明神宗万历元年（1573）芜湖县即有医官（薛镗）。清康熙年间（1662年后）芜湖县职官设有“医学训科”，从事医事管理。光绪廿九年（1903）二月，芜湖城区商埠警察设清道队，洒扫街道。宣统元年（1909）改巡警总局为警务公所，下设卫生科。民国年间，警务公所改名警察厅或局，仍设卫生科，负责市容卫生管理。汪伪时期，“芜湖自治委员会”下设卫生处。抗战胜利后，卫生行政由县政府负责。民国三十五年（1946）二月成立“芜湖县卫生院”，承办卫生行政、技术事宜。
1949年4月芜湖解放后，卫生行政工作由中国人民解放军第十军卫生部兼理。同年6月21日，成立“芜湖市人民政府卫生局”。1952年8月1日改名为“芜湖市人民政府卫生科”，受市人民政府（行政）和省卫生厅（业务）双重领导。1954年9月13日，仍改为“芜湖市人民政府卫生局”。1955年5月13日，改名为“芜湖市卫生局”。1959年1月4日，芜湖地、市合并，市卫生局与专署文教办公室合并，合名为“芜湖专员公署卫生局”。1960年1月14日，地、市分开，恢复芜湖市卫生局。1968年，“芜湖市革命委员会”成立，在其“生产指挥组”下设“卫生小组”，负责卫生行政管理。同年8月18日，成立“芜湖市卫生局革命委员会”（实为局机关“造反派”群众联合组织）。1970年7月5日正式成立“芜湖市卫生局革命委员会”。1980年8月，改称“芜湖市卫生局”。1985年，局内设办公室、政工科、保卫科、医防科、医教科、计财科、妇幼科、药政科和纪委、团委、工会等机构。