境内兴书院始于南宋，较著名的有泾县峨岱书院和翠峰书屋。明、清两代，全区有书院40余所。其中宣城7所，宁国3所，郎溪2所，广德5所，泾县30余所。宣城县敬亭书院和泾县水西精舍颇具影响。
书院的生员分两类：一是经童试合格或以相当程度入院专攻经史以备入学的学子，称正课生。二是为应乡试，每月定期来书院若干次听讲，送几篇文章、诗、辞、赋请教师批改的秀才，称附课生(旁听生)。
生员入院所肄之业，全为四书八股文、格律诗等。书院考课专以文辞富丽为工。每月初五、二十为大课，试以四书文，试贴诗各一。初六日为小课，试以诗赋、策论文及其它。卷由官师或山长批阅。逢科举考试，书院可保送几名学生无须考试便可一榜及第，走上仕途。
书院的教学形式多采用讨论、答辩、名流设座讲授的方法。
宣城敬亭书院位于城内东南隅文昌台左(今龙首塔附近)。明万历十七年(1589)知府谬恒古、知县陈公相度地倡建，初名待学书院。万历二十六年知县尹聘三重修，改名正学书院。雍正五年(1727)知府黄叔琪重建。乾隆八年(1743)改名敬亭书院。清末废。
水西精舍又名水西书院。位于泾县城西郊水西宝胜寺西侧。明嘉靖三十一年(1552)，督学御史黄洪毗、知府刘起宗、知县邱时庸等筹建。至清乾隆中叶，多次重修和扩建。书院自建成后，连年有名儒来此讲学，每次都有300以上各地士子莅临听讲、研讨。鼎盛时期，声誉近似宋代白鹿、岳麓等著名书院，清代中叶被毁。