全区树种资源较为丰富。1977年全区进行第一次乔、灌木树种资源调查，以后又进行了一些补充调查。经统计全区有乔、灌木414种，包括变种35种，隶属83科187属，竹类有2属17种。
一、主要荒山人工造林树种
全区主要荒山人工造林树种有:马尾松、黑松、火炬松、湿地松、杉木、侧柏和栎类树种。截止1992年底，全区实有人工造林总面积达195万亩。
马尾松具有生长快，材质好的特点，是本区荒山造林和绿化的当家树种。50年代引进本区，60年代开始大规模营造，生长状况良好。
黑松具有耐瘠薄，耐干旱，育苗、造林容易，成活率高，幼林生长快的特点。60年代初至70年代中期为绿化皖东大地的先锋树种。80年代以后普遍生长缓慢，且易感染病虫害，从1986年起全区停止营造黑松林。
火炬松具有适应性强，生长快的特点。本区从1975年开始引种，80年代普及全区。
湿地松具有适应性强，松脂单株产量较高的特点。本区自1975年开始引种，80年代后普及全区，20年生湿地松每株产松脂3公斤。
杉木本区1952年起从皖南等地引种，60年代在国营林场小面积造林，70年代在全区大面积发展，总面积约10万亩。杉木在少数生态环境较好的立地条件下生长较好，可以培养中小径材，但在地势平坦，土壤贫瘠的地方生长不良。
侧柏系古老树种，适应性强，材质优良，但成片造林生长缓慢，病虫害较多，宜做混交林树种。
栎类主要有麻栎、小叶栎、栓皮栎，全区均有分布，是本区荒山造林主要阔叶用材林树种，也是混交林中较好的伴生树种。滁州市皇甫山林场有数百亩成林，生长良好。
铅笔柏具有繁殖快，成活率高，耐旱耐碱等特点，适宜在土壤深厚夹石的山场作为用材林树种推广。来安县和定远县从70年代末期开始引种，并创造了小枝窑封冬插的繁殖方法。
二、主要平原绿化树种
全区主要平原绿化树种有水杉、池杉，以及杨树类和悬铃木等。
水杉为古老稀有珍贵树种，有“活化石”之称。1952年滁县专区农场从南京中山陵园引种两株。1954年南京林学院郑万钧教授赠送滁县琅琊寺水杉两株，分植于大雄宝殿后及花园内。70年代开始在全区普及种植。
池杉又称池柏。具有耐水性强，生长快，干形直等特点，适宜于圩区种植，亦是群众四旁植树的好树种。本区70年代从武汉、南京两地引种栽培。其中天长县池杉种植发展较快，已列为安徽省丰产林栽培试点之一。
杨树类品种较多，本区70年代末至80年代初四旁绿化多选用毛白杨和大官杨，还有少量的加拿大白杨和小叶杨等。1957年南京林学院黄宝龙教授赠送本区一个杨树新品种——意大利214杨插穗，每种10穗，共10号。该品种生长快，是四旁植树的速生树种，很快在全区普及，成为本区平原和道路绿化的当家树种之一。
悬铃木俗称法国梧桐。具有适应性强，枝叶茂盛，耐修剪等特点，是本区城市街道和公路绿化及庭园种植的主要树种。
桂花全区均有分布，其中琅琊寺的金桂和银桂花大重瓣，每年秋季花香四溢。
三、主要经济林树种
全区经济林树种主要有板栗、桃树、梨树、苹果、杏树、杜仲、银杏等。
板栗全区各地均有栽培，以滁州市施集、皇甫、曲亭等乡(镇)，凤阳县蒋庄林场和全椒县三合、马厂等地较多，且历史悠久。80年代后期，板栗作为全区主要经济林树种发展很快，到1992年底，全区实际种植面积约5万亩。但由于所植土壤贫瘠，加之经营粗放，产量不高。
桃树全区分布很广，栽培历史悠久。60年代占全区水果产量近二分之一，70年代后发展很少，面积随之减少。主要品种有水蜜桃、全椒大久保、滁县岗山时、凤阳百等。1984年从浙江引进雨花露、大红等优良品种。
梨树全区栽培历史久远，分布较广。80年代后栽培面积不断扩大。主要品种有酥梨、慈梨、开化梨、明月梨、太白梨等。
苹果本区50年代从山东引进国光、祝光、青香蕉、红玉、鸡冠等品种栽培。60年代后从汤山等地先后引进“金帅”、辽优等品种。80年代引进日本红富士，全区苹果品种达到30多个，主要分布在全区5个国营园艺场。
杏树是地方传统果树品种，主要分布在滁州市、来安县、定远县和嘉山县等地。适应性强，耐瘠薄，喜干燥气候，少病虫害，产量稳定。全区品种有麦黄杏、羊尿旦杏、大青杏等。
