滁境山水钟灵毓秀，野生动植物资源颇为丰富。宋代，因滁城西南峻岭碧障，草木蔚然，适宜生息麋鹿，故“岁有贡鹿肉难之扰”。南宋以后，战乱频仍，植被渐疏，又因北民南迁，本地民居稠密，麋鹿渐少，至嘉泰四年(1204年)，滁州军州事林山票奏免。明初，滁州“曾贡鲫，万历间免”。所贡城濠产“金鳞乌背”鲫鱼，味极鲜美。清代，境内大洪山产狐，尾巴很大，可以作裘。
新中国建立后，人民政府重视保护野生动植物资源，1985年12月14日国务院林业部批准建立“安徽省琅琊山森林公园”。皇甫山成为鹭鸟自然保护区和生物资源旅游景点。
一、动物
民国21年(1932年)，法国专家考尔切夫来滁调查，琅琊山藏鸟49种。1963至1982年安徽大学生物系教授王岐山、南京林业大学副教授周世锷综合调查，琅琊山有鸟类131种。现已知皇甫山有鸟类11目28科126种。其中鹭鸟约有6万余只，群居于林冠之上，栖居面积5.4万余亩，被省人民政府列为重点自然保护区。现已知全市境内常见鸟类有19目32科141种。其中被列为国家一级保护动物有白肩雕、白鹤；列为国家二级保护动物有大灵猫、鹭鸟、小天鹅、大天鹅、雀鹰、鸳鸯、白颈长尾雉；国家三级保护动物有金雕、小灵猫、獐。
兽类已知14种：草兔、狼、狐、黄鼠狼、大灵猫、小灵猫、獐、猪獾、狗獾、松鼠、鼠、水獭、刺猬、蝙蝠。
爬行类现已知有11种：乌龟、鳖、无蹼壁虎、北草蜥、虎斑游蛇、水赤链游蛇、红点锦蛇、黑眉锦蛇、王锦蛇、乌梢蛇、蝮蛇。
两栖类现已知有8种：中华大蟾蜍、无斑雨蛙、泽蛙、黑斑蛙、金钱蛙、林蛙、小孤斑蛙、北方狭口蛙。
鱼类鲫、鳜鱼(桂鱼)、鳡(鳡丝)、鱼白鱼、银鱼、鲤、金鱼、青鱼、草鱼、鲶鱼、乌鱼、赤眼鳟、黄尾密蝈、鲦、鲂、翘嘴红鱼白、黄鱼桑鱼、鳗鲡(白鳝)、黄鳝、泥鳅、花鳅(刀鳅)。
甲壳类虾、河蟹、溪蟹(山螃蟹)。
贝类蚌、螺。
虫类常见的有粉蝶、凤蝶、绢蝶、地龙、蜗牛、蝎、蜈蚣、蜻蜒、蟑螂、土鳖虫、桑螵蛸、纺织娘、土蜂、蟋蟀、红娘子、蝉、蜘蛛。
害虫寄生天敌广赤眼蜂、广大眼小蜂、舞毒蛾黑瘤姬蜂、平腹小蜂、次生广大腿小蜂、伞裙追寄蝇、齿腿长尾小蜂、两色瘦姬蜂、红头小茧蜂、花胸姬蜂、松毛虫黑点瘤姬蜂、松毛虫赤眼蜂、松毛虫黑卵蜂、松毛虫白角金小蜂、毒蛾黑卵蜂、松毛虫匙鬃瘤姬蜂、松毛虫狭颊寄蝇、家蚕追寄蜂、脊腿匙鬃瘤姬蜂、蚕希腹寄蝇、黑胸姬蜂、黑瘤姬蜂、广腹螳螂、土聒聒、小胡蜂、大胡蜂、中华大刀螳螂、双针蚁、哑聒聒、举尾蚁、草螽、针纹猫蛛、薄翅螳螂、黄蜂、猎蝽、棕管巢蛛、黑大蚁、虫蜀敌。
珍禽白肩雕又名御雕。全身黑褐色，肩有白羽，故名白肩雕。以多种啮齿类为食，与猫头鹰、鹞等同为食鼠鸟。
白鹭又名白鹭鸶。体态纤瘦，全身白羽，颈腿皆细长，蓑羽可供帽饰用，皇甫山因鹭鸟较多，有“白鹭洲”之称。
黑枕黄鹂又名黄鹂。羽毛鲜黄、嘴粉红，自额经眼至枕部有一道黑色宽纹，故名黑枕黄鹂，鸣叫流利，系观赏鸟。
灰喜鹊又名山喜鹊。背、肩、腰羽均为灰色。食以松毛虫、螟蛾为主。
