一、山脉
旌德县地处皖南丘陵、山区东南部。黄山山脉和天目山脉支脉，分别从西部和东南部蜿蜒入境，县内多属黄山支脉，天目山支脉仅零星分布局部地区。山脉延伸方向，受区域地质构造线控制，呈北东向展布为主。仅县内东南边缘的百罗园支脉、西部边缘沿旌德、黄山区交界处分布的龙王山支脉和观音山支脉呈近南北向或北北西向延伸。
(一)赤坑山支脉
在县城西北24公里(径距，下同)，沿旌、泾二县接壤处分布，东南坡属旌德县、西北坡属泾县。西南起自兴隆天鹅塘(894．4米)，经万龙尖(967米)，赤坑山(1017米)，止于三溪坑口西部，呈北东走向。全长12公里，境内宽2～4公里，面积40余平方公里，地跨兴隆、双河、三溪3乡。山脊受岩性软硬程度不一和构造影响，呈起伏不平状态，中段最高，除主峰赤坑山1017米外，海拔800～900米为多。高程分别向东北段和西南段倾斜，两端降至200米或300米。山坡坡度20°～30°，坡麓坡度一般10°～15°。地质构造上属太平复向斜的翼部，由志留系砂岩、砂页岩和泥盆系石英砂岩等组成。森林覆盖率30％，以落叶阔叶林和马尾松林为主。
(二)塘山头支脉
在县城西北，斜贯全县。从祥云六坑尖(988．3米)起，经双龙尖(988．7米)、马鞍山(769米)、蚂蟥尖(789米)、东山(625米)、春岭(564米)、玉屏山(808．2米)、华云山(1002米)、无名峰(1007米)、土地岗(918．8米)、塘山头(1031．8米)，至云乐梅岭(975米)。北东走向。全长40公里，宽3～4公里，面积130平方公里。地跨祥云、兴隆、双河、庙首、孙村、三溪、蔡家桥、乔亭、云乐9个乡。西南段绵亘境内，东北段蜿蜒于旌、泾二县交界地区，最后延伸至宁国县内。山体经玉溪河、徽水河和西津河的切割，形成许多山间谷地。其中文山和蚂蟥尖夹峙的石壁峡谷，两峰如削，一水中流，是本县著名的“石壁古道”，为“旌阳十景”之一。山势西南段低缓而破碎，东北段雄伟而完整，逐级向东北上升，1000米以上高峰大都分布于此。山坡坡度西南段15°～20°，东北段20°～25°。地质构造系大断层带，由志留系砂岩、砂页岩和印支期花岗闪长岩等组成。森林覆盖率30～40％，局部地区不足20％，交通方便的文山和蚂蟥尖已呈童山秃岭。植被中以落叶阔叶林和松林为主。
(三)龙头山支脉
在县城西北17公里，是介于赤坑山支脉与塘山头支脉之间的独立山体。从双河肖河里起，至徽水南岸三溪坑口附近止，主峰龙头山海拔758米。呈北北东向展布，全长2．5公里，宽1～2公里，面积4平方公里，地跨双河、三溪2乡。山势西南高，东北低，主峰龙头山踞西南端，东北端仅150米左右。两坡不对称，西北坡短而陡，坡度25°左右，东南坡长且缓，坡度15°。两侧坡麓都有宽缓岗地的分布。东麓三溪古城附近原有龙山寺，又称孔寺，建于唐咸通五年(864)。地质构造为断层带。由志留系砂岩、砂页岩和印支期花岗闪长岩等组成。森林覆盖率低，且以灌丛林为主。
(四)石凫山支脉
在县城东北12公里，是全县二大水系的分水岭。大部盘踞县内东北部，最后绵延至旌、宁二县界。相传窦子明炼丹栖真山，丹成骑青凫飞至此山，故名。从华坦螺丝形起，经主峰石凫山(1087米)，东门岗(922米)、鸦鹊山(754米)、无名峰(782米)、云乐大岭头(546．5米)、罗子山(400米)、乌岭头(709米)、无名峰(832米)，止于桥埠沙坞坑北侧。走向北东，至罗子山转成近东西向。全长18公里，地跨华坦、乔亭、俞村、云乐、桥埠5乡，宽度各段变化悬殊，中段最宽6公里左右，西南端和东端仅1～2公里。