佛教传入本区始于三国时期，盛在唐宋，全区各县(市)历代都建有许多寺、庵。佛教在本区发展鼎盛时期，境内寺、庵有五六百座，僧、尼逾千人。据《安徽通志》记载，距全椒县城70里的石溪寺建于三国时期的吴赤乌二年(239年)，是有据可考的迄今为止本区境内最早建成的佛教寺院，也是本省境内建成较早的寺院之一。
南北朝至北宋，佛教传遍区境各地，其间建成的寺、庵很多，主要有：南北朝时南梁天监年间(502～519年)在今全椒县管坝乡境内建成龙山寺，因由宝公和尚住持，故又称宝公庵；隋大业年间(605～618年)，在今全椒县小集乡境内建成三塔寺；唐开元年间(713～741年)在今凤阳县临淮镇建成开元寺；唐大历六年(771年)在滁州琅琊山建成宝应寺，北宋太平兴国三年(978年)太宗藏御书于寺内御书阁，并赐匾开化禅寺，后又易名开化律寺；北宋天圣年间(1023～1031年)，在今滁州市施集乡境内建成普贤庵。
南宋嘉定末年以后，战乱频繁。江淮地区长期处于南北对峙的缓冲地带，许多寺、庵都毁于战乱。元朝中叶滁州佛教稍有恢复。元末战乱又起，琅琊山开化禅寺、临淮镇开元寺等均遭毁坏。
从明朝中叶开始，区境内恢复和新建的寺、庵逐渐增多。明成化八年(1472年)，在今滁州市珠龙乡境内建成广福寺；明万历年间(1573～1620年)，在今全椒县陈浅乡建成昌仕庵。明末，民间信佛之风日甚。万历《滁阳志》载：“人有疾鲜能求药，率事鬼，每佛诞，各以其聚赋私钱造灯赛佛”。
清末至民国时期，境内寺、庵破坏益甚，大多数寺、庵门庭冷落，日渐颓废，许多僧、尼混迹于民间。龙兴寺、野渡庵、弥陀寺、独山寺等先后荒废。建国初期全区有寺、庵等佛教活动场所236座，僧、尼共241人。
50年代初至60年代中期，全区执行国家宗教信仰自由政策，允许僧、尼在不违反国家政策法令、不影响生产、不妨碍社会治安的前提下进行佛事活动。据1964的统计，全区(含肥东县)有僧尼214人，其中滁县5人，来安县2人，全椒县4人，定远县2人，凤阳县10人，天长县164人，肥东县27人。全区有寺、庵179座，其中滁县2座、来安县2座、全椒县2座、定远县1座、凤阳县4座、天长县141座、肥东县27座。
“文化大革命”期间，全区寺、庵或被砸或被毁，僧尼解散。
1978年以后，全区恢复宗教信仰自由政策，人民政府还拨专款修复了琅琊寺等一些有名气的寺庵，退还了寺院被占用的房产，仅全椒、凤阳两县就退还房舍188间。全区对有影响的佛教界人士都作了相应的政治安排，注意吸收他们参政议政，对年老体弱的佛教徒给予生活补助，使他们老有所养。到1992年底，全区开放的寺、庵有4座，分别是滁州市琅琊寺、全椒县三塔寺、天长县护国寺，凤阳县龙兴寺。共有僧、尼53人，其中滁州市20人，全椒县1人，凤阳县4人，天长县28人。
琅琊山开化律寺位于滁州市琅琊山中，是本区著名佛寺，也是全国重点寺庙之一。它始建于唐大历六年(771年)，初名宝应寺，僧法琛住持该寺，北宋乾德二年(964年)滁州知州胡琉奉命令山僧德嵩修建琅琊山庙宇和御书阁。太平兴国三年(978年)，宋太宗为其御赐匾“开化禅寺”，由慧觉禅师住持，寺内的云游僧、挂单僧、常住僧等最多有500多人。
明洪武十六年(1383年)，在滁州设立僧正司，时任龙兴寺住持的德孝禅师为僧正，管理滁州境内佛教事务。此间，有西土之僧来琅琊山住寺面壁六年之久。
清嘉庆年间(1796～1820年)，僧皓清见琅琊山开化禅寺日久颓废，于是托钵奔走浙江、广东诸省，募化巨金，重建寺院，改寺名为开化律寺。传南山律宗，开坛放戒，僧众云集，多时达800余众。
清咸丰年间(1851～1861年)，琅琊山寺庙再次毁于战火。直到光绪三十年(1904年)，滁州知州熊祖诒从将军集保准提庵(今肥东县广兴乡境内)，请僧达修到琅琊山住持开化寺。达修为重建寺庙，游说于大江南北显贵豪门间，筹金万余，在一片瓦砾之上历经二十余年先后复建了大雄宝殿、明月观、藏经楼、韦驮殿等殿堂近百间。收弟子30多名，佛事活动再度兴盛。达修之后，根如法师、超然法师相继出任住持。建国后，超然法师当选为滁县人民代表，并先后担任滁县政协委员、安徽省第四届政协委员。1984年底，琅琊山管理处从含山县海慧庵请来果圆法师代理生病的超然法师住持琅琊寺佛事。1985年元月琅琊寺交由僧人管理，成立了琅琊寺佛教管理委员会，并吸收了江苏、安徽两省的一部分年轻僧人来寺中进行佛事活动。同时从宁波、苏州、扬州等地购置了一批佛事所需的大、中型法器。这期间寺院内举行了较大规模的佛七法会，放焰火三天，参观者达数千人次。琅琊寺的佛事又逐步兴盛起来，前往琅琊山挂单的僧、尼200人次，其中有南京栖霞寺的养真法师和吉慧法师、扬州市高旻寺的坤山法师、南京小五台山的诚兴法师、安庆市迎江寺的心戒法师、合肥市明教寺的妙安法师、九华山方丈仁德法师等。随着国家宗教政策进一步的落实，琅琊寺的佛事活动得到了弘扬光大，为全国汉族地区佛教重点寺院之一和全省重点文物保护单位。