一、植物
树木
马尾松、黑松、金钱松、侧柏、柏木、黄檀、刺槐、中槐、梧桐(俗称青桐)、枫杨、白杨、柽柳、旱柳、河柳、麻栎、乌桕、梓、皂荚、白榆、榆、铜钱榆、椿、楝、桑、朴、栗、野柿、野桃、枣、杏、李、樱桃、石榴、银杏、野山楂、棠梨、沙梨、楮、冬青、枳、樟、椴、喜、板栗、三角枫、柞、胡颓子、黄柏，黄连木、桂花、野蔷薇、石楠、山槐、紫荆、山麻杆等。
百年老树：银杏、沙梨、棠梨、三角枫、柞木、胡颓子、桂花、黄柏等几十个主要品种。
竹类
有斑竹、水竹(淡竹)、刚竹、慈母竹、澹竹等8个品种，毛竹属引种。
植物中药材
桔梗、半夏、丹参、明党参、沙参、何首乌、龙胆草、车前草、苦参、紫丹参、玄参、皖贝母、玉竹、徐长卿、海金沙、夏枯草、百合、百部、白芨、天门冬、麦冬、半枝莲、地骨皮、益母草、鱼腥草、菌陈、马细辛、夜交藤、苍耳子、苍术、柴胡、射干、山楂、老观花、绞股蓝、蜈蚣蓝等104科，312个品种，药材总储量为7500吨，植物中药材类占96％。
二、动物
县境动物区系属东洋界，野生动物有兽类、鸟类、爬行类、两栖类等。已掌握野生动物品种有：
兽类
狼、貉、麝、獐、黄麂(亦称黄樟)、豹猫(亦称野猫)、狐、黄鼬(黄鼠狼)、大灵猫、小灵猫、九江狸、猪獾、狗獾、水獭(以上动物现已稀少)。草兔、刺猬、绒山蝠、蝙蝠、松鼠、田鼠、家鼠、黑线仓鼠。虎(据康熙《含山县志》卷第三载“顺治六年，虎至花山、梅山”。后未见。)、鹿(据康熙《含山县志》卷第二十七载：明末戴重《太湖山游记》中记载：“群鹿骤至，多可数百，殊不畏人。”后由于森林被毁，鹿绝迹，现为人工饲养)、野猪、穿山甲等。
鸟类
黑枕黄鹂、灰喜鹊、喜鹊、大山雀、大杜鹃、小杜鹃、四声杜鹃、大斑啄木鸟、绿啄木鸟、斑鸠、猫头鹰、麻雀、云雀、八哥、灰椋鸟、画眉、乌鸦、松鸦、大嘴乌鸦、红嘴蓝鹊、三道眉、雉、环颈雉、绿头野鸭、斑嘴野鸭、绿翅野鸭、鸬鹚、鹈鹕、鹭鸟、鹳鸟、家燕、湖燕、细腰剪尾燕等。
鱼类
麦穗鱼、棒花鱼、花、鳡、南方马口鱼、赤眼鳟、、草鱼、青鱼、长春鳊、团头鲂、三角鲂、油条、黑尾鲦、红鳍鲌、翘嘴红鲌、蒙古红鲌、细鳞斜颌鲴、寡鳞飘鱼、银飘鱼、尖头红鲌、青梢红鲌，黄尾鲴、斑条刺鱼、兴凯刺鮍、彩石鲋、花鲢、白鲢、泥鳅、黄颡鱼、光泽黄颡鱼、河鲶、青鳉、鲶、黄鳝、鳜、斑鳜、黄、沙鳢、克氏鱼虎、圆尾斗鱼、乌鳢、刺鳅鱼、上颌鲚、短颌鲚、银鱼、太湖短吻银鱼、华腺、黑鳍鳈、大银鱼、鳗鲡、鲤鱼、鲫鱼等。
爬行动物
乌龟、黄头闭壳龟、黄缘闭壳龟、鳖(甲鱼)、山地麻蜥、壁虎、北草蜥、王锦蛇、乌梢蛇、赤链蛇、蝮蛇、竹叶青等。
两栖动物
中华蟾蜍、花背蟾蜍、黑斑蛙、虎纹蛙、金钱蛙、凹耳蛙、牛蛙、雨蛙等。
软体动物
蚌、蜗牛、乌贼、田螺、螺蛳、蚬等。
环节动物
蚯蚓、水蛭(蚂蟥)、沙蚕等。
节肢动物
虾、长臂虾、米虾、沼虾、海虾(大虾)、河蟹、石蟹等。
附：自然灾害纪实
唐
贞元二年(786)六月江溢。
太和七年(833)秋大水，害稼。
大中十二年(858)八月大水害稼。
宋
天禧元年(1017)蝗生卵，如稻粒而细。
绍兴四年(1134)是冬不雨至次年秋。 绍兴五年(1135)大旱，自去冬不雨至夏秋。民大饥，八月蝗。
隆兴元年(1163)七月大水，月积阴雨，水患益甚。
隆兴二年(1164)大水淹民庐舍、圩田。
