县防汛抗旱指挥部民国时期，县无防汛抗旱指挥机构。1950年1月8日，县首次成立修堤复圩委员会，同年5月20日首次成立防汛总队部，总队长由县长李云兼任，政委由县委书记阮致中兼任。此后改为整堤防汛总队部和防汛抗旱总队部。1959年又改称防汛防旱指挥部。指挥部设指挥、副指挥、政委、副政委等职，下设办公室和工程、后勤、政宣、保卫4组。指挥由县长兼任，政委由县委书记兼任。副指挥、副政委若干人由人大、政协、纪检、人武部负责人兼任。办公室主任和各组组长由有关科局负责人兼任，其他办事人员从各单位抽调。1958年改称防汛抗旱指挥部，至1989年组织形式未变。
圩防汛抗旱指挥分部、指挥所5万亩以上大圩设指挥分部，其余一乡一圩或一乡多圩均设指挥所。麻凤、万春、十三连圩3圩指挥、政委有所在区区长、书记兼任。下设办公室和各组，人员从区直有关单位抽调。分部以下分设乡指挥所，有乡长和乡党委书记兼职。一乡一圩或一乡多圩，由乡长和书记分头兼职。其基层按军事建制组建营、连、排并组织抢险、突击、打桩、巡逻、运输，后备等专业队。