大杜鹃上体暗灰色，腹面满具横斑，鸣声为两声一度，又称喀咕，布谷鸟。雌性隐怯，常匿在多叶的杨柳树上，飞行迅速，循着直线，两翅上下不停地鼓动。不营巢，产卵在苇莺、灰喜鹊、棕头鸦雀、白鹨等巢中。食以松毛虫为主。
四声杜鹃体形和羽毛与大杜鹃相似，下体横斑较粗，相距较疏，鸣声为四声一度。为夏候鸟。以松毛虫为食。
大斑啄木鸟上黑下白，翅黑而见白斑，尾部呈红色，雄鸟体后有红斑。以树干害虫为主食。白脊鸟令鸟上体大都黑色，下体胸部有黑斑，尾黑而缀白；纯白羽，全身黑白相间。站立时尾不停地上下掀动，飞行呈波浪状。食松毛虫、金龟虫甲、金花虫等。
红尾伯劳背面灰褐色，腹面棕白，均无斑杂，头侧纹和尾羽为棕红色泽。食金龟虫甲、象虫甲、尺等。
常见鸟类辟鸟虎鸟目。辟鸟虎鸟科：小辟鸟虎鸟；
鹈形目鸬鹚科：鸬鹚；
鹳形目鸭科：绿头鸭、豆雁、斑头雁、大天鹅、小天鹅、绿翅鸭、赤麻鸭、普通秋沙鸭、鸳鸯；
隼形目鹰科：鸢、赤腹鹰、普通鸟狂、雀鹰、白尾鹞、白肩雕、白尾雕；
鹤形目秧鸡科：白胸苦恶鸟、红脚苦恶鸟、董鸡、兰胸秧鸡、灰鹤；
鸡形目雉科：鹌鹑、双颈雉、白颈长尾雉；行鸟形目行鸟形科：金眶行鸟、环颈行鸟、灰头麦鸡、白腰草鹬、林鹬、扇尾沙锥、红脚鹤鹬、丘鹬；
鸥形目鸥科：红嘴鸥；
鸽形目鸠鸽科：山斑鸠、火斑鸠、原鸽、珠颈斑鸠；
鹃形目杜鹃科：大杜鹃、四声杜鹃、鹰头杜鹃、中杜鹃、小杜鹃、红翅凤头鹃；号鸟形目氏鸟号鸟科：斑头鸺留鸟、鹰号鸟、刀鱼鹰；
夜鹰目夜鹰科：夜鹰；
雨燕目雨燕科：楼燕；
佛法僧目翠鸟科：翠鸟、戴胜、兰翡翠；佛法僧科：三宝鸟；
鸟列形目啄木鸟科：斑啄木鸟、绿啄木鸟、星头啄木鸟、小星头啄木鸟；
雀形目百灵科：小云雀、云雀；燕科：家燕、金腰燕；脊鸟令鸟科：树鹨、水鹨、山脊鸟令鸟、灰脊鸟令鸟、白脊鸟令鸟；山椒鸟科：小灰山椒鸟、灰山椒鸟、暗灰鹃贝鸟；鹎科：白头鹎、绿鹦嘴鹎；伯劳科：红尾伯劳、牛头伯劳、虎纹伯劳；黄鹂科：黑枕黄鹂；卷尾科：黑卷尾、发冠卷尾、灰卷尾；椋鸟科：丝光椋鸟、八哥；鸦科：灰喜鹊、喜鹊、大嘴乌鸦、白颈鸦、红嘴兰鹊；鸫亚科：红胁兰尾鸲、北红尾鸲；红尾水鸲、黑喉石鸲、乌鸫、斑鸫、虎斑地鸫、白腹鸫、白眉鸫、橙头地鸫；画眉亚科：画眉、黑脸噪鹛、棕头鸦雀；莺亚科：短翅树莺、大苇莺、黑眉苇莺、黄腰柳莺、黄眉柳莺、冕柳莺、棕扇尾莺；山雀科：大山雀、银喉长尾山雀、寿带、红头长尾山雀；绿眼鸟科：暗绿绣眼鸟；文鸟科：麻雀、山麻雀；雀科：燕雀、金翅雀、黑尾蜡咀、锡咀、黑头蜡咀、栗巫鸟、黄胸巫鸟、黄喉巫鸟、灰头巫鸟、三道眉草巫鸟、黄眉巫鸟、白眉巫鸟、田巫鸟、小巫鸟、凤头巫鸟、黄雀。
二、植物
境内野生植物资源中有乔灌木81科401种，竹类15种，中药材植物212科605种。其中：琅琊榆、醉翁榆，为国家三级保护植物。皇甫山自然保护区有红楝子为安徽省二级保护树种。属省级保护的树种有银杏、樟树、黄山木兰；药用植物七叶一枝花、田三七、金丝荷叶、石蒜；菌类的灵芝、马勃等。具体品种如下：