山势西端高，中段低且切割破碎。发育了众多的山间盆地，其中宽岭、后村、秀圲等规模较大。山坡坡度20°～25°为多。两坡不对称，东南坡和南坡山麓分布较宽岗地，西北坡和北坡山麓则无岗地分布。地质构造上属绩溪复背斜的西北翼。由志留系砂岩、砂页岩和印支期花岗闪长岩等组成。森林覆盖率30％左右，但西南端和东端，砍伐严重，森林覆盖率下降至20％，以落叶阔叶林和松林为主。山上旧有凫山殿、白华殿、白龙潭等胜迹。潭边有巨石，上镌宋丞相刘义温题“白龙潭”三字，今已被毁。
(五)大会山支脉
在县城西南15公里，西南端起自白地天星洞山(1147米)和旌、绩二县交界的大坞尖(1295．6米)，然后沿旌、绩县界作北北东向延伸，经上金山(1075米)、青罗山(1175米)、主峰大会山(1259．4米)、葫芦岭(853米)、船形山(950米)、黄高峰(1143米)到梨山尖(838米)。然后在县境内继续作北北东向行，经安山(984米)、牛山(1031米)，终于旌阳镇西山(600米)。主峰大会山，高峙于四周群峰之上，众山环绕，形如“群英聚会”，故名大会山。峰顶曾立石碑，镌有“大会山峰”四字，今仅存遗迹。全长22公里，宽6～10公里，面积200余平方公里，地跨白地、庙首、碧云、版书、南关、旌阳镇6个乡镇。山脊尖锐，起伏频繁，多在海拔1000米上下。山坡坡度25°～30°为多，东北段15°～20°。地质构造属绩溪背斜西北翼，为北东向断层穿插，由寒武系泥质灰岩、灰质页岩，志留系砂岩、砂页岩和印支期花岗闪长岩等组成，森林覆盖率30％，但东北段森林覆盖率下降至20％。它是黄山山脉重要分支之一，不仅山势峭拔险峻，峥嵘伟奇，而且名胜古迹众多，有黄高峰的甘露祠、祇园禅林、登仙桥、狮子崖和朱砂壁。诸多岩洞，因温度、湿度、风速和亮度差异较大，故分别称火洞、水洞、风洞和黑洞。其末端的西山，又名栖真山。相传窦子明曾在此炼丹。宋代乾道年间建有青华观，为县境内的道教活动中心。清康熙九年(1670)建“西竺寺”后，遂转事佛教活动，道教渐渐湮没。“栖真积雪”为“旌阳十景”之一。
(六)邵顶岗支脉
在县城东南6公里，西南起自南关引塘里，经栗树岭(470米)、油麻尖(453米)、石井坑(596米)、株树岭(475米)、扁担凹(810．7米)、邵顶岗(886．5米)、姚家坟(821米)、龙王尖(789米)，终于桥埠丁家山(474米)。北东走向，蜿蜒于旌、绩边境。全长22公里，宽1～2公里，境内面积40余平方公里，地跨南关、旌桥、俞村、桥埠4乡。山势中段高耸，坡高25°～30°，西南和东北段高程均在500米以下，坡度也趋缓和，仅10°～15°。地质构造上接近绩溪复背斜核部。由寒武系泥质灰岩、硅质岩，奥陶系硅质页岩、砂岩和印支期花岗闪长岩等组成。森林覆盖率30％，以落叶阔叶林、松林为主。
(七)百箩园支脉
在县城东南14公里，处于旌、绩、宁三县结合部位。南段介于旌、绩二县之间，北段东为旌、宁二县界，西与绩溪县相邻。南起自主峰仕川百箩园(1006米)，经坑南坞尖(949．7米)、黄岭(450米)、柿岭(569米)、吴培岗(655米)、止于璧溪河南岸的桥埠滑渡(190米)，近南北走向。全长12公里，境内宽2～3公里，面积30平方公里，地跨仕川、桥埠2乡。地质构造属断层山，保存着清晰的断崖与三角面山。由奥陶系硅质页岩、砂岩，志留系砂岩、砂页岩等组成。山势南高北低，向北高程明显下降。山坡南段陡，北段缓，分别为25°左右和15°～18°。森林覆盖率30～40％，以松林和落叶阔叶林为主。
