全区审计机关在积极发挥国家审计职能的同时,不断健全和完善审计体系，按照《中华人民共和国审计条例》等规定，逐步建立企业内部审计和社会审计。
1985年，地区审计局就本地区各部门，各大中型企业建立内审机构加强内部审计监督等问题，向地区行署作了专题报告。报告获得批准后，根据各部门、各单位的实际情况，分别落实内部审计机构的成立。至1992年底，全区共设立内审机构145个，配备专职内审员172人。各级审计机关通过不同形式帮助内审机构拟定工作计划，完善内审程序，开展内审业务。1987年，来安、天长等县审计局分别指导二轻、商业局内审人员，开展了厂长(经理)离任审计试点，取得了较好效果。
在社会审计方面，全区已设立8个审计事务所。各审计事务所分别在1988年2月至11月经安徽省审计局批准、工商部门登记注册。社会审计工作认真贯彻“抓业务、抓质量、抓管理、上水平”的工作方针，把提高审计质量，提高服务信誉放在首位，不断扩大社会审计业务范围，先后开展了审计顾问、工商企业验资年检、基本建设决算签证，财务收支审计等审计项目。到1992年底，8个审计事务所共完成审计项目5127个，业务收入186万元，达省标6户(次)。从业人员86人，其中专业人员73人。