一、公费医疗
1952年7月到10月，本区地直及各县先后成立公费医疗预防实施管理委员会，开始对党派、团体、政府机关和由国家供给的事业单位的公职人员和残废军人实行公费医疗。公费医疗费用标准为每人每年18元，1962年调整为21．60元，1978年提高到每人每年30元。享受公费医疗的工作人员持就诊证，在指定医疗点就诊或住院。需要转院治疗的，经过批准可报销药品、就诊和住院等费用，往返车船费(救护车费)由所在单位报销，挂号费自理。对公费医疗的处方实行限量，一般急性病用药量不得超过3天，慢性病不得超过7天，特殊病例不得超过半个月，并对公费医疗报销和自费药品的范围、品种作出规定。全民所有制行政、事业单位人员的医疗费用，由地、县卫生局(科)统一掌握，凭据报销。1953年和1978年，全区享受公费医疗的职工分别为11158人和28944人，两年支出医疗费分别为24．2万元和87．1万元，1953年平均每人支出21．69元，1978年平均每人支出30．09元。
1974年，地直单位公费医疗经费由地区卫生局转交财政局统一掌管。1979年，滁县、天长、凤阳、嘉山县卫生局也将公费医疗经费交给县财政局统一掌握管理。随着享受公费医疗人员逐年增加、医用药品材料成本逐年提高以及医疗诊断检查项目的不断开发，公费医疗费用年年超支，加上管理上缺乏对“一人公费，全家用药”的制约和存在浪费药品现象，财政压力很大。从1979年起，地直和各县(市)陆续对公费医疗费用实行按单位还定额包干，超支不补，节余留用，部分单位还定额包干到个人，公费医疗费用超支现象得到一定的控制。1992年，全区享受公费医疗的职工有62104人，支出1496万元，平均每人年支出240．88元。
二、合作医疗
1969年春，本区农村开始实行合作医疗制度，分大队办、公社办、社队联办三种形式。到1975年底，全区有87％的生产大队(计1680个)建立了合作医疗室，地址多数与大队部或学校连在一起。每个大队配备赤脚医生2～5人，生产队配备1名卫生员，他们多数是回乡知识青年、下放知识青年、个体医生和公社卫生院的集体医务人员。是年，全区共有赤脚医生4171人，卫生员18172人。合作医疗的资金主要由生产队和社员筹集，平均每人每年1．50—2．50元，其中有一半是生产队的集体资金；对有困难的烈军属、“五保户”的费用，由所在的生产队从公益金中解决，有的合作医疗还采取集体搞副业，采集中草药、种植中药材等办法解决经费。赤脚医生和卫生员由当地卫生主管部门组织培训，其报酬略高于同等劳力的年收入，多数以工分计酬，年终结算。
参加合作医疗的农民，免费在指定的合作医疗诊所就诊。转院外诊，药费报销一半。1979年后，因实行家庭联产承包责任制，合作医疗的筹款和赤脚医生的报酬难以落实，合作医疗室开始解体。到1981年底，全区仅剩下146个，后相继改办为不同形式的大队(村)卫生所。