本市佛教昌盛时期是明、清两代，全市城乡共有大小寺庙庵堂90多处，其中较为出名的寺庙有：
姚庙建于明朝，旧址在巢县火车站附近。原有房屋99间半，庙内僧人两堂（1堂15人），系十方丛林。首任方丈是须白禅师，一代高僧。该庙在日军占领巢城期间被毁。抗日战争胜利后，月观大和尚又恢复5间，并修复释迦牟尼佛像及阿兰、迦叶两尊佛像。建国初拆毁。
西隐寺和极乐庵旧址在市政府大院。原有房屋40余间，僧人30多。“文化大革命”期间拆毁。
定林寺建于梁武帝时期，旧址在现市一中。原有房屋20余间，和尚8人。寺旁有大慈锥（石塔）。1959年拆毁时，发现塔内藏有一部《法华经》，一顶祖衣，一批小金钱和珍贵的舍利（3粒）等物。
塔影庵在洗耳池旁（现市物资局大门外）。有房屋16间，尼姑8人。庙地（包括水面）40余亩。迄今基本完好。1984年以后，安徽省人民政府宗教局先后拨款1万元修复，并列入省重点开放寺庙。现有尼姑3人。为市佛教协会所在地。
大观音庵旧址在巢城河南上码头。原有房屋30间，尼姑6人。住持释妙行，1953年任省政协委员、巢县政协常委、全国佛协理事。60年代病逝。该庵1954年发大水后剩余5间，被官圩村作为小学用房。
圆觉庵位于临湖乡长岗吴村，建于明朝，系法派丛林。有房屋99间半，竹林5亩，和尚60余人。“文化大革命”初期被红卫兵拆毁，僧人被赶走。住持释妙安现为省政协常委、省佛协副会长、合肥明教寺方丈。
中庙又称忠庙、圣妃庙，位于中庙镇，建于南北朝。原有房屋44间，僧人6人。“文化大革命”初期僧人被赶走，改为中庙塑料厂。1985年，庙宇归还佛教协会。此后，省宗教局和市政府先后拔款6.5万元，对前殿和二殿进行修复，并被列为省重点开放寺庙。现有僧人5人。
指南庵位于建麓乡张家洼山脚下，系子孙丛林。原各白衣庵，据传是明朝崇祯皇帝的宰相到白衣庵出家改名为指南庵的。原有房屋20余间，僧人8人。建国初被拆毁，改为黄麓园艺场。
龙兴寺位于银屏乡银屏山顶。原有房屋99间半，僧人16人。历来香火很盛，素称北九华。抗日战争中拆毁。
南圣宫又称大秀庵，位于秀芙乡大秀山顶。有文字可考建于明末。原为儒、释、道三教会香火之地。山麓有碧秀庵、乐秀庵、怀秀庵、红秀庵4座庵院。故历代相传：“大秀虽小，脚踏四秀。”山左有清山古洞（俗名和尚洞），山右有鱼伏洞，两洞环境清幽，洞壑曲折新奇，是游览胜地。南圣宫现有房屋20多间，僧人5人。1984年以后，省政府宗教局先后拨款1.5万元进行修复，并列为省重点开放寺庙。
东庵位字望城乡盛湾巢南林场，佛教第六代祖师慧张大师曾到此庵，因而颇负盛名。原有房屋15间，现被林场占用。庵内还存有一株9丫桂花树和一株数百年的古银杏树。庵外竹林里是张本禹将军之墓。
龙华寺位于苏湾镇，原有房屋47间，建国后被黄山中学占用。
“文化大革命”期间，佛教活动停止，1979年以后恢复。1984年有僧人12人，尼姑17人。