法纪检察工作在“文化大革命”前没有作为单独业务，而是列入检察机关的自侦察件范围之内。建立检察分署之初，根据规定直接查处国家机关工作人员违法乱纪和贪污犯罪等案件。在“三反”、“五反”等政治运动中集中查处破坏统购统销，破坏社会主义改造以及投机倒把、偷税抗税，盗窃国家经济情报，打击报复、侵犯人权、重大责任事故、行贿受贿、渎职等违法乱纪案件。
自侦案件的办案程序在1955年以前没有具体规定。1957年分院根据最高人民检察院发出的《各级人民检察院侦查工作试行程序》规定开展侦查工作。1962年，分院针对当时自办案件程序无章可循的情况，发出《关于自办案件程序的意见》，统一了全区检察机关自侦案件的办案程序。
1952年初，分署在党委统一领导下，参加节约检查委员会，在滁城设立了2个检举箱，广泛宣传反贪污，反浪费，反官僚主义。年内收到检举信93件，选择其中较大的18件自行查办，其余的转交有关部门处理。
1953年，分署受理违法乱纪案件50件，直接查处32件，受处理干部31人，其中刑事处分14人。全区检察机关共查处破坏统购统销案件62件。
1955年，分院重点检查了炳辉县(今天长县)汉涧区粮管站和合作社贪污、套购粮食导致国家损失万余斤粮食的大案，将犯罪分子逮捕法办。
1958年，因有70名检察干部长期抽调去搞中心工作，自侦工作处于无人负责状况，到1961年自侦工作基本停止。1962年，逐步恢复办理部分贪污、渎职和党委交办的违法乱纪案件。分院还成立了自侦案件组。到1965年底共计立案侦查各类违法犯罪案17件。
1978年，分院重建后设立法纪检察科，专门受理法纪案件。1982年和1985年分别将重大责任事故案，玩忽职守案及重婚案划归法纪检察科受理。到1986年，全区法纪检察部门共查处重大事故案11起，受理玩忽职守案18件21人，受理非法拘禁案39件，刑讯逼供案11件，分院直接参与对5件此类案件的调查和处理。
1987年开始，全区集中精力严肃查处重大责任事故、徇私舞弊等案件。到1992年全区共受理各类违法案件981件1389人，立案253件404人，移进起诉109件157人，免诉116人。受理玩忽职守案137件166人，非法侵入他人住宅案131件188人，非法搜查案15件21人，报复陷害案7件33人，伪证案2件2人，破坏选举案1件1人，侵犯公民通讯自由案1件1人，泄露国家机密案1件2人，私放罪犯案1件1人，妨害邮电通讯案17件26人，其它案件44件63人。