淳熙五年(1178)冬麦无苗，牧营火燔一百六十区。
淳熙七年(1180)大旱，七至九月不雨。
淳熙十一年(1184)四月大水淹民舍，坏圩田。
绍熙三年(1192)夏大旱。九月，陨霜三日，害稼。
绍熙五年(1194)大旱。八月蝗灾，冬饥，人食草木。
元
大德元年(1297)六月大水。江水泛滥，淹庐舍18500余家。 大德五年(1301)八月蝗。
泰定三年(1326)八月大水。
至顺三年(1332)夏六月大水。
明
洪武三年(1367)水淹麻湖圩田。
正统二年(1437)四，五月江灌水涨，漂民舍、害禾稼。
嘉靖二年(1523)大旱、绝禾稼。
嘉靖十五年(1536)三月地震。
嘉靖十八年(1539)大水入城中。
嘉靖二十四年(1545)含南田陷为池一亩。
嘉靖三十三年(1554)旱，三月初五日西厢火灾，延烧七十余家。
嘉靖四十三年(1564)九月地大震。
万历十二年(1584)大荒。
万历十三年(1585)地震。
万历十四年(1586)大水。
万历十七年(1589)大旱，城中井涸，民大疫，北门火灾。
万历三十六年(1608)大水异常，自石门山尾舟过梅山至城下。
天鼓鸣，小西门火灾。
万历四十二年(1614)大水泛滥入城。
天启元年(1621)春雪百日。
崇祯十三年(1640)大旱，饥民接踵于道。
崇祯十四年(1641)大疫，大旱，飞蝗蔽天，饥民枕藉。
清
顺治十四年(1657)旱，六月大风裂瓦拔木。 顺治十八年(1661)大旱，民饥荒。
康熙七年(1668)夏，地震有声。
康熙十年(1671)旱蝗生卵。
康熙十一年(1672)春蝗蝻生。
康熙十六年(1677)夏，雨雹。
康熙二十二年(1683)季冬雷雹。
康熙二十九年(1690)蝗。正月，大雷电雨雹。
康熙三十二年(1693)旱百日，秋七月大雨，南城内水深二尺。
康熙三十五年(1696)春，地震有声如雷。
康熙四十年(1701)旱，秋七月雨雹。
康熙四十七年(1708)春雨雹，夏大水，米一石值二两二钱。
康熙四十八年(1709)秋大疫。
康熙五十四年(1715)螟食禾。
康熙五十八年(1719)大水，
康熙六十一年(1722)春二月，小西门内外火烧31家。是年大旱。
雍正四年(1726)大水，大麦种一石，价一两二钱。
雍正五年(1727)春米一石价二两。夏雨雹。
乾隆二十五年(1760)飞蝗蔽日。
乾隆二十九年(1764)六月，江潮害稼。
乾隆三十二年(1767)五月，倾盆大雨，江水涨，淹没田未庐舍。
乾隆五十年(1785)全省均旱、蝗，沿江自去冬至本年，终年无雨，各地麦不熟，秋，籽粒无收。蝗所过之处，野草无遗，民食草木，榆蕨殆尽，人相食，民死十之四成。
道光三年(1823)大水，圩破、室倾，溺人无数。
道光二十九年(1849)大水入城。坏田庐。百年水患莫此为甚。
咸丰六年(1856)大旱，斗米千钱。
同治二年(1863)春大疫。
同治十年(1871)正月，有雷震、大雨及冰雹。
光绪二年(1876)九月，飞蝗蔽日。
光绪十三年(1887)冬，大雪深五六尺，压倒民舍。
光绪十六年(1890)冬蝗。
光绪二十二年(1896)夏积雨，群圩皆沉。
光绪二十七年(1901)淫雨多日，坏圩田。
宣统三年(1911)端午节后连日大雨，全县圩田淹光。
民国
