安徽省河流众多，河网密布。流域面积在100平方公里以上的河流共300余条，总长度约1.5万公里。自北向南依次属淮河、长江、钱塘江3大水系。淮河干流和长江干流自西向东横穿全省，钱塘江发源于安徽南部山区。在安徽省境内，淮河干流属中游河段，长江干流属下游河段，钱塘江属上游河段。
一、淮河水系
淮河发源于河南省桐柏山，流经河南、安徽和江苏3省。在安徽省境内，淮河干流长430公里，流经安徽北部2市9县，流域面积6.7万平方公里，约占安徽省总面积的48%，约占整个淮河流域面积的35%。淮河干流河床平缓，总落差8米左右；支流众多，南北两岸呈不对称分布。淮河北岸是面积辽阔、地势平坦的淮北平原，上面发育着较长且平缓的支流，主要支流呈平行状分布，自西北流向东南，汇入淮河干流；淮河南岸是绵延东西的江淮丘陵，地形支离破碎，上面发育的河流较短，主要的支流多发源于大别山区。淮河北岸重要支流自西向东有颍河、西淝河、涡河、漴潼河、新汴河和濉河等；南岸自西向东有史河、淠河、东淝河和池河等。
淮河水系可通航河段总长度4183公里，通航里程2836公里，通航的河流、渠道共38条。
二、长江水系
长江干流自江西省九江市附近流入，在宿松进入安徽省境内，由西南向东北斜贯安庆、贵池、铜陵、芜湖、马鞍山5个市12个县，至和县乌江附近流入江苏省境。干流长约416公里，流域面积6.6万平方公里，占安徽省总面积的47.3%，约占整个长江流域的4%。长江两岸支流众多，比较对称。自西向东，北岸较长支流有皖河、裕溪河和滁河等；南岸有青弋江、水阳江等。
长江水系可通航河段总长度4147公里，通航里程2526公里，通航河流、渠道共63条。干流主航道水深6～8米，全年可通航3000～5000吨级轮船，芜湖以下可通万吨海轮，因受南京长江大桥桥孔高度限制，来安徽的轮船载重量在6000～7000吨之间。
三、钱塘江水系
钱塘江上游为新安江，发源于安徽南部的黄山山区。安徽境内，新安江干流长242公里，流域面积6500平方公里，占安徽省总面积的4.7%。流域内河网密度大；多为山区河流，大多较短且落差较大。主要支流有率水、横江和深渡河等。
钱塘江水系可通航河段总长度397公里，通航里程128公里，通航河流、渠道共4条。