杜仲50年代从陕西省引种，先后在老嘉山林场、皇甫林场、三界林场、红琊山林场等地栽植。60年代在三界林场二尖山西南坡种植约110亩杜仲，从70年代开始开花结实，最大胸径达25厘米。红琊山林场到1992年底已发展杜仲1000余亩，长势良好，经济效益可观。
银杏又名白果树、公孙树，为亚热带及温带树种，有“活化石”之称。区内现存银杏树很多，而且大都为百年以上树龄的古树，枝叶繁茂，果实累累。80年代中期后白果价格上涨，本区泊岗林场、黄栗树林场和洪塘林场开始成片发展，生长良好。
茶树本区50年代初开始种茶，但限于当时的技术条件等因素制约没有成功。60年代末至70年代初，本区境内一些山区开始发展茶叶生产，分别建成滁县施集茶场、张浦营茶场等国营茶场。70年代中期至80年代初，本区部分国营林场也因地制宜地发展茶叶生产，其中皇甫山林场开发成功的南谯云雾茶为全区名茶之冠。
四、主要乡土树种
全区乡土树种主要有刺槐、中槐、苦楝、臭椿、泡桐、枫杨、乌桕、黄檀、元竹等。
刺槐因其具有速生繁殖、萌芽力强、根系发达且有根瘤菌等特点，栽种20年后即可成材，全区农民喜种于四旁。70年代中期至80年代初本区外贸收购槐叶加工成粉出口，群众竞相采摘，对树木生长影响较大。
中槐系古老树种，分布全区。具有生长快、材质好的特点，是农民四旁植树的好树种。
臭椿是本区乡土树种之一，分布很广，因材质好，群众喜爱栽植。
泡桐全区农村家前屋后均有分布，具有生长快、材质轻、不翘不裂等特点。70年代末至80年代初在本区广泛种植，栽种的主要品种有兰考泡桐、白花泡桐和紫花泡桐。因泡桐易受丛枝病危害，80年代后期本区种植数量逐渐下降。
黄檀为天然次生林，在本区分布较广，集中分布于滁州市施集、花山，全椒县大山、黄栗树，来安县宝山、半塔以及嘉山县鲁山、西桃园等地。该树种生长缓慢，但材质坚硬。
元竹又称淡竹，俗称小竹子或小天竹，用途广泛，全区各县均有种植，天长县农民还有家前屋后种竹子的传统。
苦楝本区乡村家前屋后广为种植，具有喜光不耐庇荫，喜温不耐寒，怕渍水等特点，在干旱贫瘠的土壤里或水湿的地方生长不良，立地条件好则生长较快，可以分根造林，为群众喜爱种植的乡土树种。
枫杨分布遍及全区，耐水性强，可飞子成林，主要生长于沟溪旁。
乌桕具有耐干旱等特点，秋天红叶，木质细坚可供雕刻，种子为上等的工业油料。多为天然下种，少见人工栽培。
五、珍贵稀有树种
全区珍贵稀有树种主要有珠龙桥油桐、琅琊榆、醉翁榆、来安花红、滁州水竹等。
珠龙桥油桐具有抗寒长寿的特点，栽培历史悠久，品种属三年桐，群众称之为千年桐。栽后3年开始挂果，盛果期可达30年左右，立地条件好的结果期可达百年。珠龙桥师姑洼有两株70年树龄的油桐，每年都硕果累累。
琅琊榆落叶乔木，为本区特有珍贵树种。琅琊寺右前方南天门室中段石阶旁有散生分布，多生于林绿或疏林中及石灰岩石缝中，长势极盛，干形直，生长中庸，最大一株树高20米，胸径达44.6厘米。本树种为著名林学家郑万钧教授于民国36年(1947年)发现并定名。
醉翁榆落叶乔木，为本区特有珍贵树种和国家三级保护树种。散生于醉翁亭石灰岩山麓及溪边，让泉池对面山旁有大树数株，生长茂盛，最大一株树高28米，胸径80厘米。醉翁榆叶大而厚，叶两面密生短硬绒毛，且粗糙，故又名毛榆。本树种也是著名林学家郑万钧教授于民国36年发现并命名的。
滁州水竹具有茆间长、竹质厚、抗竹笋夜蛾等特点，用以织席软而不脆，可剖篾三层，利用价值较一般元竹高。滁州市施集乡长洼林场、来安县宝山林场和嘉山县西桃园林场均有分布。滁州水竹由安徽农学院林学系李万春教授命名。
滁州南谯茶生长于滁州南北将军岭之间的山谷中，茶园云雾缭绕，茶叶色、香、味具佳，称为“云雾茶”。1981年皇甫山林场在南谯茶园旧址开辟茶园，恢复生产。
来安花红具有品味佳、色泽美、营养好、上市早等特点，可防暑解渴，消食健胃，防痢止泻等功能，是本省名特产之一。栽培历史已有450年左右。