唐宝应二年(763)旌德建县后，县署设县令、县丞、主簿、县尉、司户佐、司法佐、经学博士、助教等员，分掌县事。治所一直位于黄龙岗(也称云襄，今旌阳镇胜利西路5号)。
宋改县令为知县事，设主簿、县尉、教谕、乌岭巡检司、税使等官职。
元代设达鲁花赤(由蒙古人任)总监县事，县尹掌理县政，至元初设县丞辅佐县尹，至元二十一年(1284)以全县不足三万户而裁撤，同时设主簿、典史、教谕、三溪巡检司、税使等。
明改县尹为知县，设县丞(万历九年裁)、主簿、典史、教谕、训导、乌岭巡检司和三溪巡检司巡检，并置阴阳学训术、医学训科、僧会司僧会、道会司道会等职。
清代县署，知县主政，下设典史掌狱囚兼理县署事务，教谕、训导掌学务。光绪三十一年(1905)废科举，兴学校，裁教谕和训导，设劝学所，主管全县教育。三溪巡检司主持防务、城守驻防，负责守城池和防治水患。另设阴阳学训术、医学训科、僧会司、道会司主管全县阴阳学术、医务和佛、道教。宣统三年(1911)九月底废县署，成立临时保安会总揽县政。