九华山山高林密，动物资源很多。动物区系大致情况是：

九华山兽类约48种，分8目17科。按其地理型划分，东洋界型36种，古北界型12种，两者比例为3：1；依种类划分，食肉目和啮齿目最多，偶蹄目居次。

九华山两栖类动物13种，分2目6科。按其地理型划分，属东洋界的11种，占84．6％；广布种仅黑斑蛙种、中华大蟾蜍2种。

九华山爬行类动物24种，分3目8科。其地理型属东洋界的 17种，占73．9％；广布种6种，即鳖、北草蝌、赤链蛇、黑眉锦蛇、虎斑游蛇和腹蛇。

九华山鸟类168种及3亚种，分属15目38科。其地理型可分为两类：东洋界型81种，有80种在此繁殖；古北界型87种，仅 37种在此繁殖。在117种繁殖鸟中，两者的比例为2：1。这显示九华山鸟类区系具有南北混杂过渡性，但倾向于华南区，不少华南区鸟类在此繁殖颇盛。按不同季节的留居情况，其季节性可属四类：留鸟65种，夏候鸟51种及1亚种，冬候鸟30种及2亚种，旅鸟21种。

表10
九华山鸟类地理型及季节型之种数



九华山鱼类尚未有专题调查资料，名录不详。就区系而言，主要是长江鱼类区系成分。

九华山禽兽中，列为国家一类保护有梅花鹿、黑鹳；二类保护的有鸳鸯、白颈长尾雉、猕猴、短尾猴、白鹇、黑麂、大灵猫、小灵猫、穿山甲；三类保护的有白尾海雕、金钱豹、獐、苏门羚、青羊、青鹿等。九华山目前野生动物资源正在逐年减少，种群类也在衰退，其原因主要是近几十年来人们盲目捕杀造成的。