建国初期，宣城地区卫生工作，先后由民政和文教部门代管。1952年，芜湖专署卫生科成立。1957年4月，卫生科并入文教办公室。1959年元月，成立芜湖专署卫生局。1965年11月，卫生局又并入文教办公室。1968年10月，专区革委会生产指挥组下设卫生小组。1970年10月，恢复地区卫生局。1980年，随行政区划变动，改称宣城行署卫生局。1987年，卫生局内设办公室、医防科、医教科、计财科、药政科及地方病防治办公室(原血防办公室)。
区辖五县均在1951年相继建立卫生管理机构，掌管本县卫生医疗事业。