乔木银杏、金钱松、雪松、罗汉松、杉木、柳杉、三尖杉、柏木、侧柏、圆柏、塔柏、龙柏、广玉兰、白玉兰、山槐、黄檀、刺槐、中槐、檫木、合欢、喜树、刺楸、枫香、悬铃木、钻天杨、毛白杨、银白杨、大官杨、旱柳、河柳、垂柳、板栗、茅栗、麻栎、槲栎、白栎、栓皮栎、小叶栎、毛木来、胡桃、薄壳山核桃、枫杨、化香、紫弹朴、黑弹朴、朴树、糙叶榆、刺榆、青檀、琅琊榆、醉翁榆、春榆、榔榆、白榆、棠梨、沙梨、豆梨、大叶榉、构树、柘树、山桑、杜仲、梧桐、野梧桐、糯米椴、乌桕、重阳木、油桐、油茶、枣、丝棉木、酸枣、野柿、铜钱树、臭椿、香椿、苦树、苦楝、川楝、红楝子、栾树、无患子、黄连木、南酸枣、木蜡树、漆树、盐肤木、三角枫、五角枫、三叶槭、鸡爪槭、茶叶槭、雪柳、枳木具、楸树、厚壳树、皂荚、山皂荚、野毛桃、山楂、泡桐、大叶桉、君迁子、野茉莉、棕榈、樱桃、梓树。
灌木千头柏、匐地柏、铅笔柏、紫玉兰、山胡椒、狭叶山胡椒、麻叶绣菊、光叶粉花绣线菊、棣棠、野蔷薇、木瓜、皱皮木瓜、野山楂、石楠、火棘、茅莓、山桃、郁李、云实、紫荆、紫穗槐、木兰、胡枝子、葛藤、苦参、紫藤、细柱五加、木忽木、常春藤、接骨木、忍冬、黄杨、小叶黄杨、雀舌黄杨、簸箕柳、筐柳、柽柳、观音柳、无花果、海桐、木芙蓉、木槿、珊瑚树、结香、算盘子、山麻杆、一叶秋艹、山茶、蛇葡萄、爬山虎、枸橘、冬青、枸骨、黄栀子、连翅、卫矛、黄杨卫矛、南蛇藤、胡颓子、牛奶子、女贞、小叶女贞、木半夏、柞木、老鸦柿、花椒、野花椒、黄荆、牡荆、六月雪、木通、木防已、蝙蝠葛、千金藤、十大功劳、紫薇、枸杞、野桐、凤尾兰、铁线莲、南天竹、青灰叶下珠、金丝桃、杜鹃、红瑞木、羊踯躅、扁担杆、白檀、八角枫、海仙花、牛鼻栓、鸡桑、一品红、代代花、苦皮藤、扶芳藤、勾儿茶、猫乳、冻绿、野漆树、金钟花、紫丁香、白丁香、桂花、流苏树、夹竹桃、荚迷艹、海仙花、菝葜、截叶铁扫帚。
竹阔叶箬竹、绿竹、桂竹、哺鸡竹、人面竹、水竹、黄苦竹、淡竹、紫竹、毛金竹、旱竹、毛竹、刚竹、黄皮刚竹、滁州水竹。
花木和花卉龙爪柳、紫茉莉、迎春花、茉莉花、石竹、蔷薇、玫瑰、月季、牡丹、海棠、含笑、菊花、野菊花、一串红、梅花、迎春、水仙、春兰、刺球、仙人掌(球)、美人蕉、太阳花、指甲花、腊梅、吊兰、樱花、珠兰、芍药、野荷花、君子兰、凤仙花、探春、凌霄、牵牛、栀子、万年青。
牧草紫苜蓿、野大豆、野葛、野豌豆、田菁、落花生、牛前草、青蒿、野茼蒿、野百合、紫云英、红花草、兔儿菜、山莴苣。
其它常见草类狗尾草、艾蒿、茅草、红草(红苗草)、黄蒿、红蓼草、水蒿、野艾蒿。
药用植物三白草、鱼腥草、辛夷、及已、毛莨、草乌、白头翁、白芍、威灵仙、猫爪草、紫背天葵、小木通、草、火麻仁、百蕊草、桑寄生、马兜玲、杜衡、寻骨风、苎麻、土荆芥、地肤、细刺毛蓼、扁蓄、虎杖、辣蓼、水蓼、何首乌、杠板归、土大黄、羊蹄、火炭母草、水红花子、芡实、莲、八月炸、罂粟、延胡索、板兰根、葶苈子、荠菜、菜、菥、土牛膝、青相子、苋菜、刺苋菜、血苋、空心苋、鸡冠花、千日红、商陆、马齿苋、犁头草、紫花地丁、远志