民国10年(1921)大水破圩。
民国16年(1927)旱灾、虫灾。
民国18年(1929)5、6月大旱，山田无收。
民国20年(1931)大水，巢湖水漫过铜闸，破圩。
民国23年(1934)4月12日——7月初，近80天未落透雨，大旱。是年山田无收。
中华人民共和国
1951年8月，运漕、东林、城区发生结虫，危害面积2700亩。同年，东林、仙踪地区遭风雹灾，刮倒房屋2474间，部分庄稼受灾，三人受伤。
1952年6月，褒北、七里、鲍庄、长山等13个乡发生蝗虫，面积约3500亩。
同年，大旱三个多月，很多山田受旱。
1953年2月10日，陶厂、铜庙乡发现三四百亩面积飞蝗，地方政府及时组织群众扑灭。
同年6月24日——26日，三天降雨273.9毫米，山洪暴发，全县有6个区、42个乡受灾。破圩4个，漫溢15个圩，内涝83个圩，计102个圩，受灾面积4.78万亩，漫淹村庄29处，冲毁房屋151间，淹死1人。
1954年，近百年未有的大水。
1957年6月10日，巨兴、半湖、卧虎、白衣、林头、隐龙等乡遭9级左右雹灾，刮倒房屋409间，9人受伤。
1959年大旱。6月28日——10月30日，124天未落透雨，得胜河、滁河干涸。全县受旱17万亩，7.5万亩无收。
1960年，全县受旱面积8.5万亩，因旱未栽秧10565亩，未种旱粮、经济作物共12913亩。干塘29980口，坝409道。
1962年7月4日——7日连降暴雨，雨量412毫米，漫破圩56个，受灾5.89万亩。
1966年5月中旬起持续120多天未落透雨。滁河、得胜河断流，受旱12.18万亩。
1969年7月上旬，全县普降大到暴雨。雨量最大达740毫米，7月14日，24小时内运漕降雨375毫米，铜闸329.5毫米，雨量集中程度超过历史最高纪录。除杨柳圩、鸭西圩、义城圩，都胜圩、半湖圩、杨家大圩、大西圩、麻湖圩等18个圩口未破外，其余圩口皆破，受淹、内涝面积11.9万亩。
1973年6月26日，仙踪、昭关、骆集、谢集、姚庙、九连、张公、海口等公社36个大队受风灾，刮毁房屋3279间，电杆刮断504根，受灾早稻10100亩，棉花4280亩，打伤4人，打死牲畜31头。同年受旱107657亩。
1978年，特大干旱，近百年罕见。
1980年7月连降暴雨，破大小圩13个，受灾7万余亩，死亡7人。
1982年7月4日下午，遭特大龙卷风和冰雹灾害。风力12级，冰雹大的如乒乓球。重灾有九连、张公、骆集3个公社，23个大队，刮倒房屋1136间，死亡9人，重伤202人。其中九连公社磨塘大队，死亡5人，重伤17人，轻伤120人，刘李村任才年一家打死3人。
7月20日，全县普降大至暴雨。含城地区降雨450毫米，滁河联圩溃堤。全县受灾136658亩。10月水稻发生白叶枯病7万亩，防治3万亩，挽回粮食160万斤。
1984年6月12日20时至13日20时，全县普降大到暴雨，含城降雨213.7毫米，运漕降雨215毫米，破圩9个，受灾面积1.15万亩，受伤31人，死亡2人，淹死耕牛4头。
1985年受旱10.8万亩。
1987年受涝12.1万亩。
1988年水稻发生白叶枯病29万亩，纹枯病11.4万亩，分别予以防治，挽回粮食1125万公斤；油菜发生菌核病8.5万亩，普遍进行防治。