(八)龙王山支脉
在县城西22公里的兴隆乡境内，沿县界作近南北向展布。起自兴隆乡麻川河支流南岸毛园里，经羊子岗(806米)、黄华岭(337．7米)、主峰龙王山(940米)，驮鼓岭(780米)、桃古岭(778米)，止于汪家庄西南测。全长6公里，境内宽1～2公里，面积10平方公里，山麓分布宽1公里左右的山前岗地。地质构造属太平复向斜东南翼。由志留系砂岩和砂页岩组成。森林覆盖率30％左右，以松林为主。
(九)观音山支脉
在县城西南24公里，起自洪川河西岸的白地胡家，经无名峰(795米)、上马岭(430米)、主峰观音山(797米)、雀岭(455米)、天山(725米)、谢家大山(574．7米)、骑马岗(600米)、老将尖(566．3米)、峰岭(475米)、水岭(420米)，终于玉水河南岸的祥云上南源。呈北北西向展布。全长15公里，境内宽2—4公里，面积46平方公里，地跨白地、祥云2乡。山势由东南向西北倾斜，主峰观音山盘踞于南端。山坡坡度15°～20°。西南麓分布较宽岗地，岗下为玉水河及其支流洪川河，由东南向西北流出。地质构造属太平复向斜。由寒武系硅质岩、泥灰岩、奥陶系泥岩，硅质页岩、志留系砂岩、砂页岩等组成。森林覆盖率高达40％，以松林为主。
二、水系
本县河川以石凫山为分水岭，主峰以东归水阳江水系，以西归青弋江水系，统属长江流域。境内共有徽水、玉水、俞村河、山坝河4个自然水系。
(一)徽水
旧称淳溪，又因河水“浮光耀金，仿佛梅花片片”而雅称“梅溪”，清初诗人施闰章有诗云：“梓岫城头出，梅溪杖底流”。徽水河是县内最大的河流，地处县境中部。源出绩溪县尚田乡上竹坦，经镇头、浩寨至版书分界山入境，干流自南而北，流经版书、南关、旌阳镇、华坦、蔡家桥、三溪共5乡1镇，在三溪坑口出境，流经泾县，汇于青弋江。境内长度38．6公里。沿途汇集84条大小支流，涉及旌桥、乔亭、孙村、庙首、碧云、兴隆、双河7乡，总长348．7公里，境内流域面积548．7平方公里。河道平均宽度38．9米，河床坡降比为5．1％。据南关水文站测定：1983年最大洪水流量为307m3／秒，枯水流量0．1～0．08m3／秒，平均流量4．49m3／秒。属常年性山溪河，不能通航，唯三溪至泾县下坊一段河道，旧时曾有竹筏往返，1953年南雄公路通车，筏运即止。
徽水两岸自上游而下主要支流8条。
西岸4条：
1．清潭溪
发源于南关乡岩山东南麓，自西向东，流经赵家、清潭、皮村，在上南五里汇入徽水，干流长约4．5公里。
2．横凫溪
发源于岩山北麓，自南向北，流经南关、旌阳、蔡家桥三乡(镇)，在登云桥汇入徽水，干流长约7公里。
3．杨桥溪
发源于蔡家桥琢木岭，北东向流经杨家桥、戴家、芝林，在湾里汇入徽水，干流长约4．5公里。
4．玉溪
这是徽水河最大的支流。也是本县西乡中部的主要河流，细支繁多，形同网络。主流源出大会山东麓绩溪县境内，由南往北，流经碧云、庙首、孙村、双河、三溪5乡，在三溪汇入徽水，长26．7公里，流域面积222．8平方公里。大小支流33条，总长90．8公里，其中主要支流有6条：
东川河：源于版书平子岭。西北流经东川，在碧云桥头下注入五溪，长约4公里。
马家溪：源于白地岭，自南而北经马家溪村至碧云林场注入五溪，长约5公里。
丰溪：源于庙首狗头缺，北流经庙首在孙村猴形湾注入玉溪，长约7公里。
小河坝：又名德山河，源于庙首卷旗山，北东流经德山里，在绵川洞注入玉溪，长约11公里。
