清光绪二十五年（公元1899年）基督教传入本市，由美国人毕竟成等人到巢城建教堂，一面给人治病，一面进行传教。
传入巢湖的基督教派系有：
巢城来复会总会设在美国波士顿，巢城由美国人毕竟成、蒲尔祺、包士德、华尔登先后来巢传教。巢城来复会下辖含山县林头、无为县黄雒河两个分堂，教徒1000余人。
柘皋圣洁会原属近东宣教会圣洁会，后归属上海江湾圣洁会。1934年4月由宣教士孟昭贞、尹友琴、钟一洁等3人（山东人）来柘皋传教。1935年7月，李惠卿牧师租柘皋三友商店房屋11间开堂布道。有教徒400余人。
基督教活动场所有：
巢城福音堂原址云雾街，现为巢湖理发厅和市土产公司南北商场。有房屋16间，1954年建东风路时被拆除。
老礼拜堂原址大西门道院街，位于潘恒昌酱园和童祥泰烟庄之间，有房屋17间。抗日战争前为附设鸿文小学，抗日战争后为牧师住宅。建国后湖滨镇政府占用。1954年发大水后拆毁。
普仁医院原址巢城北大街113号，位于卧牛山麓，有房屋70间。1951年4月，由皖北行署下文接管。
小洋搂（外国传教士住宅）现在市政府机关大院内，有2层楼房14间，房屋面貌、结构未变。
柘皋基督教堂原址柘皋镇北闸街249号。有房屋19间，“文化大革命”中由房产部门代管。1984年9月20日，市委落实统战政策领导小组研究决定：产权归市基督教“三自”爱国运动委员会所有。
建国初，成立了巢县基督教“三自”爱国运动委员会。1966年“文化大革命”开始，宗教活动停止。中国共产党十一届三中全会后，恢复了宗教正常活动。教徒认真学习党的宗教政策，教会要求教徒爱国爱教，抵制国内外敌对宗教势力的渗透。
本市基督教信救人数，据1984年统计为3000人，比“文化大革命”前增加了10倍；信教群众中80％为妇女和患病群众，50岁以上中老年人占65％。
1984年全市有1个教堂、23个聚会点（经批准）。1984年下半年，在继续落实宗教政策的同时，开展了基督教整顿工作，使宗教活动正常发展。