明永乐六年(公元1408年)，信奉伊斯兰教的王瑛受朱元璋之命至定远安抚，后即在此屯田安家，在王回岗街南头建成规模宏大的清真寺，并请阿訇主持教务，是伊斯兰教传入本区之始。
明末清初，随着北方回民的大量内迁，滁县、来安、全椒、凤阳、天长等县境内也先后建起了清真寺。在定远县，范围也相应扩大，清真寺随之增建。仅二龙乡就建有街南、街北、后汤、张圩、小岗、西寺、大安等7座清真寺。此外，定城南关内外及藕糖、池河、三和、高塘、青岗、果园岗、石门浅、仓镇、天河等地各建寺1所，全县合计有清真寺18座(亦称十八坊)。18座清真寺均系砖瓦结构，屏门格扇，规格讲究、布局合理。殿内雕刻精美，气宇轩昂。大门前均有青石台阶，殿前墙壁均立石碑，正面刻有阿文记述伊斯兰教义，背面刻有寺史和回民、回族官员捐款银两，监工、木、泥、石工姓名等。每寺均有讲堂、水房、阿匐住所和停置葬具处。还有回民公有田产，以备为阿訇生活、维修寺院及添置葬具之用，由地方回民选任管理人员负责收支事项并定期向回民公布。
抗日战争时期，各地清真寺均不同程度遭到日伪毁坏，十八坊清真寺正殿皆毁，仅有少数偏房。抗战胜利后，回民捐资对十八坊清真寺进行了维修，并增建了一些草房以维持必要的回民风俗习惯和正常的宗教活动。
建国后，提倡宗教信仰自由，据1988年统计，全区有清真寺27座，其中凤阳县4座、全椒县4座、嘉山县2座、来安县2座、定远县9座、滁州市6座；住寺陶訇14人，散班阿訇11人，哈里发6人；参加礼拜人数约1002人，其中凤阳县有400人，全椒县有300人，嘉山县有150人，滁州市有87人，定远县有65人，另有30人在寺开放点做礼拜。至1992年底，共有清真寺13座，阿訇18人，教徒9525人。