麟溪：又名东边河，因源于兴隆芦塘岭，也称芦塘河。由南往北流至大礼村折向东流，在双河坎上注入玉溪，长约15公里。
水北溪：源于兴隆牛栏岭，南东流经龙山、小白地，在双河模坦注入玉溪，长约6公里。
东岸4条：
1．白沙河
发源于绩溪庙山，北流至南关白沙入境，折北西流至旌阳镇孙家边，与板桥河汇合，二河同归徽水。长约10公里，流域面积47．2平方公里。
2．板桥河
发源于俞村赵川，西北流经旌桥杨溪折西南流，至杨村又合霞溪之水，至孙家边与白沙河同入徽水，干流长约10．5公里。
3．凫溪
又名柳溪、华坦河。发源于石凫山西麓，西南向流至华坦，合湾里和篁嘉二水后，折西北绕柳山而流，至跳仙桥汇入徽水，干流长12．5公里，流域面积86．1平方公里。
4．大溪
又名乔朱河。发源于乔亭鸦雀山，汇集云乐大岭头以南诸水，在蔡家桥汇入徽水。干流长18．7公里，流域面积64．8平方公里。
(二)玉水河
地处县境西南，因河水“澄清可爱”而名。发源于白地乡天星洞山，西北向流经白地、庙首、祥云3乡，在县境西部祥云下南源出境，注入黄山市麻川河，汇于青弋江。境内干流长31．1公里，汇集支流35条，总长125．8公里，流域面积179．5平方公里。两岸自上而下，主要支流有3条，东岸占其二：
1．下洋河
发源于白地乡旌绩交界的青罗山，上游支流繁多，呈扇面形展布。干流长约11公里，西北向流经汪村至白地，聚齐众多支流后，又经洋川至兰塘汇入玉水河．兰塘村前两河交汇处夹有石山，山上有洞，古有石梯、石椅、石灶等天然胜迹。
2．黄土河
因河口在黄土堨而得名，又名里仁河，旧称丰溪。晚唐诗人吕从庆自号“丰溪渔叟”，即缘隐居于此而得，吕有诗句云“丰溪渔叟生涯定，明月清风一钓竿”。该河源出白地大洪山，西北向流经江村、板桥(新水)、里仁，进入祥云后，又有龙潭河(也际麻家河)自芦塘岭北下来汇，而后至黄土堨注入玉水河，干流长约13公里。
西岸主要支流是狭坑河。源出祥云天山，西流至转弯岭，转北流经狭坑至黄龙坑，汇集上游众支流后，再北流经高公坦，折东流至枸树下汇入玉水河，干流长约8公里。
(三)俞村河
旧称环溪。宋人汪齐有诗云：“环溪如玉带”。该河在县境东部，自西、南向东，流经俞村、桥埠2乡，从滑渡出境，注入宁国西津河，汇于水阳江。干流长24.3公里，汇集支流19条，总长72．8公里，流域面积96．8平方公里。
俞村河源出十都凹子山(槐梓山)，由北向南流至下俞村，纳杨墅、芳川之水折而东流，至桥埠又受前村之水，至丁家山与璧溪河交汇，干流长约11．5公里。
璧溪河源出仕川南端百箩园，由南而北，纵贯仕川，经龙门岭至丁家山，汇于俞村河，干流长约12．8公里。
(四)山坝河
又称姚溪，在县境东北云乐乡。发源于乔亭华云山东麓，自西往东，横贯全乡，在宽岭出境，注入宁国西津河，汇于水阳江。干流长12．4公里，汇集支流23条，总长75．4公里，流域面积79．8平方公里。
此河主要支流是梓山河，原出张村河坝沟，东流经张村、梅村至上村，有土地岗之水经洪村来会，至陈村有长岭之水经周家而归，而后折东南流经姚田(窑亭)至后村汇入山坝河，干流长约8公里。
除以上四个自然水系外，县内还有两条自然河：一条属水阳江水系，名为梅溪(又称倒桥河)，位于云乐乡北境，是宁国西津河支流波溪的源头。出于云乐塘山头，从西向东流经茶岭、剥岭，由倒桥出境至宁国，境内长5．8公里。
另一条属青弋江水系，名为上川(古称戈溪)，位于乔亭乡北境，是徽水支流榔桥河的一条小支流。出自乔亭元清闹，从东向西流经大川、牛头坞，在周王坑出境至泾县，境内长6.8公里。