管理琅琊山的文物管理工作基本上可分为四个阶段：1949年以前，山区的文物管理主要是由住山僧人自行管理。1919年到1966年6月，这期间山上寺院内及周围的文物主要依靠寺院的僧人管理，醉翁亭、丰乐亭的文物主要是由滁县文教局派驻的工作人员管理。
1966年7月到1973年，“文化大革命”初期及中期，原先的馆藏文物被毁，经书名典被烧，碑石雕梁被砸，遭受到很大的损失，整个寺院的塑制佛像被毁，无一幸存。
1974年到1980年，成立了“琅琊山文物管理所”，增派文化干部，分点负责，主要工作是修缮寺宇房舍，恢复亭台，清洗整理存留的碑刻和字画。
1980年到1986年8月，成立了“琅琊山管理处”，设置了文物科，加强对琅琊山中流散文物的统计管理，逐步地进行对古建年代、法式特征、构造特点的研究，管好古殿、亭、堂的修缮恢复完备落实主景区文物的“四有”工作，做到建筑点上有说明标志，资料室里有记录档案，特殊环境有专人管理，景区周围有保护范围。
1986年8月，“琅琊山森林公园管理处”成立后，更充实加强了文物的管理工作。在森林公园总体发展的规划中，列入了文物管理和文物发展的内容，完成了琅琊山主景区古碑摩崖的拓制工作，作出研究考证。文物管理采取布置一条线，科室配备专人管理，各景区、景点负责人兼职管理，制定了《文物管理的工作条例》，执行“文物保护法”，坚持赏罚分明，并开展文物实物的展览陈列，利用文物故地，开发文化旅游业。