公费医疗制度，分为国家机关及其所属事业单位的公费医疗制度和全民所有制企业的劳动保险医疗制度两种。本节记述的是前者。
1952年7月，成立“芜湖市公费医疗预防实施管理委员会”，由一名副市长兼任主任委员，成员由卫生、人事、财政、劳动、教育、民政、总工会、医院等部门负责入组成，下设办公室。“文化大革命”期间，组织瓦解。“文化大革命”结束后，恢复市公费医疗办公室，由卫生局及财政局共同领导和管理。
芜湖市自1952年实施公费医疗制度以后，经历了三个不同的管理时期：1、统一管理时期。这期间，对全市公费医疗的就诊、转诊集中管理，经费统收统支；2、分级管理时期。从1958年4月起，将公费医疗经费按各系统（单位）人数，逐月按定额拨给各系统（单位）掌握使用、结余留用、以减少混乱和浪费；3、“分级管理、核算到人、节约奖励、超支分担”管理时期。为解决公费医疗中的浪费与超支，1980年4月起，市卫生系统结合经济管理将公费医疗经费在分级管理的基础上，由各基层单位再将经费定额落实到职工个人。按人统计，年终核算，节约奖励，超支由财政负担。1985年1月起，试行了新的改革办法，即“定额包干、核算到人、节约奖励、超支分担”，超支部份由财政、单位和个人（离退休人员不实行超支分担）分担。将医疗费用与个人利益挂上钩，收到了效果。1985年比上年人均超支减少12.24元。这一办法仅在卫生系统内部试行，未在全市推广。