明成化七年（1471）工部在芜湖设“抽分厂”，抽收过往各关口的竹木税，这是芜湖最早的关税机构。清朝，芜湖曾设工关、钞关、户关，后为区别于海关，统称为常关，是征收过往各水陆关口货物的关税机构。
光绪二年（1876）九月中英《烟台条约》签订，芜湖辟为通商口岸。光绪三年（1877）二月十八日芜湖海关建立，定为三等海关，是年四月一日开关。专征轮船装运的进出口货物税款，由税务司管理关务。历任税务司皆为外籍洋员，并掌管海关人员的招募、调遣、晋升和撤换。首任税务司德国籍吴德禄（F·E·Woodrult），首任海关道刘传镇。税务司名义上受芜湖海关（海关道）监督，实际受命于外籍总税务司。总税务司以密函、电、指令指挥控制芜湖海关，海关内部则通过密报等制度管理关员。
开关后，于五月底由转口贸易发展成直接对外贸易。主要出口货物有：米、茶、生丝及丝织品、纸、中药材、菜籽、羽绒、矿产品，大宗进口货物有：鸦片、棉毛织品、煤油、糖等，鸦片居进口货物之首。1878年进口鸦片净值为134万关平两，占进口洋货税收总额的69.34％。
1843年中英《进出口应完税则协议及通商章程》签订。根据不平等的协定关税，进口货按5％征税。咸丰八年（1858）第一次修改《进口税则》，洋货进口只一次性征收2.5％的子口税，便可任意转运或销售。1877年芜湖海关进口税为61548关平两，出口税为14771.656关平两。1882年关税收入为95187关平两。1895年和1896年，芜湖海关在“洋税”、“洋药”税厘下分担偿还俄、法、英、德借款分别为20000两和40000两。1911年关税收入为434822关平两。
1901年《辛丑条约》规定，海关兼管50里以内常关。1913年7月16日，芜湖海关正式兼管常关及裕溪口分关和东河、澛港2个防守口，同时兼管凤阳关（蚌埠常关）。1902年，在不平等条约的制约下，第二次修订《进口税则》。
1919年芜湖海关大楼落成，7月14日迁入办公。同年第三次修改《进口税则》。芜湖海关兼管港口、航政、代办邮政、气象等业务，租界内缉拿人犯由中国地方官员会同海关税务司共同办理。海关通用英语。1922年第四次修改《进口税则》，我国关税自主权得到一定程度的恢复。1927年9月1日，国民政府宣布关税自主，实行《固定进口关税暂行条例》。1928年12月7日国民政府颁布《海关进口税则》，并于次年2月1日施行。
芜湖海关因处内地，故缉私只作一般性检查，主要查缉鸦片走私。
1938年1月17日芜湖海关闭关，人员南撤，1946年6月正式裁撤，由南京海关兼管芜湖进出口贸易。
1979年芜湖开放为一类口岸，芜湖港为外贸港。1980年10月芜湖海关重建，直属海关总署，并受安徽省人民政府监督。芜湖海关主要执行对进出芜湖、安庆、马鞍山的中国国际航行船舶及其他运输工具和安徽省水、陆、空运的进出口货物，课税、减免税货物及进出境物品的监督管理。具体的职能范围有：对进出境货物物品征税和减免关税；代征产品税、增值税、工商统一税、调节税、船舶吨税和进口车辆购置附加费；审批省内技术改造、科教用品等特定用途、中外合资经营企业、中外合作经营企业等进出口货物的减免；审批中小型补偿贸易、加工装配、进料加工贸易的减免税和后续管理；查缉安徽省境内的走私犯罪及编制海关统计资料。
1982年关税收入为337198元，代征工商税为90016元。1985年全国实行关税改革，3月10日芜湖海关实施国务院重新修订的《中华人民共和国进出口关税条例》和《中华人民共和国海关进出口税则》。1985年全年关税收入为2878428元，产品税为492550元，增值税为1028837元，工商统一税为1774元。