会长。 1984年12月召开了第四届僧尼代表会议，佛教协会由委员制改为理事制，选举释仁德为会长，释普全、释晓悟、比丘尼常洁为副会长。

九华山佛教协会恢复活动后，政府认真落实政策，对“四清”运动和“文化大革命”中造成的11起冤假错案进行清理，予以纠正；为8名僧尼平反，并陆续收回了以往被迫离山的9名佛教徒。佛教界中一些代表人物，经协商安排，有4人被选为省、市、县、乡等各级人大代表；5人任省、市、县各级政协常委或委员，4名比丘尼担任了各级妇联委员，他们同各界人士一起共商与管理国家大事。

近期来，九华山佛教协会发扬中国佛教农禅并重、注重学术研究和国际友好交往三个优良传统，积极参加社会主义建设。

1983年和1984年，国务院和安徽省人民政府分别发文，确定九华山9座名刹化城寺、肉身殿、百岁宫、甘露寺、祇园寺、天台寺、旃檀林、慧居寺、上禅堂等为全国重点寺院，二圣殿等30座寺院为省级重点寺院。这些寺院都在政府拨款和佛教信徒的资助下得到不同程度的维修。其中大修的有7座，祇园寺、肉身殿、慧居寺、百岁宫等24座寺庙的佛像都已上漆、装金或重塑，被拆毁的“龙池庵”已重修，被占用的寺宇已有2／3以上归还给佛教协会管理。这些寺院都相继开放为佛教徒活动和宗教旅游观光的场所，其中祇园寺、旃檀林、九华莲社等处，僧人和信众常年有计划地举行各种佛事活动。1984年祇园寺恢复了丛林制，按照一定手续，接纳皈依弟子。1986年9月，举行了祇园寺新任方丈升座仪式，仁德方丈主持授戒，有来自各地的僧尼、居士1158人分别受了沙弥戒、比丘戒和菩萨戒。1982至1987年，九华山佛教先后吸收新教徒50余名，截至1987年底，全山常住僧尼共计360余人。

九华山佛教协会组织佛教徒参加力所能及的农副业生产和服务性劳动及寺院管理工作，如采茶、育林、种药、举办历史文物展览馆和佛教接待社，增加了寺庙收益，又为旅游业作了贡献。广大佛教徒还热心社会公益事业，保护名胜古迹，资助修桥、铺路，捐款救灾，认购国库券，支援社会主义建设。

佛教教育开始兴办。1981年，九华山佛教协会成立了佛学研究组，聘请海内外名僧来山讲经说法。1982年选派了10余名青年僧尼外出学习、培训。1985年5月至1986年4月，在祇园寺(后移至甘露寺)举办了安徽省九华山僧伽培训班，第一期结业的学生有24人。

九华山佛教协会恢复活动以来，同海内外佛教界友好往来日益密切，先后接待了来自北美、西欧、日本、东南亚及港澳等数十个国家和地区的近百个佛教界人士朝山团，计3000余人。世界僧伽协会副主席、新加坡佛教总会会长宏船法师，新加坡佛教总会副会长广恰，香港宝莲禅寺方丈圣一等先后多次来山结缘，热心支持九华山佛教事业。1986年，安徽省佛教协会会长、九华山佛教协会会长仁德，和安徽省佛教协会副会长、九华山佛教协会副会长普全应日本辨天宗宗务总长大森慈祥邀请，参加该宗“水子供养塔”落成5周年纪念活动。受到日本众议院议长原健三郎的接见和辨天宗总部僧人们的友好接待。