、瓦松、景天三七、垂盆草、大常山、虎耳草、王不留行、太子参、瞿麦、杜仲、老鹳草、蒺藜、酢浆草、石榴、芫花、西河柳、冬瓜、西瓜、南瓜、葫芦、丝瓜、栝蒌、秋海棠、四季海棠、山茶花、乌菱、野菱、木槿花、冬葵、白狼毒、地锦、铁苋菜、猫眼草、仙鹤草、地榆、枇杷、茅莓、委陵菜、蛇含、蛇莓、翻白草、山豆根、决明子、补骨脂、含羞草、苦参、绿豆、葛根、锦鸡儿、刀豆、大豆卷、白扁豆、蚕豆、赤豆、美丽崖豆藤、雷公藤、乌蔹莓、白蔹、草葡萄、土当归、小茴香、天胡荽、芫荽、明党参、紫花前胡、柴胡、蛇床子、白花前胡、南鹤虱、水芹、闹羊草、络石藤、柳叶白前、白首乌、白薇、徐长卿、萝摩艹、猪殃殃、白花蛇舌草、鸡屎藤、茜草、水杨梅、金银花、陆英、水马桑、牛蒡子、茵陈蒿、艾、牡蒿、苍术、鬼针草、天明精、红花、鹅不食草、大蓟、小蓟、墨旱莲、野佩兰、旋复花、马兰、莶草、一枝黄花、兔儿伞、苍耳、飞廉、漏芦、苦苣菜、万寿菊、狗舌草、龙草、败酱草、车前草、桔梗、柳叶沙参、杏叶沙参、羊乳、半边莲、荠尼艹、山梗莱、曼陀罗、酸浆、白英、龙葵、阴行车、蜀羊泉、烟草、仙桃草、水苦买艹、婆婆纳、爵床、马鞭草、夏枯草、白毛夏枯草、连钱草、益母草、泽兰、薄荷、紫苏、白苏、石见穿、丹参、荔枝草、半枝莲、野芝麻、荆芥、田字草、水烛慈茹、鸭跖草、鸭舌草、谷精草、芭蕉、生姜、美人蕉、大蒜、天门冬、萱草、麦冬、百合、黄精、玉竹、藜芦、山慈菇、沿阶草、七叶一枝花、吉祥草、绵枣儿、黄花菜、天南星、石菖蒲、菖蒲、半夏、野芋、石蒜、射干、鸢尾、马蔺、直立百部、山药、白芨、天麻、灯芯草、香附、荸荠、水蜈蚣、薏苡、牛筋草、白茅、糯稻、看麦娘、芦竹、野燕麦、画眉草、狼尾草、芦苇、黑三棱、狼把草。
蕨类植物卷柏、节节草、阴地蕨、海金沙、凤尾草、凤尾蕨、蜈蚣草、铁角蕨、铁线蕨、贯众、石韦、水龙骨。
真菌类木耳、银耳、灵芝、马勃、草菇、冬菇、香菇。
附：皇甫山自然保护区
皇甫山自然保护区位于市境西部，北纬32°17′～32°25′，东经117°58′～118°03′。该区地处亚热带北缘，总面积5.4万亩，有“北将军”、“南将军”峰，为市内最高峰。保护区核心区2.6万亩，植被为北亚热带落叶阔叶次生林，覆被率达72%，是保存较为完好的自然环境。
皇甫山保护区内动、植物资源丰富，有木本植物140余种，其中以栎类、榆科植物及山槐、化香等为优势树种。近万亩的黄檀林相安徽省内少见。保护区内有鸟类126种，约占安徽省鸟类总数40%。还栖息着珍贵的獐、小灵猫等野生动物。每年4月，10余万只鹭鸟(大白鹭、中白鹭、小白鹭、夜鹭、池鹭、牛背鹭)由南方陆续迁徙于此，取食营巢，繁育后代。鹭鸟群聚于林冠，映成一片白色，蔚为壮观，因有“白鹭洲”之称。林业部鸟类环志办公室及中国林业科学研究院全国鸟类环志中心，已将这里列为环志站，保护区于1985年已为1000余只鹭鸟戴上环志，将为中国的鸟类研究作出贡献。该区环境优美，林木苍郁，生物种源繁多，交通便利，将成为皖东旅游胜地和科研教学场所。